Discussion :

[scalande]

Bonjour,

J'ai un problème particulier et je voudrais savoir si VTK ou ITK pourrait le résoudre.

Je dispose de 55 images de coupes du corps humain dans le sens "transversal" => voir http://upload.wikimedia.org/wikipedi...e_anatomie.jpg

Ces images sont en fait la décomposition (en 55) du VOLUME du corps humain.

Je souhaiterais en fait récupérer une partie des pixels de chacune des 55 images pour pouvoir générer une image d'une certaine coupe, mais cette fois dans le sens "frontal" ou "sagittal".

Donc il s'agit vraiment d'aller chercher les pixels aux bons endroits dans le volume (représenté par les 55 images) et de les arranger pour former une image d'un autre point de vue -> frontal, sagittal

J'imagine que ce n'est pas très simple...
VTK peut-il aider à faire qqch du genre ?
Ou ITK ?

Un grand merci !

[TanEk]

Je ne suis pas un expert en manipulation de données volumiques avec VTK mais il me semble qu'il permet de stocker un volume de données composé de plusieurs images au moyen de vtkRectilinearGrid :

http://www.vtk.org/doc/nightly/html/...inearGrid.html

Pour construire un volume avec des images :

http://www.vtk.org/doc/nightly/html/...umeReader.html

Ensuite on peut en faire un affichage suivant des iso-surfaces, etc. Si tu as ton volume de donné au format DICOM tu pourras de suite travailler dessus :

http://www.vtk.org/doc/nightly/html/...ageReader.html

Après je ne connais pas d'algorithme faisant exactement ce que tu veux mais il est facile d'extraire un plan d'un volume de données. Imaginons que le volume soit dans un repère (i,j,k) avec i l'axe dans la coupe frontale, il te suffit de le fixer et de reconstruire une image en faisant varier j et k.

Pour construire une image à partir d'un tableau tu as des image writer dans VTK :

http://www.vtk.org/doc/nightly/html/...ageWriter.html

[scalande]

Merci beaucoup, je vais plancher sur ces solutions.

Mes images seront effectivement dans le format DICOM.
Mais concernant ce sujet, mon maître de stage (je suis en fait étudiant en MASTER-2 Informatique et je fais un stage dans un hôpital sur le PET-CT) m'a dit que j'aurais 55 images représentant chacune une "tranche" du corps humain (région des poumons) dans le format DICOM.

Et donc, j'en ai conclu qu'un fichier DICOM contient une image 2D, et non un volume 3D. Mais dans ton message tu sembles parler d'un "Volume de donné au format DICOM". As-tu plus de choses à me dire sur ce sujet ?

[TanEk]

Non le DICOM c'est constitué de plusieurs images 2D qui constituent une image 3D comme une succession de lignes qui sont 1D forment une image 2D.

[shenron666]

de toute façon, de la même façon que la 2D est dérivée de la 1D (comme l'explique TankEd)
la 3D est dérivée de la 2D
pour créer un volume 3D on empile simplement des surfaces 2D

si le matériel à ta disposition te le permet, tu pourrais utiliser les textures 3D

[scalande]

Je confirme que j'aurai à ma disposition 55 images et fichiers DICOM bien distincts. Pour certains appareils médicaux on utilise des fichiers DICOM 3D (ex: angiographie) mais pour les images provenant du PET-CT, c'est dans des fichiers différents en 2D