Discussion :

[User]

Bonjour à tous,

Je souhaiterai utiliser un programme MAFFT pour effectuer un alignement/formatage de séquences d'acides aminés :
http://mafft.cbrc.jp/alignment/softw...ut_cygwin.html

Le programme prend en arguments 2 fichiers texte (input/output) pour "formater" le fichier input et le copier dans l'output.

Je souhaiterais donc lancer cette ligne de commande en VBA depuis EXcel :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Call Shell("cmd.exe /C " & chemin & "\mafft.bat --localpair --out output.txt input.txt", vbNormalFocus)

où chemin désigne le dossier du fichier mafft.bat

Malheureusement ça ne passe pas...
Il me dit toujours, impossible d'ouvrir le fichier Input.txt

Par contre, quand j'exécute cette commande depuis Windows tout se passe correctement

Est-ce que je peux exécuter cette commande en VBA ?

Merci bien

Cdlt,

[Invité]

Bonsoir,
Test comme ça
Call Shell("cmd.exe '/C " & chemin & "\mafft.bat --localpair --out output.txt input.txt'", vbNormalFocus)Il est possible qu'il faille encadrer tous les termes par des[']

[parmi]

Bonjour,

Il me semble que Shell est quelquefois capricieux et qu'il faille tripler les guillemets.

J'essaierais quelque chose comme ceci pour voir

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Call Shell("""cmd.exe /C """ & chemin & """\mafft.bat --localpair --out output.txt input.txt""", vbNormalFocus)

[User]

Bonjour et merci,

Malheureusement ça ne fonctionne pas :

Bonsoir,
Test comme ça

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Call Shell("cmd.exe '/C " & chemin & "\mafft.bat --localpair --out output.txt input.txt'", vbNormalFocus)

Il est possible qu'il faille encadrer tous les termes par des[']

Malheureusement ça ne change rien il lance le batch mais ne peut ouvrir le fichier input.txt comme précédemment

Bonjour,

Il me semble que Shell est quelquefois capricieux et qu'il faille tripler les guillemets.

J'essaierais quelque chose comme ceci pour voir

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Call Shell("""cmd.exe /C """ & chemin & """\mafft.bat --localpair --out output.txt input.txt""", vbNormalFocus)

Dans ce cas il ne trouve pas le fichier batch.

Je vais continuer de chercher dans cette direction

Cdlt,

[parmi]

Peut-être tripler seulement la première partie ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Call Shell("""cmd.exe /C """ & chemin & "\mafft.bat --localpair --out output.txt input.txt", vbNormalFocus)

[Invité]

Envois ta commande dans le dans la fenêtre d'exécution début.print et colle la dans la barre d'adresses de Winndows explorer.

Elle devrait ce lancer.si elle ne marche pas corrige dans la barre d'adresses.

[User]

Peut-être tripler seulement la première partie ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Call Shell("""cmd.exe /C """ & chemin & "\mafft.bat --localpair --out output.txt input.txt", vbNormalFocus)

Même punition, désolé

Merci à toi de t'intéresser à ce sujet mais je ne comprends pas pourquoi quand il trouve le fichier batch, il indique qu'il ne peut ouvrir l'input.txt

Est-ce parce qu'il ne le trouve pas ?

[parmi]

En fait le problème vient probablement du fait qu'il y a des espaces dans le chemin du fichier.
Et je pense que c'est là qu'il faudrait tripler...

Dernier essai pour ma part...

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Call Shell("cmd.exe /C """ & chemin & """\mafft.bat --localpair --out output.txt input.txt", vbNormalFocus)

Difficile sans pouvoir tester...

[User]

Désolé toujours pas,

Merci pour l'info et le reste,

je vais continuer de mon côté et te souhaite une bonne soirée

[User]

OK, je crois avoir trouvé :

Il fallait indiquer le chemin complet pour les fichiers input/output.

Je teste encore demain matin et fermerai la discussion si c'est confirmé

Merci encore,
Cdlt,