Discussion :

[Saoua83]

Bonjour,

Voici mon problème :
Je possède une liste de symbole de gène (dont je ne sais pas si ce sont le symbole approuvé HGNC, ou si ce sont un des symboles précedemment pris par les gène). A partir de cette liste de symbole de gene, je cherche à récupérer les identifiants HGNC, ainsi que le symbole approuvé correspondant. J'aimerais utiliser BioMart et le langage Perl, mais j'ai quelques problèmes, j'ai bien suivi toute les étapes d'installation de martj et de biomart-perl sans problème (sauf que je n'ai pas fait la partie sur apache, je ne pense pas en avoir besoin). Lorsque j'exécute mon script perl, voici l'erreur obtenu :

Can't locate BioMart/Initializer.pm in @INC (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.10.0 /usr/local/share/perl/5.10.0 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.10 /usr/share/perl/5.10 /usr/local/lib/site_perl .) at ./test_biomart.pl line 5.
BEGIN failed--compilation aborted at ./test_biomart.pl line 5.

Je tourne en rond... j'aimerais un peu d'aide, si quelqu'un à une idée, faites m'en pars sil vous plais.
Que ce soit sur l'origine de l'erreur, ou pour une autre méthode

Merci d'avance

[stoyak]

Tu as typiquement un problème d'installation de ton module!

Je te conseille de lire l'article sur l'installation des modules si tu ne l'as pas déjà fait!

De plus, si tu veux un petit coup de main sur tes scripts, je te conseille de mettre ton code dans tes posts!

J'ai cherché à récupérer le module Biomart sur ppm ... et je ne l'ai pas trouvé! J'ai vu le site suivant ... Comment as-tu installé biomart-perl ?

[Saoua83]

Tu as typiquement un problème d'installation de ton module!

Je te conseille de lire l'article sur l'installation des modules si tu ne l'as pas déjà fait!

C'est fait d'ailleurs, initialement il me manquait des modules que j'ai installé avec succès grâce à cpan (cpan -i Module::Name).

J'ai cherché à récupérer le module Biomart sur ppm ... et je ne l'ai pas trouvé! J'ai vu le site suivant ... Comment as-tu installé biomart-perl ?

Le module n'est pas récupérable sur ppm, donc c'est normal que tu ne l'ai pas trouvé. J'ai installé biomart-perl comme indiqué sur la page que tu cites.
J'ai suivi la partie 1.2 pour le download puis en partie le chapitre 1.4, car je ne voulais pas de Apache, en effet j'ai déjà un serveur apache installé... c'est peut-être cette partie là qui fait défaut.

De plus, si tu veux un petit coup de main sur tes scripts, je te conseille de mettre ton code dans tes posts!

Voici l'erreur :

Can't locate BioMart/Initializer.pm in @INC (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.10.0 /usr/local/share/perl/5.10.0 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.10 /usr/share/perl/5.10 /usr/local/lib/site_perl .) at ./test_biomart.pl line 5.
BEGIN failed--compilation aborted at ./test_biomart.pl line 5.

Il y a peut-être aussi (surement) un problème au niveau du $confFile...

Et voici mon script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
# An example script demonstrating the use of BioMart API.
# This perl API representation is only available for configuration versions >=  0.5 
use strict;
use BioMart::Initializer;
use BioMart::Query;
use BioMart::QueryRunner;
 
#"PATH TO YOUR REGISTRY FILE UNDER biomart-perl/conf/. For Biomart Central Registry navigate to
#http://www.biomart.org/biomart/martservice?type=registry"
my $confFile = "/home/BioMart/biomart-perl/bin/configure.pl";
#
# NB: change action to 'clean' if you wish to start a fresh configuration  
# and to 'cached' if you want to skip configuration step on subsequent runs from the same registry
#
 
my $action='cached';
my $initializer = BioMart::Initializer->new('registryFile'=>$confFile, 'action'=>$action);
my $registry = $initializer->getRegistry;
 
my $query = BioMart::Query->new('registry'=>$registry,'virtualSchemaName'=>'default');
 
 
	$query->setDataset("hgnc");
	$query->addFilter("gd_record", ["primary"]);
	$query->addFilter("gd_app_sym", ["BRAF","AKR1B10"]);
	$query->addAttribute("gd_app_sym");
 
$query->formatter("TSV");
 
my $query_runner = BioMart::QueryRunner->new();
############################## GET COUNT ############################
# $query->count(1);
# $query_runner->execute($query);
# print $query_runner->getCount();
#####################################################################
 
 
############################## GET RESULTS ##########################
# to obtain unique rows only
# $query_runner->uniqueRowsOnly(1);
 
$query_runner->execute($query);
$query_runner->printHeader();
$query_runner->printResults();
$query_runner->printFooter();
#####################################################################

Merci de ton aide

[fripette]

Bonjour,
J'aurai aime savoir comment as tu pu fixer ce probleme.
En effet, je rencontre le meme malgre avoir suivi les liens fournis.
L'installation me semble reussie car j'ai obtenu :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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~/perl_modules/biomart-perl$ perl bin/configure.pl -r conf/registryURLPointer.xml 
 
Do you want to install in API only mode [y/n] [n]: y
 
		API configure only checks dependencies for using API
		Any additional switches supplied to this script will be ignored
 
 
Checking prerequisites ...
Looks good.... you are done.

Bien que j'ai explicitement demande l'import du module

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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use lib "/home/drula/perl_modules";
use lib "/home/drula/perl_modules/biomart-perl";
use lib "/home/drula/perl_modules/biomart-perl/lib/BioMart";
 
use strict;
use warnings;
use BioMart::Initializer;
use BioMart::Query;
use BioMart::QueryRunner;

je me retrouve avec le message:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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3
 
Can't locate BioMart/Initializer.pm in @INC (@INC contains: /home/drula/perl_modules/biomart-perl/lib/BioMart /home/drula/perl_modules/biomart-perl /home/drula/perl_modules /home/drula/perl_modules/bioperl /home/drula/perl_modules/bioperl/bioperl-live /home/drula/perl_modules/bioperl/ensembl /home/drula/perl_modules/bioperl/ensembl-compara /home/drula/perl_modules/DBD /home/drula/perl_modules/bioperl/BioPerl-1.6.0 /home/drula/perl_modules/bioperl/release50/ensembl-compara/modules /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.8.8 /usr/local/share/perl/5.8.8 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.8 /usr/share/perl/5.8 /usr/local/lib/site_perl .)
A fatal error (trappable)

Merci pour ton aide