Discussion :

[stoyak]

Bonjour,

Je me demandais si vous seriez intéressés par la réalisation d'une application graphique faite en Perl/Tk qui permettrait d'effectuer des tâches répétitives en bioinformatique. Elle serait gratuite, installable sous Windows (et pourquoi pas sous Linux). Elle pourrait permettre de faire ceci :
Traduire une séquence d'ADN en séquence protéique (les 6 cadres de lecture)
Fusionner ou découper des fichiers fasta
Convertir un fichier fasta en embl
Trouver un motif dans une séquence fasta
Parser un fichier Genbank (récupérer la séquence, les positions d'exons, introns, etc)
Parser un fichier de résultat blast
.../...

Si oui, il faudrait que tout le monde propose des idées de fonctions à ajouter.
Que l'on fasse ensuite un mixage des propositions, que ceux qui le souhaitent proposent un ou plusieurs codes réalisant des tâches précises.

Je me chargerais en plus de certaines tâches, de concevoir l'application graphique en combinant tous vos codes.

Intérêt : Le but est que chacun puisse avoir un outil bioinfo basique en local sans être dépendant du net.

N'hésitez pas à me dire ce que vous en pensez, à faire des propositions, des suggestions que vous soyez pour ou contre.

Merci

[Jasmine80]

A oui, ça pourrait être chouette. Je travaille justement sur une interface Tk calculant à partir d'une amorce dégénérée ou non, toutes les séquences possibles ainsi que leur Tm respectif et le Tm moyen.

Une autre fonction pourrait être de rechercher les dimères et hairpin possibles dans un couple d'amorce afin de vérifier leur compatibilité mais c'est déjà plus compliqué à coder.

A partir d'une séquence, trouver le bon cadre de lecture.


...

[djibril]

Je suis pour à 100%.
Déjà 2 votes pour, c'est un bon début.

[MaliciaR]

L'idée dans l'absolu est bonne, mais j'ai plusieurs remarques :
- beaucoup de labos utilisent des Macs ; dans beaucoup de labos, on a carrément le choix de la distri et les OS libres (surtout Ubuntu) commencent à être très présents => faire une appli qui tourne sous Windows me paraît d'un intérêt assez limité...
- GenBank n'est pas utilisé par tout le monde; perso (et beaucoup de gens que j'ai vu dans divers instituts), j'utilise SRS et donc, EMBL;
- je me souviens d'une discussion assez récente sur la liste des Mongueurs où beaucoup de Perlistes abandonnent Perl/Tk au profit de Python dont les bindings sont très enviables...;
- pourquoi recréer un truc alors que plein de softs existent déjà? C'est tout de même disperser les efforts...

[djibril]

Salut MaliciaR,

De ce que j'ai compris de l'idée de stoyak, le but n'est pas de réinventer la roue, mais juste de faire un outil qui regrouperait diverses fonctionnalités (simple) dont la plupart des biologistes se servent, d'où la liste qui est à compléter, à murir. Donc Genbank n'est pas un choix absolu, si l'application peut gérer plusieurs formats différents ce serait pas mal. Par expérience, beaucoup de personnes utilisent expasy ou autres sites pour bénéficier des outils développés, ce qui est très bien. Mais des fois, certains biologistes, ou même bioinformaticiens ont besoin de tâches simples à développer mais pas toujours disponible comme parser un fichier fasta, découper un très gros fichier fasta en plusieurs en fonction du nombre d'entrées, d'une taille précise, etc. Donc je pense que l'idée est pas mal. A vous de donner des idées., faire des propositions.

En ce qui concerne l'OS, Je pense que ça ne pose pas de soucis. Perl Tk est utilisable sur toutes les plate-formes existantes (Windows, Linux ou Mac). Il suffit d'avoir Perl et Tk. Il est également possible de créer des exécutables qui pourraient être utilisables directement sous Windows sans avoir Perl, Idem pour Linux et même Mac. Il est vrai que MAC est très présent dans les instituts de l'INRA par exemple, mais je ne vois pas où est le problème.

En ce qui concerne Perl et python, chacun fait ce qu'il veut. J'ai déjà conçu des logiciels en Perl/Tk que j'ai packagé, mis en production et distribuer chez des clients sans soucis. Donc c'est tout à fait faisable. A chacun ses choix et compétences. Sinon, on pourrait dire aussi qu'il est préférable d'utiliser JAVA ou .Net pour concevoir l'appli.

De plus, nous sommes sur le forum Perl, alors c'est toujours une bonne occasion de parler de Perl, donnez envie aux forumeurs à tester Perl/Tk, etc.

Je rajoute à liste ceci :
Découper un fichier fasta en plusieurs en fonction du nombre d'entrées, d'une taille précise en ko ou autres
Diverses manipulations des fichiers tabulés très utilisés en bioinfo
- nombre de lignes, colonnes, transposition de fichiers, matching de lignes, colonnes
Parsing de fichiers fasta, embl, SRS, PDB, etc


Voilà

[MaliciaR]

Je ne suis toujours pas convaincue de l'utilité de cet outil, si l'on prend en compte le temps qu'il représentera pour être créé. Les commentaires que j'apporte plus bas sont un complément à mon précédent post pour tenter d'expliquer encore une fois pourquoi. Par ailleurs, je trouve plus utile de contribuer à des projets déjà entamés tel EMBOSS, à la traduction d'outils déjà existants et de grande utilité à la communauté ou encore au packaging pour Debian et Debian-like à des outils utilisés, mais pas encore sous forme de .deb... Ce n'est évidemment que ma position personnelle

De ce que j'ai compris de l'idée de stoyak, le but n'est pas de réinventer la roue, mais juste de faire un outil qui regrouperait diverses fonctionnalités (simple) dont la plupart des biologistes se servent, d'où la liste qui est à compléter, à murir.

Je n'ai pas l'impression que ce soit des taches si demandées que ça, finalement. Je pense qu'un outil pour visualiser des séquences après séquençage ou pour de la digestion de vecteurs est beaucoup plus utilisé. Ou pour designer des primers. Or, ces outils existent déjà depuis bien longtemps...
Mais bon, ça ne reste que mon avis.

En ce qui concerne l'OS, Je pense que ça ne pose pas de soucis. Perl Tk est utilisable sur toutes les plate-formes existantes (Windows, Linux ou Mac). Il suffit d'avoir Perl et Tk. Il est également possible de créer des exécutables qui pourraient être utilisables directement sous Windows sans avoir Perl, Idem pour Linux et même Mac. Il est vrai que MAC est très présent dans les instituts de l'INRA par exemple, mais je ne vois pas où est le problème.

Je parlais de l'OS parce que ça :

installable sous Windows (et pourquoi pas sous Linux)

Je ne savais pas que c'est difficile, mais cette phrase m'a fait réagir. C'est tout.

En ce qui concerne Perl et python, chacun fait ce qu'il veut. J'ai déjà conçu des logiciels en Perl/Tk que j'ai packagé, mis en production et distribuer chez des clients sans soucis. Donc c'est tout à fait faisable. A chacun ses choix et compétences. Sinon, on pourrait dire aussi qu'il est préférable d'utiliser JAVA ou .Net pour concevoir l'appli.

Tu n'as pas compris ce que je voulais dire... Je suis désolée, mais là où je suis d'accord avec certains mongueurs, c'est que là où Python écrase Perl, c'est le côté graphique; Matplotlib par exemple ou encore Chaco n'ont aucun comparatif en Perl... Les bindings de Python pour Qt par exemple sont sans comparatif chez Perl. Sans parler de la doc.
Donc, ce que je veux dire ici, c'est pas que faire des interfaces en Perl/Tk est impossible ou que sais-je, c'est qu'il y a moyen de faire de la visualisation de données et des interfaces nettement plus facilement et mieux avec un autre langage.
En ce qui concerne Java, BioJava a l'air pas mal, mais je ne connais pas bien du tout pour en apporter un avis constructif. Concernant .Net, il n'y a à ma connaissance pas de BioDotNet, donc ce n'est ptet pas un super choix

De plus, nous sommes sur le forum Perl, alors c'est toujours une bonne occasion de parler de Perl, donnez envie aux forumeurs à tester Perl/Tk, etc.

Ca, c'est une autre question. Si le projet est "faire vivre le forum Perl en créant une appli pour la bioinfo", faut le dire

Parsing de fichiers fasta, embl, SRS, PDB, etc

Euh, juste une remarque : SRS n'est pas un fichier. C'est une plateforme d'interrogation de banques de données biologiques.

[djibril]

Bon écoute, si tu penses que Perl n'est pas un langage de programmation qui doit être utilisé en bioinfo via perl Tk ou autre, rien ne t'oblige à l'utiliser.
Si je peux me permettre, je ne te vois pas poster dans le sous forum interface graphique de Perl, donc je ne pense pas que tes compétences informatique en Perl soient en adéquation à des critiques sur ce sujet. En ce qui concerne tes compétences en python, je ne les jugerais pas.
Le but de ce poste n'est pas de faire une comparaison entre python et Perl qui sera sans fin (c'est de même pour d'autres langages).

1-Juste pour ton information, Il est possible de faire des interfaces en Perl via Tk, Qt, Wx, GTK2; opengl, etc. Python n'a rien inventé à ce sujet car il utilise les librairies suivantes : Tkinter, wxPython, pyGTK, et pyQt. Bref, je n'ai absolu rien contre python, si j'étais sur le forum C++, j'en ferais de même.

2- J'ai déjà conçu des applications bioinfo pour faire de la visualisation de données, de génomes, gènes, sondes, etc en Perl/Tk, idem dans d'autres langages. J'en ai déjà vu conçu en tcl/Tk (langage d'origine). Donc rien n'est impossible.

3- Pour information, il existe beaucoup d'applications conçues en JAVA, C++, C#, etc. BioJAVA, Biopython et bioperl, ne servent pas à concevoir des applis graphiques, c'est juste un regroupement des fonctionnalités permettant aux développeurs de ne pas réinventer la roue pour certaines tâches bioinformatique. Mais dès qu'il s'agit de concevoir des widgets, c'est le même train train.

4. En ce qui concerne les tâches les plus demandées en bioinformatique, je ne pense pas que tu as assez d'expériences dans ce domaine pour donner un avis si tranché. Connaissant parfaitement ce milieu que ce soit dans le privée ou dans le publique, tu te trompes, mais bon, je ne vais pas revenir dessus.

5- On ne te demande pas de tout développer et si tu penses que le seul but est faire vivre le forum, tu peux toujours passer ton chemin et voter contre. Nous sommes sur un forum publique.

6- Concernant les fichiers de banques de données, désolé du lapsus, mais il n'est pas nécessaire d'avoir des réactions si hautaine.

Désolé si ma réaction est sanglante, mais j'en ai un peu marre de voir des critiques non fondées et surtout de lire des inepties dans des domaines d'applications que les gens ne maitrisent pas.

Donc, je maintien que l'idée de stoyak est intéressante. Je ne pense pas que son but soit de faire une application qui va révolutionner le monde ou faire du café . Elle pourrait même être très très basique au début et ne servir qu'à traduire une séquence. C'est bête, mais c'est un début. elle pourra toujours évoluer par la suite. Et si je ne me trompe, c'était juste une proposition, donc si personne n'est intéressée, y a pas de mal, il peut toujours se débrouiller tout seul.

Merci

[ATAKO]

je suis parfaitement d' accord .Tes idées sont des idées pertinantes.