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Professeur Leger (l. g...)

coronavirus -- la fin du confinement, un pari fou ?

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par , 10/05/2020 à 20h57 (643 Affichages)
Coronavirus.

A la veille du dé-confinement, l'épidémie semble reprendre, par exemple chez nos voisins allemands.

Ci-joint, des graphiques pour l'Essonne, établis à partir des données fournies sur data.gouv.fr.

Le fichier est mis à jour tous les jours. L'étude porte sur les passages des médecins en visite pour le corona virus.
Les programmes fournissent des graphiques pour l'Essonne/91 :
- les visites par age pour une date donnée
- l'historique du nombre de visites dans le temps avec la courbe d'ajustement de la période de confinement
- le graphe des écarts entre la courbe et les visites. Si on sort des frontières pointillées, on peut considérer que le déconfinement a provoqué un changement d'orientation de la courbe des visites. Il est probable que des mesures de retour à une situation moins libre devront être prises.

Ci-après le code R pour mettre à jour votre étude selon le département et le jour. C'est ce code qui a produit les graphes d'analyse.

Code R : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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# note :
# Avec votre navigateur, allez à l’adresse
# <a href="https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-des-urgences-hospitalieres-et-de-sos-medecins-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/" target="_blank">https://www.data.gouv.fr/fr/datasets...e-de-covid-19/</a>
 
# Et téléchargez le fichier 
# sursaud-covid19-quotidien-2020-05-09-19h00-departement.csv
# la date du fichier téléchargé change de jour en jour. Ainsi il se peut que le fichier proposé soit*:
# sursaud-covid19-quotidien-2020-05-30-19h00-departement.csv
# si vous vous situez à proximité du 30 mai.
 
# ce sera ci-apres le fichier_source.csv
# que vous placerez dans votre répertoire de travail R
 
# telechargez aussi le fichier des tranches d'age et celui des meta données
 
 
 
fichier_traite<-"sursaud-covid19-quotidien-2020-05-09-19h00-departement.csv";
 
donnees_corona<-read.csv(fichier_traite);
donnees_corona<-read.csv(fichier_traite
   ,colClasses=c("date_de_passage"="character"));
 
ls(donnees_corona);
typeof(donnees_corona$dateRep);
str(donnees_corona);
 
 
donnees_corona$dateRep2<-as.factor(as.Date(donnees_corona$date_de_passage,"%Y-%m-%d"));
 
# affichage des donnees pour une date donnée
donnees_une_date<-donnees_corona[which(donnees_corona$date_de_passage=="2020-04-06"),]
# seulement le 91
donnees_une_date_dep<-donnees_une_date[which(donnees_une_date$dep=="91"),]
 
 
pie.donnees_age <- donnees_une_date_dep$nbre_pass_corona[which(donnees_une_date_dep$sursaud_cl_age_corona!="0")];
names(pie.donnees_age)<-donnees_une_date_dep$sursaud_cl_age_corona [which(donnees_une_date_dep$sursaud_cl_age_corona!="0")];
pie(pie.donnees_age, col = gray(seq(0.4, 1.0, length = 6)));
title(main="Visites pour corona par age du patient",sub="departement 91, le 2020-04-06");
 
 
ages_corona<-read.csv("code-tranches-dage.csv",sep=";");
names(ages_corona) <- c("code", "label_age");
donnees_2020_tab<-merge(ages_corona,donnees_une_date_dep,by.x="code",by.y="sursaud_cl_age_corona");
 
pie.donnees_age <- donnees_2020_tab$nbre_pass_corona[which(donnees_2020_tab$code!="0")];
libelles<-donnees_2020_tab$label_age[which(donnees_2020_tab$code!="0")];
names(pie.donnees_age)<-libelles;
pie(pie.donnees_age, col = gray(seq(0.4, 1.0, length = 6)));
title(main="Visites pour corona par age du patient",sub="departement 91, le 06/04/2020");
 
jpeg(file = "pie_donne_age.jpg",width=480,height=480,bg="white")
 
pie.donnees_age <- donnees_2020_tab$nbre_pass_corona[which(donnees_2020_tab$code!="0")];
libelles<-donnees_2020_tab$label_age[which(donnees_2020_tab$code!="0")];
names(pie.donnees_age)<-libelles;
pie(pie.donnees_age, col = gray(seq(0.4, 1.0, length = 6)));
title(main="Visites pour corona par age du patient",sub="departement 91, le 06/04/2020");
 
dev.off()
 
 
gl_indice_max<- function(X) {
j=length(X)
gl_max<-max(X)
for(i in 1:j)
{if (X[i]==gl_max) gl_i<-i;}
gl_i
};
 
gl_retarde <-function(X) {
# X colonne, 
j=length(X)
gl_r<-X[0]
gl_r[1]=0
for(i in 2:j)
{gl_r[i]<-X[i-1]}
gl_r
};
 
gl_lisser <-function(X,coeff) {
# X colonne, 
j=length(X)
gl_r<-X[0]
gl_r[1]=0
for(i in 2:j)
{gl_r[i]<-gl_r[i-1]*(1-coeff)+X[i]*coeff}
gl_r
};
 
 
 
# graphe historique
donnees91<-donnees_corona[which(donnees_corona$dep==91),];
donnees91<-donnees91[which(donnees91$sursaud_cl_age_corona=="0"),];
 
 
 
lines(gl_lisser(donnees91$nbre_pass_corona,0.7),col="blue")
lines(donnees91$nbre_pass_corona,col="red")
plot(donnees91$nbre_pass_corona,col="green",type="h",xlab="temps",ylab="nb passages")
lines(gl_lisser(donnees91$nbre_pass_corona,0.7),col="blue")
lines(donnees91$nbre_pass_corona,col="red")
lines(donnees91$nbre_pass_corona,col="green")
 
 
imax=length(donnees91$nbre_pass_corona)
y<-donnees91$nbre_pass_corona[34:imax]
x<-gl_lisser(gl_retarde(donnees91$nbre_pass_corona),0.9)[34:imax]
 
 
T=seq(from=34,to=34+length(y)-1,by=1)
regetud<-lm(log(y)~T)
 
summary(regetud)
 
coef(regetud)
c1<-coef(regetud)[1]
c2<-coef(regetud)[2]
 
plot.new()
T0=seq(from=1,to=length(donnees91$nbre_pass_corona),by=1)
plot(T0,donnees91$nbre_pass_corona,col="green",type="l")
curve(exp(c1)*exp(c2)**x,from=34,to=length(donnees91$nbre_pass_corona),col="violet",add=TRUE,lwd=3)
 
jpeg(file = "graphe_corona_t.jpg",width=480,height=480,bg="white")
 
plot.new()
T0=seq(from=1,to=length(donnees91$nbre_pass_corona),by=1)
plot(T0,donnees91$nbre_pass_corona,col="green",type="l",xlab="temps en jours")
curve(exp(c1)*exp(c2)**x,from=34,to=length(donnees91$nbre_pass_corona),col="violet",add=TRUE,lwd=3)
 
dev.off();
 
 
estime<-exp(c1)*exp(c2)**T
residus<-y-estime
 
jpeg(file = "graphe_residus_t.jpg",width=480,height=480,bg="white")
frame()
plot(residus,type="l",xlab="temps")
lines(y-y,type="l",col="blue")
lines(y-y+2*sqrt(var(residus)),lty=2,type="l",col="red")
lines(y-y-2*sqrt(var(residus)),lty=2,type="l",col="red")
dev.off();
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Mis à jour 11/05/2020 à 18h55 par Malick (Ajout balises code)

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