Discussion :

[memderdz]

Bonsoir; scp je voudrais un script qui me fait sortir ces deux lignes pour chaque fichier:

6993.792168,-435.5629799 ,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,-9.8823341,-12.3940307
48.9024304,46.21985,347.4094277,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
c'est à dire les six chiffres apres Polar=
et les dix chiffres apres Hyperpolar=
A partir de fichiers ressemblant a ce qui suit et merci d'avance

fichierAB1:
3,2.086238,-0.041285\C,0,-3.674939,-0.022005,0.042078\C,0,-3.191597,-
1.348375,0.226491\C,0,-4.030645,-2.431853,0.251939\H,0,-2.134802,-1.50
085,0.376174\C,0,-5.884215,-0.983099,-0.073514\C,0,-5.418996,-2.255295
,0.093029\H,0,-3.622292,-3.423786,0.403676\H,0,-6.936392,-0.766484,-0.
19282\H,0,-6.111078,-3.085146,0.106295\C,0,-5.669801,1.425049,-0.29323
8\H,0,-5.485037,2.059604,0.575185\H,0,-5.265464,1.899595,-1.188534\H,0
,-6.742369,1.298673,-0.413774\N,0,-5.05592,0.101413,-0.100401\C,0,1.03
589,1.181848,0.01248\C,0,0.531527,2.519249,0.03756 2\O,0,1.173039,3.560
55,0.05234\N,0,-0.896301,2.505471,0.047791\C,0,-1.615675,3.775709,0.08
171\H,0,-2.219442,3.901838,-0.819997\H,0,-2.250654,3.833254,0.968257\H
,0,-0.863026,4.560566,0.121966\C,0,2.386139,-1.542859,-0.032663\C,0,2.
079466,-2.143644,-1.2533\C,0,2.10136,-2.18171,1.173866\C,0,1.473004,-3
.397854,-1.262955\H,0,2.31553,-1.63332,-2.179749\C,0,1.49554,-3.436128
,1.155002\H,0,2.354698,-1.7008,2.111417\C,0,1.184107,-4.043808,-0.0611
96\H,0,1.236778,-3.872689,-2.207784\H,0,1.278477,-3.941501,2.088609\H,
0,0.725894,-5.025981,-0.072719\S,0,-0.292103,0.009999,-0.007635\\Versi
on=ES64L-G09RevD.01\State=1-A\HF=-1846.3810417\RMSD=5.652e-09\Dipole=-
2.9282718,-1.3308943,-0.0931382\Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277
,2.3327781,-3.2195505,155.2927391\HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799
,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,
-9.8823341,-12.3940307\Quadrupole=50.1042017,-13.9408128,-36.1633889,-
8.0283449,1.2594653,-0.8648172\PG=C01 [X(C21H20N3O1S2)]\\@

[N_BaH]

Bonjour,

je voudrais un script

tu veux dire que tu veux faire, ou apprendre à écrire un script qui fait ci et ça, n'est-ce pas ?

nous ne faisons pas le travail des autres, ni leurs devoirs.

tu dois montrer ce que tu as fait, et que tu as cherché une solution.

[memderdz]

Déjà merci pour votre réponse; non ce n'est pas en devoir que je dois rendre mais plutôt ça m'aide dans mon travail

Le mieux que j'ai fait c'est:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -n '/Polar=/,/Quadrupole/p' nom-du-fichier

mais le problème qui se pose est que des fois polar est en deux lignes du genre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
121221211pol
ar1221212121

donc la commande ne marche pas

[balkany]

Si Polar et HyperPolar sont toujours précédés par un anti-slash et suivis d'un signe égal, et que le champ contenant le nombre à isoler est bien toujours suivi d'une virgule, alors tu devrais peut-être plutôt utiliser awk :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '[=,]' -v 'RS=\\' '/Polar/{print $2}' nom-du-fichier

Si Polar et HyperPolar ne s'écrivent pas toujours de cette manière (en particulier avec les majuscules), alors il faut adapter l'expression régulière /Polar/ dans le programme awk.

+++

Je me rends compte que quand tu parlais de chiffres dans ton premier post, il s'agissait en fait de nombres, comme l'indique clairement le reste de ton post.
Dans ce cas, ça donnerait plutôt :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '=' -v 'RS=\\' '/Polar/{print $2}' nom-du-fichier

Je laisse quand même la première « solution » : au cas où tu voudrais isoler un nombre, ça te montrera comment faire… (on se rattrape comme on peut )

[N_BaH]

en mettant tout sur une seule ligne, et si HyperPolar et bien toujours après Polar :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -n ':a;$!{N;ba;};s/\n//g; s/.*\\Polar=\([^\\]*\).*\\HyperPolar=\([^\\]*\).*/\1\n\2/p'

[memderdz]

en mettant tout sur une seule ligne, et si HyperPolar et bien toujours après Polar :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -n ':a;$!{N;ba;};s/\n//g; s/.*\\Polar=\([^\\]*\).*\\HyperPolar=\([^\\]*\).*/\1\n\2/p'

Merci pour votre réponse
sur ce fichier ca ne marche pas?

27414883,-2.80068849|H,0,4.89327009,-1.34123111,-2.87880029|H,0,4.3242
1214,0.13713561,-3.61614147|H,0,5.88491835,0.09663742,-2.83152488|S,0,
3.89127457,0.68531615,1.04602614|N,0,2.75224157,0.37073704,-1.34208351
|C,0,2.46629481,0.26170773,0.10229667|C,0,-1.18498553,-0.48084873,1.14
872849|C,0,-2.51925065,-0.24639872,1.11216704|H,0,-3.08287955,-0.21978
07,2.02129511|C,0,-3.2242556,-0.01828171,-0.23784427|C,0,-2.47973629,-
0.05453266,-1.42474961|C,0,-3.12451627,0.15290131,-2.64416588|H,0,-1.4
262708,-0.2396526,-1.39574775|C,0,-5.19376387,0.41681869,-1.42835439|C
,0,-4.49885349,0.39152727,-2.6452469|H,0,-2.57493853,0.12940427,-3.561
94158|H,0,-6.24805815,0.59941779,-1.42374322|H,0,-5.0178681,0.55379693
,-3.56676326|C,0,-5.30306335,0.24604441,0.99393235|H,0,-5.65827947,-0.
73712145,1.22220047|H,0,-4.66559353,0.58704325,1.78276189|H,0,-6.13489
763,0.91169194,0.89460909|N,0,-4.54803605,0.21376345,-0.26693706|C,0,1
.277252,-0.12114555,0.62781309|C,0,0.96240823,-0.23339178,2.12690427|O
,0,1.78752312,0.06085701,3.03032755|N,0,-0.42192908,-0.70691343,2.4054
198|C,0,-1.00824367,0.02300324,3.53871445|H,0,-1.02309561,1.07014608,3
.31923491|H,0,-2.00772113,-0.32064631,3.70559721|H,0,-0.42068753,-0.14
919014,4.41622638|C,0,1.98832937,-0.60842131,-2.12858654|H,0,2.2258831
1,-1.59701338,-1.79518916|H,0,0.94113936,-0.43051314,-1.99958381|H,0,2
.24192071,-0.51045803,-3.16347523|S,0,-0.15652992,-0.54034701,-0.29721
188||Version=EM64W-G09RevE.01|State=1-A|HF=-1648.7772651|RMSD=7.048e-0
09|Dipole=-5.5676511,0.0412021,-2.5393295|Polar=332.7991262,-0.6193637
,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169|HyperPolar=-310.268231,136
.8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-
521.9044356,35.3931657,-215.8164|Quadrupole=52.8616985,-38.9536683,-13
.9080303,-8.8113919,-9.2244524,2.8179156|PG=C01 [X(C16H18N3O1S2)]||@

[N_BaH]

non, ça ne fonctionne pas puisque le "séparateur" n'est plus \, mais |.
il faut adapter.

[disedorgue]

Bonjour,

Juste pour information, pour les 2 samples juste concaténé dans un fichier:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
$  awk -F '[\\\\|]' 'BEGIN{RS="@"}{print $(NF-5)"\n"$(NF-4)}' samples
Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277
,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799
,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,
-9.8823341,-12.3940307
Polar=332.7991262,-0.6193637
,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
HyperPolar=-310.268231,136
.8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-
521.9044356,35.3931657,-215.8164

Mais, est-ce qu'ils sont toujours à ces positions... ?

[balkany]

Ce sont les sauts de ligne résiduels qui ne te plaisent pas dans ma proposition ?
Tu peux faire ça sinon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '=' -v 'RS=\\' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' nom-du-fichier

Et si le délimiteur de lignes change, il suffit de reporter ce changement au niveau du RS= :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '=' -v 'RS=|' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' nom-du-fichier

[memderdz]

Bonjour,

Juste pour information, pour les 2 samples juste concaténé dans un fichier:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
$  awk -F '[\\\\|]' 'BEGIN{RS="@"}{print $(NF-5)"\n"$(NF-4)}' samples
Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277
,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799
,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,
-9.8823341,-12.3940307
Polar=332.7991262,-0.6193637
,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
HyperPolar=-310.268231,136
.8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-
521.9044356,35.3931657,-215.8164

Mais, est-ce qu'ils sont toujours à ces positions... ?

oui ils sont a la meme position a la fin du fichier

Ce sont les sauts de ligne résiduels qui ne te plaisent pas dans ma proposition ?
Tu peux faire ça sinon :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '=' -v 'RS=\\' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' nom-du-fichier

Et si le délimiteur de lignes change, il suffit de reporter ce changement au niveau du RS= :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '=' -v 'RS=|' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' nom-du-fichier

Merci ca marche et si je veux lancer la commade sur tout les fichiers *.out d'un répertoire pour un résultat d'un seul coup de la sorte

nom-du -fichier
332.7991262,-0.6193637 ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
-310.268231,136 .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,- 521.9044356,35.3931657,-215.8164
nom-du -fichier
332.7991262,-0.6193637 ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
-310.268231,136 .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,- 521.9044356,35.3931657,-215.8164
nom-du -fichier
348.3308051,0.2456 78,128.56784,6.4628527,0.6555265,249.8750908
-367.8828343,1 13.0258747,-32.8454065,11.6893551,-301.6998263,60.0115679,-41.2481129, -542.9139361,21.9230514,-209.6434909

[balkany]

À condition que tous tes fichiers *.out aient le même séparateur de lignes, par exemple | :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '=' -v 'RS=|' 'FNR==1{print FILENAME} /Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' /chemin-vers-le-répertoire/*.out

Il existe aussi une syntaxe propre à gawk (GNU awk, vers lequel pointe probablement awk chez toi : pour le vérifier, ls -l /usr/bin/awk), qui évite le test FNR==1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '=' -v 'RS=|' 'BEGINFILE{print FILENAME} /Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' /chemin-vers-le-répertoire/*.out

[Flodelarab]

Bonjour

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
$ sed -z 's/\n//g;s@\\@\n@g' 20191021_fichierAB1.txt |sed '/Polar/!d'
Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,-9.8823341,-12.3940307

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
$ sed -z 's/\n//g;s@|@\n@g' 20191021_fichier2.txt |sed '/Polar/!d'
Polar=332.7991262,-0.6193637,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
HyperPolar=-310.268231,136.8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-521.9044356,35.3931657,-215.8164

À noter:

• option -z pour que tout le fichier soit dans l'espace de travail.
• On peut utiliser "grep" en second étage à la place de sed.

[disedorgue]

Bonjour

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
$ sed -z 's/\n//g;s@\\@\n@g' 20191021_fichierAB1.txt |sed '/Polar/!d'
Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,-9.8823341,-12.3940307

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
$ sed -z 's/\n//g;s@|@\n@g' 20191021_fichier2.txt |sed '/Polar/!d'
Polar=332.7991262,-0.6193637,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
HyperPolar=-310.268231,136.8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-521.9044356,35.3931657,-215.8164

À noter:

• option -z pour que tout le fichier soit dans l'espace de travail.
• On peut utiliser "grep" en second étage à la place de sed.

Ici, j'adore la simplicité

[memderdz]

Merci pour toutes vos réponses j'utilise :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
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8
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10
for i in $(pwd)/*.out;
do
echo $i
echo awk -F '=' -v 'RS=\\' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' $i
echo $i  
grep -A 1 Tot= $i
grep Approx $i
echo $i
awk -F '=' -v 'RS=|' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' $i
done

[Flodelarab]

Same player shoot again.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
$ sed -z 'y/\n\\/ \n/;' 20191021_fichierAB1.txt | grep 'Polar'                                                         
Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277 ,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799 ,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857, -9.8823341,-12.3940307

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
$ sed -z 'y/\n|/ \n/;' 20191021_fichier2.txt | grep 'Polar'                                                            
Polar=332.7991262,-0.6193637 ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
HyperPolar=-310.268231,136 .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,- 521.9044356,35.3931657,-215.8164

[memderdz]

Ici, j'adore la simplicité

ca ne marche pas si polar est écris en deux lignes

498553,-0.48084873,1.14872849|C,0,-2.51925065,-0.24639872,1.11216704|
H,0,-3.08287955,-0.2197807,2.02129511|C,0,-3.2242556,-0.01828171,-0.23
784427|C,0,-2.47973629,-0.05453266,-1.42474961|C,0,-3.12451627,0.15290
131,-2.64416588|H,0,-1.4262708,-0.2396526,-1.39574775|C,0,-5.19376387,
0.41681869,-1.42835439|C,0,-4.49885349,0.39152727,-2.6452469|H,0,-2.57
493853,0.12940427,-3.56194158|H,0,-6.24805815,0.59941779,-1.42374322|H
,0,-5.0178681,0.55379693,-3.56676326|C,0,-5.30306335,0.24604441,0.9939
3235|H,0,-5.65827947,-0.73712145,1.22220047|H,0,-4.66559353,0.58704325
,1.78276189|H,0,-6.13489763,0.91169194,0.89460909|N,0,-4.54803605,0.21
376345,-0.26693706|C,0,1.277252,-0.12114555,0.62781309|C,0,0.96240823,
-0.23339178,2.12690427|O,0,1.78752312,0.06085701,3.03032755|N,0,-0.421
92908,-0.70691343,2.4054198|C,0,-1.00824367,0.02300324,3.53871445|H,0,
-1.02309561,1.07014608,3.31923491|H,0,-2.00772113,-0.32064631,3.705597
21|H,0,-0.42068753,-0.14919014,4.41622638|C,0,1.98832937,-0.60842131,-
2.12858654|H,0,2.22588311,-1.59701338,-1.79518916|H,0,0.94113936,-0.43
051314,-1.99958381|H,0,2.24192071,-0.51045803,-3.16347523|S,0,-0.15652
992,-0.54034701,-0.29721188||Version=EM64W-G09RevE.01|State=1-A|HF=-16
55.5964412|RMSD=6.670e-009|Dipole=-5.0355349,0.0580285,-2.2618645|Pola
r=399.0819696,0.3780517,137.7508108,6.8861467,-0.2766246,273.2366043|H
yperPolar=-2843.1582646,160.9794985,-31.8127931,20.485959,-572.6839217
,101.8582483,-40.642245,-877.6781298,34.7148673,-268.1840978|Quadrupol
e=50.8926976,-37.59692,-13.2957776,-7.0281935,-7.7076326,1.8553663|PG=
C01 [X(C16H18N3O1S2)]||@

[Flodelarab]

Ce n'est pas parce que c'est écrit en deux lignes mais parce que les lettres majuscules et les lettres minuscules ne sont pas les mêmes.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

sed -z 'y/\n|/ \n/;' fichier.txt | grep -i 'Polar'

[memderdz]

j'u aussi ces deux commandes la

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tr -d '\n' < data.txt | sed 's/\\/\n\\/g' | fgrep '\Polar=' | sed 's/\\Polar=//'

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

tr -d '\n' < data.txt | sed 's/\\/\n\\/g' | fgrep '\HyperPolar=' | sed 's/\\HyperPolar=//'

comment changer le séparateur entre | et \ pour régler le problème si polar est écris en deux lignes

[balkany]

Autant pour moi, je ne me rends compte que maintenant que ce que je t'ai donné ne marchait pas dans le cas d'un « Polar » en plusieurs lignes. Décidément…
Donc voici le correctif :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

awk -F '=' -v 'RS=|' '{gsub("\n","")} /Polar/{print $2}' nom-du-fichier

[memderdz]

dans ce cas ca ne donne qu'une seule ligne?

9663742,-2.83152488|S,0,3.89127457,0.68531615,1.04602614|N,0,2.7522415
7,0.37073704,-1.34208351|C,0,2.46629481,0.26170773,0.10229667|C,0,-1.1
8498553,-0.48084873,1.14872849|C,0,-2.51925065,-0.24639872,1.11216704|
H,0,-3.08287955,-0.2197807,2.02129511|C,0,-3.2242556,-0.01828171,-0.23
784427|C,0,-2.47973629,-0.05453266,-1.42474961|C,0,-3.12451627,0.15290
131,-2.64416588|H,0,-1.4262708,-0.2396526,-1.39574775|C,0,-5.19376387,
0.41681869,-1.42835439|C,0,-4.49885349,0.39152727,-2.6452469|H,0,-2.57
493853,0.12940427,-3.56194158|H,0,-6.24805815,0.59941779,-1.42374322|H
,0,-5.0178681,0.55379693,-3.56676326|C,0,-5.30306335,0.24604441,0.9939
3235|H,0,-5.65827947,-0.73712145,1.22220047|H,0,-4.66559353,0.58704325
,1.78276189|H,0,-6.13489763,0.91169194,0.89460909|N,0,-4.54803605,0.21
376345,-0.26693706|C,0,1.277252,-0.12114555,0.62781309|C,0,0.96240823,
-0.23339178,2.12690427|O,0,1.78752312,0.06085701,3.03032755|N,0,-0.421
92908,-0.70691343,2.4054198|C,0,-1.00824367,0.02300324,3.53871445|H,0,
-1.02309561,1.07014608,3.31923491|H,0,-2.00772113,-0.32064631,3.705597
21|H,0,-0.42068753,-0.14919014,4.41622638|C,0,1.98832937,-0.60842131,-
2.12858654|H,0,2.22588311,-1.59701338,-1.79518916|H,0,0.94113936,-0.43
051314,-1.99958381|H,0,2.24192071,-0.51045803,-3.16347523|S,0,-0.15652
992,-0.54034701,-0.29721188||Version=EM64W-G09RevE.01|State=1-A|HF=-16
55.5964412|RMSD=6.670e-009|Dipole=-5.0355349,0.0580285,-2.2618645|Pola
r=399.0819696,0.3780517,137.7508108,6.8861467,-0.2766246,273.2366043|H
yperPolar=-2843.1582646,160.9794985,-31.8127931,20.485959,-572.6839217
,101.8582483,-40.642245,-877.6781298,34.7148673,-268.1840978|Quadrupol
e=50.8926976,-37.59692,-13.2957776,-7.0281935,-7.7076326,1.8553663|PG=
C01 [X(C16H18N3O1S2)]||@