Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,


Je suis sous Windows. J'ai un fichier et j'aimerais effectuer cette commande
formatdb -p F -i P:/chemin/fichiers.fa -n P:/chemin/NomBLASTdb
L'ennui est que je dois effectuer cette commande dans
C:\BLAST\bin>

J'ai essayé d'utiliser 'exec' mais je ne sais pas comment indiqué le répertoire où effectuer cette commande.
Dois-je utiliser un module, une variable changeant le répertoire de travail? par défaut perl utilisera le répertoire où se situe le prorgamme.pl, dois-je remplacer ce chemin par C:\BLAST\bin>?


Merci pour votre aide,

[stoyak]

En effet, pour blast ou clustalw, il faut que la commande soit exécutée depuis le répertoire 'bin'. Or, par défaut, ton script s'exécute dans ton répertoire de travail.
Tu peux donc utiliser la commande chdir pour te placer de manière temporaire dans ton bin.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $path_bin = "C:/BLAST/bin";
chdir($path_bin);

Tu peux ensuite exécuter ton code pour formater tes séquences. Une fois fini, tu ré-utilises chdir pour retourner à ton programme principal.

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $path = "P:/Theorie/strainsDB/";
my $fasta_file= "strains_seq.fa";
my $blastDB_file = "strains_BlastDB";
 
my $path_bin = "C:/BLAST/bin";
chdir($path_bin);
 
exec("formatdb -p F -i $path"."$fasta_file -n $path"."$blastDB_file")   or die "$!";

Génial, ça fonctionne merci beaucoup. Est-il nécessaire de réinitialiser chdir?

[Jasmine80]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#----------------- BLAST_ITS.pl
 
use strict;
use warnings;
use Time::localtime;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
 
my $start= ctime();
 
my $path = 'P:/Theorie/strainsDB/';
my $fasta_file= 'strains_seq.fa';
my $blastDB_file = 'strains_BlastDB';
 
my $path_bin = 'C:/BLAST/bin';
chdir($path_bin); 
exec("formatdb -p F -i $path"."$fasta_file -n $path"."$blastDB_file")   or warn "$!";
 
my $path_work = 'P:/Perl/script2/Pierre_Alain';
chdir($path_work);
 
print "OK\n";
 
sleep(1000);
 
my $input = Bio::Seq->new(-id=>'input_seq',-seq=>"TGGTGTTGGGCGTTTTTTTGTCTTGCTGCAAGCAAGACTCGCCTTAAAACGATTGGCAGCCGGCCTACTGGTTTCGGAGCGCAGCACATTTTTTGCGCTTGCAACCAGCAAAAGAGGTTGGCGATC");
my $output_file = 'Test_ITS.blast';
my @params = ('program' => 'blastn' , 'database' => $path.$blastDB_file );
my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params);
$factory->outfile($path.$output_file);
$factory->executable('blastall', 'C:/BLAST/bin/blastall.exe');
my $bl2seq_report = $factory->blastall($input);
 
my $end = ctime();
 
print "$start\t$end\n";

Le problème est que le programme crée bien les fichiers pour la base de données Blast mais ensuite, il semble s'arrêter. Ni les print, ni le sleep ne fonctionne .

[Jasmine80]

Si je supprime la partie créant les fichiers (tout en laissant les fichiers créés lors de l'exécution précédente.)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $path_bin = 'C:/BLAST/bin';
chdir($path_bin); 
exec("formatdb -p F -i $path"."$fasta_file -n $path"."$blastDB_file")   or warn "$!";
 
my $path_work = 'P:/Perl/script2/Pierre_Alain';
chdir($path_work);

Le code s'effectue jusqu'à la fin et j'obtiens bien le résultat du Blast dans le fichier Test_ITS.blast


Merci pour votre aide,

[djibril]

sache que exec arrete le script. Utilise plutot system

[Jasmine80]

Ah voila donc le problème, je pensais que system ne devait être utilisé que quand on voulait un retour d'informations à l'écran. Merci pour votre aide à tous les 2.

[Jasmine80]

Ce message pour faire remarquer à ceux qui s'inspireraient de ce code que c'est un and et non un or à utiliser.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

system("formatdb -p F -i $path"."$fasta_file -n $path"."$blastDB_file") and warn "$!";

system() renvoie 0 quand il réussit, le code d'erreur quand il échoue, comme sous le shell, contrairement aux commandes Perl habituelles (qui renvoie 0 si elles échouent), l'idiome "... or warn/die ...;" est donc inapproprié, il faut utiliser and à la place de or.