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Modules Perl Discussion :

module Statistics ::R


Sujet :

Modules Perl

  1. #1
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    Par défaut module Statistics ::R
    Bonjour utilisant le module Statistics::R
    j'ai créé une matrice que j'essaie d'imprimer dans un fichier.
    Mais le fichier reste désespérément vide ...

    Voici mon code :

    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    #!/usr/bin/perl -w
     
    use strict;
    use warnings;
    use Statistics::R;
     
    open(OUT, ">resultats.txt");
     
    my $log_dir = '/share/ExperimentsDB/Projet_Gilles/Test-haploview';
     
    my $r_bin = '/usr/local/bin/Rscript';
     
    my $R = Statistics::R->new(
      "r_bin"	=>$r_bin,
      "log_dir"	=>$log_dir,
     ) or die"Problem with R : $!\n";
     
    $R->startR;
     
    $R->send (
     q`
        m<-c(1:100)
        mat<-matrix(m,nrow=2,ncol=50,byrow=T)
        \n print(mat)
      `
    );
     
     
    print OUT $mat;
    J'ai essayé aussi de mettre la matrice dans un tableau et d'imprimer le tableau ligne par ligne, mais sans plus de résultats.

    Quelqu'un a-t-il une idée ?

    Merci d'avance.

  2. #2
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    Par défaut
    tu ne t'y prends pas de la bonne manière tout simplement.

    ce module se comporte comme si perl devenait ta console R
    donc tu dois imprimer via R, comme ceci par exemple:
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    #!/usr/bin/perl -w
     
    use strict;
    use warnings;
    use Statistics::R;
     
    my $out = "resultats.txt";
    my $log_dir = ".";
    my $R = Statistics::R->new(
        "log_dir"=>$log_dir
        ) or die"Problem with R : $!\n";
     
     
    my $cmds = <<EOF;
    m<-c(1:100)
    mat<-matrix(m,nrow=2,ncol=50,byrow=T)
    write.table(mat,"$out")
    EOF
        $R->run($cmds);
    Hope this helps !
    Nous les geeks, c'est pas qu'on a une case en moins, c'est juste qu'on compte à partir de zéro.
    Plus les choses changent, plus elles restent les mêmes

  3. #3
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    Par défaut Merci
    Merci beaucoup
    ta solution fonctionne très bien

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