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| # note :
# Avec votre navigateur, allez à ladresse
# <a href="https://www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-des-urgences-hospitalieres-et-de-sos-medecins-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/" target="_blank">https://www.data.gouv.fr/fr/datasets...e-de-covid-19/</a>
# Et téléchargez le fichier
# sursaud-covid19-quotidien-2020-05-09-19h00-departement.csv
# la date du fichier téléchargé change de jour en jour. Ainsi il se peut que le fichier proposé soit*:
# sursaud-covid19-quotidien-2020-05-30-19h00-departement.csv
# si vous vous situez à proximité du 30 mai.
# ce sera ci-apres le fichier_source.csv
# que vous placerez dans votre répertoire de travail R
# telechargez aussi le fichier des tranches d'age et celui des meta données
fichier_traite<-"sursaud-covid19-quotidien-2020-05-09-19h00-departement.csv";
donnees_corona<-read.csv(fichier_traite);
donnees_corona<-read.csv(fichier_traite
,colClasses=c("date_de_passage"="character"));
ls(donnees_corona);
typeof(donnees_corona$dateRep);
str(donnees_corona);
donnees_corona$dateRep2<-as.factor(as.Date(donnees_corona$date_de_passage,"%Y-%m-%d"));
# affichage des donnees pour une date donnée
donnees_une_date<-donnees_corona[which(donnees_corona$date_de_passage=="2020-04-06"),]
# seulement le 91
donnees_une_date_dep<-donnees_une_date[which(donnees_une_date$dep=="91"),]
pie.donnees_age <- donnees_une_date_dep$nbre_pass_corona[which(donnees_une_date_dep$sursaud_cl_age_corona!="0")];
names(pie.donnees_age)<-donnees_une_date_dep$sursaud_cl_age_corona [which(donnees_une_date_dep$sursaud_cl_age_corona!="0")];
pie(pie.donnees_age, col = gray(seq(0.4, 1.0, length = 6)));
title(main="Visites pour corona par age du patient",sub="departement 91, le 2020-04-06");
ages_corona<-read.csv("code-tranches-dage.csv",sep=";");
names(ages_corona) <- c("code", "label_age");
donnees_2020_tab<-merge(ages_corona,donnees_une_date_dep,by.x="code",by.y="sursaud_cl_age_corona");
pie.donnees_age <- donnees_2020_tab$nbre_pass_corona[which(donnees_2020_tab$code!="0")];
libelles<-donnees_2020_tab$label_age[which(donnees_2020_tab$code!="0")];
names(pie.donnees_age)<-libelles;
pie(pie.donnees_age, col = gray(seq(0.4, 1.0, length = 6)));
title(main="Visites pour corona par age du patient",sub="departement 91, le 06/04/2020");
jpeg(file = "pie_donne_age.jpg",width=480,height=480,bg="white")
pie.donnees_age <- donnees_2020_tab$nbre_pass_corona[which(donnees_2020_tab$code!="0")];
libelles<-donnees_2020_tab$label_age[which(donnees_2020_tab$code!="0")];
names(pie.donnees_age)<-libelles;
pie(pie.donnees_age, col = gray(seq(0.4, 1.0, length = 6)));
title(main="Visites pour corona par age du patient",sub="departement 91, le 06/04/2020");
dev.off()
gl_indice_max<- function(X) {
j=length(X)
gl_max<-max(X)
for(i in 1:j)
{if (X[i]==gl_max) gl_i<-i;}
gl_i
};
gl_retarde <-function(X) {
# X colonne,
j=length(X)
gl_r<-X[0]
gl_r[1]=0
for(i in 2:j)
{gl_r[i]<-X[i-1]}
gl_r
};
gl_lisser <-function(X,coeff) {
# X colonne,
j=length(X)
gl_r<-X[0]
gl_r[1]=0
for(i in 2:j)
{gl_r[i]<-gl_r[i-1]*(1-coeff)+X[i]*coeff}
gl_r
};
# graphe historique
donnees91<-donnees_corona[which(donnees_corona$dep==91),];
donnees91<-donnees91[which(donnees91$sursaud_cl_age_corona=="0"),];
lines(gl_lisser(donnees91$nbre_pass_corona,0.7),col="blue")
lines(donnees91$nbre_pass_corona,col="red")
plot(donnees91$nbre_pass_corona,col="green",type="h",xlab="temps",ylab="nb passages")
lines(gl_lisser(donnees91$nbre_pass_corona,0.7),col="blue")
lines(donnees91$nbre_pass_corona,col="red")
lines(donnees91$nbre_pass_corona,col="green")
imax=length(donnees91$nbre_pass_corona)
y<-donnees91$nbre_pass_corona[34:imax]
x<-gl_lisser(gl_retarde(donnees91$nbre_pass_corona),0.9)[34:imax]
T=seq(from=34,to=34+length(y)-1,by=1)
regetud<-lm(log(y)~T)
summary(regetud)
coef(regetud)
c1<-coef(regetud)[1]
c2<-coef(regetud)[2]
plot.new()
T0=seq(from=1,to=length(donnees91$nbre_pass_corona),by=1)
plot(T0,donnees91$nbre_pass_corona,col="green",type="l")
curve(exp(c1)*exp(c2)**x,from=34,to=length(donnees91$nbre_pass_corona),col="violet",add=TRUE,lwd=3)
jpeg(file = "graphe_corona_t.jpg",width=480,height=480,bg="white")
plot.new()
T0=seq(from=1,to=length(donnees91$nbre_pass_corona),by=1)
plot(T0,donnees91$nbre_pass_corona,col="green",type="l",xlab="temps en jours")
curve(exp(c1)*exp(c2)**x,from=34,to=length(donnees91$nbre_pass_corona),col="violet",add=TRUE,lwd=3)
dev.off();
estime<-exp(c1)*exp(c2)**T
residus<-y-estime
jpeg(file = "graphe_residus_t.jpg",width=480,height=480,bg="white")
frame()
plot(residus,type="l",xlab="temps")
lines(y-y,type="l",col="blue")
lines(y-y+2*sqrt(var(residus)),lty=2,type="l",col="red")
lines(y-y-2*sqrt(var(residus)),lty=2,type="l",col="red")
dev.off(); |