Discussion :

[vinzzzz]

Pfiouu ca sens la grosse galère...

Pour les buffers de lecture, oui ce sont juste des valeurs de test, et je m'assure simplement que la taiulle du buffer de lecture est plus grande que celle des trois champs additionnés... Les tailles précises viendront quand mon code marchera

[diogene]

Dans ton fichier, les champs sont séparés par un seul blanc? Il n'y a pas de caractères blancs ou autres après le dernier champ?
Regarde le contenu et la taille de la chaîne dans buf.

[vinzzzz]

Séparés par un seul blanc oui. Ce que je ne comprends pas c'est pourquoi ma structure s'affiche correctement juste avant l'apparition de l'erreur...

[|PaRa-BoL]

Séparés par un seul blanc oui. Ce que je ne comprends pas c'est pourquoi ma structure s'affiche correctement juste avant l'apparition de l'erreur...

Encore une fois, cela ne prouve pas que tu n'as pas écrasé une valeur en dehors de ton buffer

[vinzzzz]

Le contenu de la chaine buf corresponds bien a chaques lignes.
De même si j'affiche tous les buffers au fur et a mesure j'obtient bien le contenu de mon fichier.

[vinzzzz]

Encore une fois, cela ne prouve pas que tu n'as pas écrasé une valeur en dehors de ton buffer

Oui. Pourquoi le programme ne s'arrete t-il pas au moment même ou il y a dépassement? (pour parfaire mes connaissances )

[souviron34]

simplement parce que la valeur écrasée n'est pas référencée (utiisée) à ce moment-là..

Et qu'au moment où tu en as besoin, crac !!!!

Dans t mémoire, vraisemblablement tu écrases quelque chose quelque part (suivant les allocs, reallocs, etc..).. Ca peut être un pointeur, le début d'un morceau de code, le milieu, un élément d'une liste, une partie d'un double, n'importe quoi...

[vinzzzz]

Oui ca semble logique en effet

[Emmanuel Delahaye]

Hello,

J'ai cette superbe erreur qui apparait lors de l'execution de mon programme. Voici le bout de code a prioris concerné (réduit au minimum vital):
<...>
Voila si quelqu'un a une idée...

Donne un exemple de fichiers de données à traiter.

J'en suis là :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
 
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>
 
#define my_realloc(a, b) realloc(a, b)
#define my_malloc(a) malloc(a)
 
typedef struct s_params
{
   char **fapo, **fcomplex, **fligan;
   int nfiles;
   float ashape_min_size, ashape_max_size;
}
s_params;
 
int add_prot (char *apo, char *complex, char *ligan, s_params * par)
{
   FILE *f = fopen (apo, "r");
   int nm1;
   if (f != NULL)
   {
      fclose (f);
      f = fopen (complex, "r");
      if (f)
      {
         nm1 = par->nfiles;
         par->nfiles += 1;
         par->fapo =my_realloc (par->fapo, (par->nfiles) * sizeof (char *));
         par->fligan =my_realloc (par->fligan,
                                  (par->nfiles) * sizeof (char *));
         par->fcomplex =my_realloc (par->fcomplex,
                                  (par->nfiles) * sizeof (char *));
 
         par->fapo[nm1] = my_malloc ((strlen (apo) + 1) * sizeof (char));
         par->fcomplex[nm1] =
            my_malloc ((strlen (complex) + 1) * sizeof (char));
         par->fligan[nm1] = my_malloc ((strlen (ligan) + 1) * sizeof (char));
 
         strcpy (par->fapo[nm1], apo);
         strcpy (par->fcomplex[nm1], complex);
         strcpy (par->fligan[nm1], ligan);
 
         fclose (f);
      }
      else
         return 0;
   }
   else
      return 0;
 
   return 1;
}
 
int add_list_data (char const *str_list_file, s_params * par)
{
   FILE *f;
   int n, nread = 0, status;
 
   char buf[150], apobuf[10], ligbuf[50], complexbuf[50];
 
   f = fopen (str_list_file, "r");
   if (f)
   {
      while (fgets (buf, 150, f))
      {
         n = par->nfiles;
         status = sscanf (buf, "%s %s %s", apobuf, complexbuf, ligbuf);
 
         if (status == 3)
         {
            nread += add_prot (apobuf, complexbuf, ligbuf, par);
         }
      }
   }
 
   // FLAG
   return (nread);
}
 
int main (void)
{
 
   char str_list_file[128] = "ABCD";
 
   s_params par = { 0 };
 
   int err = add_list_data (str_list_file, &par);
   printf ("err = %d\n", err);
   return EXIT_SUCCESS;
}

[vinzzzz]

Je test avec le fichier suivant:

2onjapo.pdb 2onjco.pdb CFM
1btaapo.pdb 1btaco.pdb HEA
2fejapo.pdb 2fejco.pdb CLP
1pnmapo.pdb 1pnmco.pdb FES

Je viens de lancer le prog sous linux fedora (je suis habituellement sous ubuntu) et non aucun problème... Y'a quelque chose que je comprends vraiment pas dans cette histoire.

Merci en tout cas a tous pour votre aide... Y'a des fois quand ca veux pas

[|PaRa-BoL]

Ca ne veux pas dire que ça ne se reproduira pas dans 3heures...c'est un comportement indéfini.

[vinzzzz]

Bon, j'ai identifié le problème je crois................. En augmantant la taille des buffers ca fonctionne.

En fait J'ai inversé les tailles allouées a deux buffers: apo et ligan... En gros j'utilise apo pour lire les premières colonnes, ce qui en théorie (au niveau des noms) est ce que je comptait faire, sauf que je lui ai alloué 10 caractères (ce que j'aurai du faire pour ligan qui lui en contiens 50 au lieu de 10) au lieu de 50. Et dans mon exemple, la première colonne contiennent 11 caractères... Je pense que c'est ca car ca ne plante plus là....

3 pages pour une idiotie pareille. Vraiment, vraiment désolé d'avoir pris de votre temps a tous...

[|PaRa-BoL]

Or je ne comprends pas pourquoi: tous mes buffers sont largements assez grands pour contenir mes diverses lectures

[vinzzzz]

Ouii.......... Vraiment désolé

J'aurai du poster le jeu de test dés le départ je pense que vous auriez tout de suite vu... C'est en le postant sur la page précédente que jme suis posé la question (un peu tard a mon gout...)

[acx01b]

salut

en effet je pense que tu aurais pu au moins tester d'augmenter la taille des buffer à 1000 dès le début

sinon si tu veux avancer un peu dans le débuggage et comprendre pourquoi telle erreur arrive à tel moment fais un peu d'assembleur