Bonjour à tous,

je débute en script bash. Je travaille avec le logiciel R pour faire une grande étude statistique. Pour lancer plusieurs script R, j'utilise un script bash. Le problème, c'est que je travaille en collaboration. Nous avons les même jeux de données. Dans mon script R, je suis en train de rajouter une boucle if pour que mon collègue puisse faire tourner le script bash et les scripts R également sur sa machine.

Voici un exemple du code:

Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
 
 
#! /bin/bash
 
arg=${1:-b}
 
echo $arg
 
if [$arg == j] setwd("C:/Analysis/2013 DNA methylation/Analysis_3_general mixtures") 
 
then 
   [$arg == b]
 
      PATH=$PATH:$/home/benoit/Documents/Svn/Analysis_4_Extrem_values
      FILES=/home/benoit/Documents/Svn/Analysis_4_Extrem_values/Data_test/*.ct
      fi
 
 
echo "Start of Gaussian test"
 
for f in $FILES
 
   do
 
      echo "Test extrem values"
 
      R --vanilla --slave $* < ./Histogramm_01.r --args $f &>> erreur_Histogramm-01.log
 
      echo "--------------------------------- END --------------------------------------"
 
   done
Merci pour votre aide :-)