Discussion :

[socaw]

Bonjour à tous,

Je dois automatiser des procédures statistiques que l'on exécute avec le logiciel R.
J'utilise donc le module Statistics::R.
Lorsque je lance un script depuis la console la connexion s'établit sans problème et mes traitements statistiques s'effectuent sans soucis.

Maintenant, j'aimerais pouvoir lancer de tels scripts depuis mon serveur web (Wamp2.0). Or ça ne fonctionne pas...

Code :

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#!C:/wamp/apps/Perl/bin/perl.exe
#===============================
# Exemple de travail avec R depuis un cgi
#===============================
use strict;
use warnings;
use CGI;
use CGI::Carp qw(fatalsToBrowser);
use Statistics::R;
 
my $cgi = CGI->new;
my $R = Statistics::R->new();
 
print "Content-type: text/html\n\n";
 
$R->startR;
$R->send('a<-3');
$R->send('b<-4');
$R->send('calc<-a+b');
$R->send('print(calc)');
my $return_r = $R->read;
print $return_r;
$R->stopR();

En regardant dans le errorlog d'Apache, j'obtiens ceci :

essai_r_cgi.pl: Can'find R binary! at C:/wamp/apps/Perl/site/lib/Statistics/R.pm line 74.
essai_r_cgi.pl: Can't call method "startR" on an undefined value at C:/wamp/bin/apache/Apache2.2.11/cgi-bin/essai_r_cgi.pl line 17.

Donc le script Perl ne trouve pas le dossier où est situé l'exécutable de R.

En regardant la description du module sur le CPAN, je vois que l'auteur du module renseigne qu'on peut passer des options à l'objet NEW...

NEW
When creating the R bridje object (Statistics::R), you can set some options:
r_bin
The path to the R binary.

Si je comprends bien, avec l'option r_bin on peut renseigner le chemin où le module peut trouver l'exécutable de R? Mais, pour la syntaxe, je ne comprends pas comment passer cet option à l'objet ?

[stoyak]

Voici les paramètres pour spécifier l'espace de travail et l'exécutable

Code :

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        $R = Statistics::R->new(
          "log_dir" => $espace_travail,
          "r_bin"   => $rbin,
        );

$rbin correspond au chemin vers ton exécutable.

[djibril]

Pense également à mettre à jour ta version de Statistics::R, la version actuelle est la 0.07 .

[socaw]

Merci pour ces réponses rapides

J'ai bien mis à jour le module Statistics::R, version 0.07

J'ai suivi les informations de stoyak. Voici le morceau de code que j'utilise maintenant.

Code :

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my $rbin = 'C:/R/R-2.12.0/bin/';
my $R = Statistics::R->new(
	"r_bin" => $rbin
);

Le cgi qui lance R fonctionne, je récupère le résultat des analyses dans une page web.

Malheureusement, mon script en console ne fonctionne plus... Pourtant, c'est la même démarche de connexion à R que j'utilise. Voilà ce que l'interpréteur me balance :

Code :

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readdir() attempted on invalid dirhandle $DH at C:/wamp/apps/Perl/site/lib/Statistics/R/Bridge.pm line 633.
closedir() attempted on invalid dirhandle $DH at C:/wamp/apps/Perl/site/lib/Statistics/R/Bridge.pm line 645.
Use of uninitialized value $ver_dir in concatenation (.) or string at C:/wamp/apps/Perl/site/lib/Statistics/R/Bridge.pm line 730.
readdir() attempted on invalid dirhandle $DH at C:/wamp/apps/Perl/site/lib/Statistics/R/Bridge.pm line 633.
closedir() attempted on invalid dirhandle $DH at C:/wamp/apps/Perl/site/lib/Statistics/R/Bridge.pm line 645.
Can'find R binary! at C:/wamp/apps/Perl/site/lib/Statistics/R.pm line 36.
Can't call method "startR" on an undefined value at regression.pl line 83.

En lisant la doc, je trouve ceci :

readdir()/closedir()/etc. attempted on invalid dirhandle
These new warnings are now emitted when a dirhandle is used but is either closed or not really a dirhandle.

Est-ce que ça veut dire que le dossier "reste" utilisé par le bridge établi par le cgi qui a été lancé avant le script en console ?

[djibril]

Si tu ne veux pas avoir de soucis :
Tu dois bien penser à fermer ta connexion R à la fin de ton programme console ou cgi
Pense également à préciser un répertoire de travail pour R dans tes programmes, sinon R utilise un par Défaut. Je pense que le CGI et le script devait donc utiliser le même.

Utilise le code de stoyak

Code :

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$R = Statistics::R->new(
          "log_dir" => $espace_travail,
          "r_bin"   => $rbin,
        );

et précise "log_dir".

[socaw]

J'ai travaillé avec l'instruction complète de stoyak, mais j'ai toujours le même message d'erreur et j'utilisais bien l'instruction

Code :

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$R->stopR();

dans chacun des scripts.

[djibril]

As tu essayé d'utiliser un répertoire de travail différent en console de celui en cgi ?

[socaw]

Oui, c'est la cas.