Discussion :

[ol9245]

je continue mes débuts sur R.
J'essaye de dessiner une régression avec intervalles de confiance avec ggplot2.
Voici mon code. Il dessine une droite de régression à l'extérieur de l'intervalle de confiance !!

Code :

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#charge la librairie (à ne faire qu'une fois)
install.packages("ggplot2", dependencies = TRUE)
 
#monte la librairie principale et ses dépendants
# doc sur file:///C:/Documents%20and%20Settings/planchoo/Bureau/ggplot2/html/00Index.html
library(ggplot2)
 
#ouvre le jeu de données diamonds inclu dans le package ggplot2
data("diamonds", package = "ggplot2")
 
#crée un sous-ensemble aléatoire de 100 lignes pour certains graphiques
set.seed(1410)
dsmall <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 100),]
 
#effectue la régression
model <- lm(price ~carat, data=dsmall) 
 
# crée les données X à plotter pour le fit
carat = seq(from = min(dsmall$carat), to = max(dsmall$carat), length.out = 20)
nd = data.frame(carat)
 
# Prédictions du modèle sur les nouvelles données
err <- stats::predict(model, newdata=nd, se = TRUE)
 
# affecter la prédiction +/- 2 stdev à de nouvelles variables
nd$ucl <- err$fit + 1.96 * err$se.fit 
nd$lcl <- err$fit - 1.96 * err$se.fit 
 
#plot les points + les prédictions avec intervalle de confiance
qplot(carat, price, data=dsmall, alpha=0.5, xlim = c(0,3)) +   geom_smooth(aes(x=carat, ymin = lcl, ymax = ucl), data=nd, stat="identity")

le problème est dans la dernière ligne :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#plot les points + les prédictions avec intervalle de confiance
qplot(carat, price, data=dsmall, alpha=0.5, xlim = c(0,3)) +   geom_smooth(aes(x=carat, ymin = lcl, ymax = ucl), data=nd, stat="identity") 
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[dickoa]

Je ne comprends trop ton code vu que avec geom_smooth on a deja l'intervalle de confiance.......Bon pour le graph d'une regression avec intervalle de confiance je pense que ca suffit :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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qplot(carat, price ,data=dsmall,geom="point")+geom_smooth(method="lm")

Et dans ligne ou il y'a un probleme tu n'a pas mis de "geom" dans ton qplot.

[ol9245]

merci merci
hier c'était ma première journée sur ggplot après 2 jours d'initiation à R donc forcément, tout n'est pas encore rangé à la bonne place.

Du coup je remets un autre problème sur le même fil car il concerne toujours les intervalles de confiance : quand je mets un intervalle de confiance, ça me pourrit mes légendes.

ci dessous du code "jouable" avec les donnée en dur
voir la jolie légende de l'avant dernière ligne, et voir comment ça se pourrit dans la dernière ligne.

Code :

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#ici les données en dur
Angle <- as.factor(as.vector(c("A",	"A",	"A",	"A",	"A",	"A",	"B",	"B",	"B",	"B",	"B",	"B",	"C",	"C",	"C",	"C",	"C",	"C",	"D",	"D",	"D",	"D",	"D",	"D",	"E",	"E",	"E",	"E",	"E",	"E")))
Distance <- as.factor(as.vector(c("1",	"2",	"3",	"4",	"5",	"6",	"1",	"2",	"3",	"4",	"5",	"6",	"1",	"2",	"3",	"4",	"5",	"6",	"1",	"2",	"3",	"4",	"5",	"6",	"1",	"2",	"3",	"4",	"5",	"6")))
Measured <- as.vector(c(2.26,	2.54,	3.91,	3.61,	3.35,	2.19,	2.12,	2.39,	3.33,	3.49,	3.56,	2.26,	2.12,	2.72,	3.33,	3.76,	3.75,	2.41,	2.36,	2.8,	3.38,	3.64,	3.56,	2.32,	2.6,	2.78,	3.4,	3.53,	3.57,	2.26))
Modelled <- as.vector(c(2.1231,	2.6525,	3.505,	3.7705,	3.5531,	2.2558,	2.1231,	2.6525,	3.505,	3.7705,	3.5531,	2.2558,	2.1231,	2.6525,	3.505,	3.7705,	3.5531,	2.2558,	2.1231,	2.6525,	3.505,	3.7705,	3.5531,	2.2558,	2.1231,	2.6525,	3.505,	3.7705,	3.5531,	2.2558))
M = data.frame(list(Angle, Distance, Measured, Modelled))
names(M)<-c("Angle", "Distance", "Measured", "Modelled")
summary(M)
 
my_theme = opts(plot.background = theme_rect(fill = NA, colour = NA),
panel.background = theme_rect(fill = NA, colour = "black", size = 0.5),
panel.grid.major = theme_line(size=0.5, colour = "black"),
axis.text.x = theme_text(colour = "black", size = 12),
axis.text.y = theme_text(colour = "black", size = 12),
axis.ticks.margin = unit(12, "points"),
legend.background = theme_rect(fill="white"),
legend.key = theme_rect(fill="white") )
 
original_theme = theme_update (my_theme)
summary(original_theme)
 
#jolie légende
qplot(Measured, Modelled, data = M, shape = Angle, size = Distance, geom = "point")
 
#légende pourie
qplot(Measured, Modelled, data = M, shape = Angle, size = Distance, geom = "point")+ geom_smooth(aes(group=1), method="lm")

PS. J'ai bien galéré pour mettre les données en dur dans le code, donc si il y a plus simple, je suis preneur

[dickoa]

Excuse moi pour le retard..j'étais un peu busy ces derniers jours. Pour regler ton problème avec la légende tu peux faire ca :

Code :

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qplot(Measured, Modelled, data = M, shape = Angle, size = Distance, geom = "point")+ geom_smooth(aes(group=1), size = .8 ,method="lm")

Donc l'idée c'est de fixer toi même le paramètre size pour le geom_smooth sinon par defaut ca garde celui dans le qplot (i.e Distance).
Et par rapport à ton code si tu veux genererer des facteurs rapidement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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? gl
# pour repeter des valeurs comme tes "A","B"...
? rep

cordialement

[ol9245]

Merci. Je note dans un coin.
La figure est finie, mais je vais regarder en détail pour la prochaine fois.