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Shell et commandes GNU Discussion :

script valeurs après un mot


Sujet :

Shell et commandes GNU

  1. #1
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    Par défaut script valeurs après un mot
    Bonsoir; scp je voudrais un script qui me fait sortir ces deux lignes pour chaque fichier:

    6993.792168,-435.5629799 ,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,-9.8823341,-12.3940307
    48.9024304,46.21985,347.4094277,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
    c'est à dire les six chiffres apres Polar=
    et les dix chiffres apres Hyperpolar=
    A partir de fichiers ressemblant a ce qui suit et merci d'avance

    fichierAB1:
    3,2.086238,-0.041285\C,0,-3.674939,-0.022005,0.042078\C,0,-3.191597,-
    1.348375,0.226491\C,0,-4.030645,-2.431853,0.251939\H,0,-2.134802,-1.50
    085,0.376174\C,0,-5.884215,-0.983099,-0.073514\C,0,-5.418996,-2.255295
    ,0.093029\H,0,-3.622292,-3.423786,0.403676\H,0,-6.936392,-0.766484,-0.
    19282\H,0,-6.111078,-3.085146,0.106295\C,0,-5.669801,1.425049,-0.29323
    8\H,0,-5.485037,2.059604,0.575185\H,0,-5.265464,1.899595,-1.188534\H,0
    ,-6.742369,1.298673,-0.413774\N,0,-5.05592,0.101413,-0.100401\C,0,1.03
    589,1.181848,0.01248\C,0,0.531527,2.519249,0.03756 2\O,0,1.173039,3.560
    55,0.05234\N,0,-0.896301,2.505471,0.047791\C,0,-1.615675,3.775709,0.08
    171\H,0,-2.219442,3.901838,-0.819997\H,0,-2.250654,3.833254,0.968257\H
    ,0,-0.863026,4.560566,0.121966\C,0,2.386139,-1.542859,-0.032663\C,0,2.
    079466,-2.143644,-1.2533\C,0,2.10136,-2.18171,1.173866\C,0,1.473004,-3
    .397854,-1.262955\H,0,2.31553,-1.63332,-2.179749\C,0,1.49554,-3.436128
    ,1.155002\H,0,2.354698,-1.7008,2.111417\C,0,1.184107,-4.043808,-0.0611
    96\H,0,1.236778,-3.872689,-2.207784\H,0,1.278477,-3.941501,2.088609\H,
    0,0.725894,-5.025981,-0.072719\S,0,-0.292103,0.009999,-0.007635\\Versi
    on=ES64L-G09RevD.01\State=1-A\HF=-1846.3810417\RMSD=5.652e-09\Dipole=-
    2.9282718,-1.3308943,-0.0931382\Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277
    ,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
    \HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799
    ,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,
    -9.8823341,-12.3940307
    \Quadrupole=50.1042017,-13.9408128,-36.1633889,-
    8.0283449,1.2594653,-0.8648172\PG=C01 [X(C21H20N3O1S2)]\\@
      0  1

  2. #2
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    Bonjour,

    je voudrais un script
    tu veux dire que tu veux faire, ou apprendre à écrire un script qui fait ci et ça, n'est-ce pas ?

    nous ne faisons pas le travail des autres, ni leurs devoirs.

    tu dois montrer ce que tu as fait, et que tu as cherché une solution.
    .
    N'oubliez pas de consulter les cours shell, la FAQ, et les pages man.
      1  0

  3. #3
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    Déjà merci pour votre réponse; non ce n'est pas en devoir que je dois rendre mais plutôt ça m'aide dans mon travail

    Le mieux que j'ai fait c'est:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    sed -n '/Polar=/,/Quadrupole/p' nom-du-fichier
    mais le problème qui se pose est que des fois polar est en deux lignes du genre

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    121221211pol
    ar1221212121
    donc la commande ne marche pas
      0  0

  4. #4
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    Si Polar et HyperPolar sont toujours précédés par un anti-slash et suivis d'un signe égal, et que le champ contenant le nombre à isoler est bien toujours suivi d'une virgule, alors tu devrais peut-être plutôt utiliser awk :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '[=,]' -v 'RS=\\' '/Polar/{print $2}' nom-du-fichier
    Si Polar et HyperPolar ne s'écrivent pas toujours de cette manière (en particulier avec les majuscules), alors il faut adapter l'expression régulière /Polar/ dans le programme awk.

    +++

    Je me rends compte que quand tu parlais de chiffres dans ton premier post, il s'agissait en fait de nombres, comme l'indique clairement le reste de ton post.
    Dans ce cas, ça donnerait plutôt :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '=' -v 'RS=\\' '/Polar/{print $2}' nom-du-fichier
    Je laisse quand même la première « solution » : au cas où tu voudrais isoler un nombre, ça te montrera comment faire… (on se rattrape comme on peut )
      0  0

  5. #5
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    en mettant tout sur une seule ligne, et si HyperPolar et bien toujours après Polar :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    sed -n ':a;$!{N;ba;};s/\n//g; s/.*\\Polar=\([^\\]*\).*\\HyperPolar=\([^\\]*\).*/\1\n\2/p'
    .
    N'oubliez pas de consulter les cours shell, la FAQ, et les pages man.
      0  0

  6. #6
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    Citation Envoyé par N_BaH Voir le message
    en mettant tout sur une seule ligne, et si HyperPolar et bien toujours après Polar :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    sed -n ':a;$!{N;ba;};s/\n//g; s/.*\\Polar=\([^\\]*\).*\\HyperPolar=\([^\\]*\).*/\1\n\2/p'
    Merci pour votre réponse
    sur ce fichier ca ne marche pas?

    27414883,-2.80068849|H,0,4.89327009,-1.34123111,-2.87880029|H,0,4.3242
    1214,0.13713561,-3.61614147|H,0,5.88491835,0.09663742,-2.83152488|S,0,
    3.89127457,0.68531615,1.04602614|N,0,2.75224157,0.37073704,-1.34208351
    |C,0,2.46629481,0.26170773,0.10229667|C,0,-1.18498553,-0.48084873,1.14
    872849|C,0,-2.51925065,-0.24639872,1.11216704|H,0,-3.08287955,-0.21978
    07,2.02129511|C,0,-3.2242556,-0.01828171,-0.23784427|C,0,-2.47973629,-
    0.05453266,-1.42474961|C,0,-3.12451627,0.15290131,-2.64416588|H,0,-1.4
    262708,-0.2396526,-1.39574775|C,0,-5.19376387,0.41681869,-1.42835439|C
    ,0,-4.49885349,0.39152727,-2.6452469|H,0,-2.57493853,0.12940427,-3.561
    94158|H,0,-6.24805815,0.59941779,-1.42374322|H,0,-5.0178681,0.55379693
    ,-3.56676326|C,0,-5.30306335,0.24604441,0.99393235|H,0,-5.65827947,-0.
    73712145,1.22220047|H,0,-4.66559353,0.58704325,1.78276189|H,0,-6.13489
    763,0.91169194,0.89460909|N,0,-4.54803605,0.21376345,-0.26693706|C,0,1
    .277252,-0.12114555,0.62781309|C,0,0.96240823,-0.23339178,2.12690427|O
    ,0,1.78752312,0.06085701,3.03032755|N,0,-0.42192908,-0.70691343,2.4054
    198|C,0,-1.00824367,0.02300324,3.53871445|H,0,-1.02309561,1.07014608,3
    .31923491|H,0,-2.00772113,-0.32064631,3.70559721|H,0,-0.42068753,-0.14
    919014,4.41622638|C,0,1.98832937,-0.60842131,-2.12858654|H,0,2.2258831
    1,-1.59701338,-1.79518916|H,0,0.94113936,-0.43051314,-1.99958381|H,0,2
    .24192071,-0.51045803,-3.16347523|S,0,-0.15652992,-0.54034701,-0.29721
    188||Version=EM64W-G09RevE.01|State=1-A|HF=-1648.7772651|RMSD=7.048e-0
    09|Dipole=-5.5676511,0.0412021,-2.5393295|Polar=332.7991262,-0.6193637
    ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169|HyperPolar=-310.268231,136
    .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-
    521.9044356,35.3931657,-215.8164|Quadrupole=52.8616985,-38.9536683,-13
    .9080303,-8.8113919,-9.2244524,2.8179156|PG=C01 [X(C16H18N3O1S2)]||@
      0  1

  7. #7
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    non, ça ne fonctionne pas puisque le "séparateur" n'est plus \, mais |.
    il faut adapter.
    .
    N'oubliez pas de consulter les cours shell, la FAQ, et les pages man.
      2  0

  8. #8
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    Par défaut
    Bonjour,

    Juste pour information, pour les 2 samples juste concaténé dans un fichier:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    9
    10
    11
    $  awk -F '[\\\\|]' 'BEGIN{RS="@"}{print $(NF-5)"\n"$(NF-4)}' samples
    Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277
    ,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
    HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799
    ,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,
    -9.8823341,-12.3940307
    Polar=332.7991262,-0.6193637
    ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
    HyperPolar=-310.268231,136
    .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-
    521.9044356,35.3931657,-215.8164
    Mais, est-ce qu'ils sont toujours à ces positions... ?
    Cordialement.
      0  0

  9. #9
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    Ce sont les sauts de ligne résiduels qui ne te plaisent pas dans ma proposition ?
    Tu peux faire ça sinon :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '=' -v 'RS=\\' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' nom-du-fichier
    Et si le délimiteur de lignes change, il suffit de reporter ce changement au niveau du RS= :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '=' -v 'RS=|' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' nom-du-fichier
      0  0

  10. #10
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    Par défaut
    Citation Envoyé par disedorgue Voir le message
    Bonjour,

    Juste pour information, pour les 2 samples juste concaténé dans un fichier:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    $  awk -F '[\\\\|]' 'BEGIN{RS="@"}{print $(NF-5)"\n"$(NF-4)}' samples
    Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277
    ,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
    HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799
    ,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,
    -9.8823341,-12.3940307
    Polar=332.7991262,-0.6193637
    ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
    HyperPolar=-310.268231,136
    .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-
    521.9044356,35.3931657,-215.8164
    Mais, est-ce qu'ils sont toujours à ces positions... ?
    oui ils sont a la meme position a la fin du fichier

    Citation Envoyé par balkany Voir le message
    Ce sont les sauts de ligne résiduels qui ne te plaisent pas dans ma proposition ?
    Tu peux faire ça sinon :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '=' -v 'RS=\\' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' nom-du-fichier
    Et si le délimiteur de lignes change, il suffit de reporter ce changement au niveau du RS= :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '=' -v 'RS=|' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' nom-du-fichier
    Merci ca marche et si je veux lancer la commade sur tout les fichiers *.out d'un répertoire pour un résultat d'un seul coup de la sorte

    nom-du -fichier
    332.7991262,-0.6193637 ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
    -310.268231,136 .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,- 521.9044356,35.3931657,-215.8164
    nom-du -fichier
    332.7991262,-0.6193637 ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
    -310.268231,136 .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,- 521.9044356,35.3931657,-215.8164
    nom-du -fichier
    348.3308051,0.2456 78,128.56784,6.4628527,0.6555265,249.8750908
    -367.8828343,1 13.0258747,-32.8454065,11.6893551,-301.6998263,60.0115679,-41.2481129, -542.9139361,21.9230514,-209.6434909
      0  0

  11. #11
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    À condition que tous tes fichiers *.out aient le même séparateur de lignes, par exemple | :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '=' -v 'RS=|' 'FNR==1{print FILENAME} /Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' /chemin-vers-le-répertoire/*.out
    Il existe aussi une syntaxe propre à gawk (GNU awk, vers lequel pointe probablement awk chez toi : pour le vérifier, ls -l /usr/bin/awk), qui évite le test FNR==1
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '=' -v 'RS=|' 'BEGINFILE{print FILENAME} /Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' /chemin-vers-le-répertoire/*.out
      2  0

  12. #12
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    Bonjour

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    $ sed -z 's/\n//g;s@\\@\n@g' 20191021_fichierAB1.txt |sed '/Polar/!d'
    Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
    HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,-9.8823341,-12.3940307
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    $ sed -z 's/\n//g;s@|@\n@g' 20191021_fichier2.txt |sed '/Polar/!d'
    Polar=332.7991262,-0.6193637,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
    HyperPolar=-310.268231,136.8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-521.9044356,35.3931657,-215.8164
    À noter:
    • option -z pour que tout le fichier soit dans l'espace de travail.
    • On peut utiliser "grep" en second étage à la place de sed.
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  13. #13
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    Citation Envoyé par Flodelarab Voir le message
    Bonjour

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
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    3
    $ sed -z 's/\n//g;s@\\@\n@g' 20191021_fichierAB1.txt |sed '/Polar/!d'
    Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
    HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857,-9.8823341,-12.3940307
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    $ sed -z 's/\n//g;s@|@\n@g' 20191021_fichier2.txt |sed '/Polar/!d'
    Polar=332.7991262,-0.6193637,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
    HyperPolar=-310.268231,136.8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,-521.9044356,35.3931657,-215.8164
    À noter:
    • option -z pour que tout le fichier soit dans l'espace de travail.
    • On peut utiliser "grep" en second étage à la place de sed.
    Ici, j'adore la simplicité
    Cordialement.
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  14. #14
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    Merci pour toutes vos réponses j'utilise :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    10
    for i in $(pwd)/*.out;
    do
    echo $i
    echo awk -F '=' -v 'RS=\\' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' $i
    echo $i  
    grep -A 1 Tot= $i
    grep Approx $i
    echo $i
    awk -F '=' -v 'RS=|' '/Polar/{gsub("\n","",$2); print $2}' $i
    done
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  15. #15
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    Same player shoot again.

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
    2
    3
    $ sed -z 'y/\n\\/ \n/;' 20191021_fichierAB1.txt | grep 'Polar'                                                         
    Polar=548.9024304,46.21985,347.4094277 ,2.3327781,-3.2195505,155.2927391
    HyperPolar=-6993.792168,-435.5629799 ,-543.1264696,-243.8574187,52.2389104,9.825482,22.3514152,-39.3158857, -9.8823341,-12.3940307
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
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    3
    $ sed -z 'y/\n|/ \n/;' 20191021_fichier2.txt | grep 'Polar'                                                            
    Polar=332.7991262,-0.6193637 ,99.8786764,6.6211561,0.5968292,235.4350169
    HyperPolar=-310.268231,136 .8596018,-26.8950518,-39.5777845,-294.0528687,77.9741809,-11.1576499,- 521.9044356,35.3931657,-215.8164
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  16. #16
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    Citation Envoyé par disedorgue Voir le message
    Ici, j'adore la simplicité
    ca ne marche pas si polar est écris en deux lignes

    498553,-0.48084873,1.14872849|C,0,-2.51925065,-0.24639872,1.11216704|
    H,0,-3.08287955,-0.2197807,2.02129511|C,0,-3.2242556,-0.01828171,-0.23
    784427|C,0,-2.47973629,-0.05453266,-1.42474961|C,0,-3.12451627,0.15290
    131,-2.64416588|H,0,-1.4262708,-0.2396526,-1.39574775|C,0,-5.19376387,
    0.41681869,-1.42835439|C,0,-4.49885349,0.39152727,-2.6452469|H,0,-2.57
    493853,0.12940427,-3.56194158|H,0,-6.24805815,0.59941779,-1.42374322|H
    ,0,-5.0178681,0.55379693,-3.56676326|C,0,-5.30306335,0.24604441,0.9939
    3235|H,0,-5.65827947,-0.73712145,1.22220047|H,0,-4.66559353,0.58704325
    ,1.78276189|H,0,-6.13489763,0.91169194,0.89460909|N,0,-4.54803605,0.21
    376345,-0.26693706|C,0,1.277252,-0.12114555,0.62781309|C,0,0.96240823,
    -0.23339178,2.12690427|O,0,1.78752312,0.06085701,3.03032755|N,0,-0.421
    92908,-0.70691343,2.4054198|C,0,-1.00824367,0.02300324,3.53871445|H,0,
    -1.02309561,1.07014608,3.31923491|H,0,-2.00772113,-0.32064631,3.705597
    21|H,0,-0.42068753,-0.14919014,4.41622638|C,0,1.98832937,-0.60842131,-
    2.12858654|H,0,2.22588311,-1.59701338,-1.79518916|H,0,0.94113936,-0.43
    051314,-1.99958381|H,0,2.24192071,-0.51045803,-3.16347523|S,0,-0.15652
    992,-0.54034701,-0.29721188||Version=EM64W-G09RevE.01|State=1-A|HF=-16
    55.5964412|RMSD=6.670e-009|Dipole=-5.0355349,0.0580285,-2.2618645|Pola
    r=399.0819696,0.3780517,137.7508108,6.8861467,-0.2766246,273.2366043|H
    yperPolar=-2843.1582646,160.9794985,-31.8127931,20.485959,-572.6839217
    ,101.8582483,-40.642245,-877.6781298,34.7148673,-268.1840978|Quadrupol
    e=50.8926976,-37.59692,-13.2957776,-7.0281935,-7.7076326,1.8553663|PG=
    C01 [X(C16H18N3O1S2)]||@
      0  1

  17. #17
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    Ce n'est pas parce que c'est écrit en deux lignes mais parce que les lettres majuscules et les lettres minuscules ne sont pas les mêmes.

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    sed -z 'y/\n|/ \n/;' fichier.txt | grep -i 'Polar'
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  18. #18
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    j'u aussi ces deux commandes la
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    tr -d '\n' < data.txt | sed 's/\\/\n\\/g' | fgrep '\Polar=' | sed 's/\\Polar=//'
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    tr -d '\n' < data.txt | sed 's/\\/\n\\/g' | fgrep '\HyperPolar=' | sed 's/\\HyperPolar=//'
    comment changer le séparateur entre | et \ pour régler le problème si polar est écris en deux lignes
      0  1

  19. #19
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    Autant pour moi, je ne me rends compte que maintenant que ce que je t'ai donné ne marchait pas dans le cas d'un « Polar » en plusieurs lignes. Décidément…
    Donc voici le correctif :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    awk -F '=' -v 'RS=|' '{gsub("\n","")} /Polar/{print $2}' nom-du-fichier
      1  0

  20. #20
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    Par défaut
    dans ce cas ca ne donne qu'une seule ligne?

    9663742,-2.83152488|S,0,3.89127457,0.68531615,1.04602614|N,0,2.7522415
    7,0.37073704,-1.34208351|C,0,2.46629481,0.26170773,0.10229667|C,0,-1.1
    8498553,-0.48084873,1.14872849|C,0,-2.51925065,-0.24639872,1.11216704|
    H,0,-3.08287955,-0.2197807,2.02129511|C,0,-3.2242556,-0.01828171,-0.23
    784427|C,0,-2.47973629,-0.05453266,-1.42474961|C,0,-3.12451627,0.15290
    131,-2.64416588|H,0,-1.4262708,-0.2396526,-1.39574775|C,0,-5.19376387,
    0.41681869,-1.42835439|C,0,-4.49885349,0.39152727,-2.6452469|H,0,-2.57
    493853,0.12940427,-3.56194158|H,0,-6.24805815,0.59941779,-1.42374322|H
    ,0,-5.0178681,0.55379693,-3.56676326|C,0,-5.30306335,0.24604441,0.9939
    3235|H,0,-5.65827947,-0.73712145,1.22220047|H,0,-4.66559353,0.58704325
    ,1.78276189|H,0,-6.13489763,0.91169194,0.89460909|N,0,-4.54803605,0.21
    376345,-0.26693706|C,0,1.277252,-0.12114555,0.62781309|C,0,0.96240823,
    -0.23339178,2.12690427|O,0,1.78752312,0.06085701,3.03032755|N,0,-0.421
    92908,-0.70691343,2.4054198|C,0,-1.00824367,0.02300324,3.53871445|H,0,
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