Pour faire très court ce n'est pas du côté du temps de génération de l'opcode qu'il faut chercher de l'optimisation.
Mais plutôt du côté du temps de chargement des fichiers, en gros le système de fichier est au cœur du problème.
Comme précédemment dit on n'inclut pas 100 fichiers si on n'en utilise que 3. Tout comme on ne fait pas un fichier regroupant 1000 fonctions si on sait qu'en général seules 3 sont utilisées.
Je suis content de voir que certaines personnes s'intéressent au fonctionnement de PHP, c'est tellement rare.
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