Compilation code source

**anibal** · 12/11/2007, 11h46

Bonjour je suis en train d'essayer de compiler un code source mais j'ai des problemes lors de la compilation que je comprends pas le code a été développé sous VC et je l'ai adapté sous linux.

Voici le message d'erreur

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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g++ -c Analysis.cpp -o Analysis.o
Analysis.cpp: In function 'void DiscardMotif()':
Analysis.cpp:108: error: no match for 'operator=' in 'MotifIter = MotifMap. std::map<_Key, _Tp, _Compare, _Alloc>::erase [with _Key = int, _Tp = MotifItem_t, _Compare = std::less<int>, _Alloc = std::allocator<std::pair<const int, MotifItem_t> >](MotifIter)'
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../include/c++/4.1.2/bits/stl_tree.h:152: note: candidates are: std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >& std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >::operator=(const std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >&)
Analysis.cpp: In function 'void UniqueMotif()':
Analysis.cpp:126: error: no match for 'operator=' in 'Next = MotifMap. std::map<_Key, _Tp, _Compare, _Alloc>::erase [with _Key = int, _Tp = MotifItem_t, _Compare = std::less<int>, _Alloc = std::allocator<std::pair<const int, MotifItem_t> >](Next)'
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../include/c++/4.1.2/bits/stl_tree.h:152: note: candidates are: std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >& std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >::operator=(const std::_Rb_tree_iterator<std::pair<const int, MotifItem_t> >&)
make: *** [Analysis.o] Error 1

Merci de votre aide

**koala01** · 12/11/2007, 12h07

Salut,

En gros, il se plaint du fait qu'il n'y a pas d'opérateur d'affectation...

Il te signale que ce l'opérateur d'affectation possible passe par un itérateur de type std::pair.

Visiblement, si on en croit les renseignements donnés, tu essaie de supprimer une entrée dans un tableau associatif de type std::map<int, MotifItem_t>.

La fonction erase de la std::map utilise un itérateur, et il est donc vraissemblable que tu doive disposer d'un itérateur sur l'élément à supprimer:

Soit en tant que membre de ta classe
Soit fournis comme paramètre à ta fonction
Soit recherché dans la fonction sur base d'une clé fournie en paramètre de la fonction

PS: Il aurait été beaucoup plus facile pour tout le monde si tu avais fournis le code des fonctions incriminées, à savoir DiscardMotif et UniqueMotif

**anibal** · 12/11/2007, 12h18

pas de probleme les voici :

Code :

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void DiscardMotif()
{
	map<int,MotifItem_t>::iterator MotifIter;
	bool bAdd;
 
	for(MotifIter=MotifMap.begin();MotifIter!=MotifMap.end();bAdd?MotifIter++:MotifIter)
	{
		bAdd=false;
		if((int)(unsigned int)(*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
			MotifIter = MotifMap.erase(MotifIter);
		else
			bAdd=true;
	}
}
 
void UniqueMotif()
{
	map<int, MotifItem_t>::iterator MotifIter, Next;
	bool bAdd;
 
	for(MotifIter=MotifMap.begin();MotifIter!=MotifMap.end();MotifIter++)
	{
		Next=MotifIter;
		for(++Next;Next!=MotifMap.end();bAdd?Next++:Next)
		{
			bAdd=false;
			if((*MotifIter).second.ProteinID==(*Next).second.ProteinID && (*MotifIter).second.ProteinPos[0]==(*Next).second.ProteinPos[0])
				Next=MotifMap.erase(Next);
			else
				bAdd=true;
		}
	}
}

**anibal** · 12/11/2007, 12h19

j'ai enlevé "MotifIter =" dans la première et "Next=" et il rale plus

**anibal** · 12/11/2007, 12h25

par contre lors de la compilation en verufuant les bugs un par un j'ai obtenu ça comme message d'erreur

g++ -c Analysis.cpp -o Analysis.o
g++ -c MotifFinding5.cpp -o MotifFinding5.o
g++ -c ReadProteinFile.cpp -o ReadProteinFile.o
g++ -c stdafx.cpp -o stdafx.o
g++ -c SubstitutionMatrix.cpp -o SubstitutionMatrix.o
g++ -c Tools.cpp -o Tools.o
g++ -o motif Analysis.o MotifFinding5.o ReadProteinFile.o stdafx.o SubstitutionMatrix.o Tools.o -g -g -lm -L blosum.h blosum62.h stdafx.h structure.h
/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.1.2/../../../../lib64/crt1.o: In function `_start':
(.text+0x20): undefined reference to `main'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [motif] Error 1

**anibal** · 12/11/2007, 12h26

j'ai trouvé le problème.

Merci tout de meme de votre message

**anibal** · 12/11/2007, 12h28

ou peut etre pas

j'ai compilé j'ai lancé et là segmentation fault avec ça comme erreur

Code :

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*** glibc detected *** ./motif: double free or corruption (fasttop): 0x00000000009a2260 ***
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6[0x37ae470412]
/lib64/libc.so.6(cfree+0x8c)[0x37ae473b1c]
./motif[0x408031]
./motif[0x408059]
./motif[0x4080a4]
./motif[0x408b32]
./motif[0x41566b]
./motif[0x4142b4]
./motif[0x40238a]
./motif[0x403bbb]
./motif[0x40f2da]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4)[0x37ae41dab4]
./motif(__gxx_personality_v0+0xb1)[0x4018b9]
======= Memory map: ========
00400000-00421000 r-xp 00000000 00:20 8823532                            /groupes/poch/aniba/PattDT/motif
00621000-00622000 rw-p 00021000 00:20 8823532                            /groupes/poch/aniba/PattDT/motif
00622000-009af000 rw-p 00622000 00:00 0                                  [heap]
37ae000000-37ae01a000 r-xp 00000000 fd:00 2193610                        /lib64/ld-2.6.so
37ae21a000-37ae21b000 r--p 0001a000 fd:00 2193610                        /lib64/ld-2.6.so
37ae21b000-37ae21c000 rw-p 0001b000 fd:00 2193610                        /lib64/ld-2.6.so
37ae400000-37ae547000 r-xp 00000000 fd:00 2193611                        /lib64/libc-2.6.so
37ae547000-37ae747000 ---p 00147000 fd:00 2193611                        /lib64/libc-2.6.so
37ae747000-37ae74b000 r--p 00147000 fd:00 2193611                        /lib64/libc-2.6.so
37ae74b000-37ae74c000 rw-p 0014b000 fd:00 2193611                        /lib64/libc-2.6.so
37ae74c000-37ae751000 rw-p 37ae74c000 00:00 0
37ae800000-37ae882000 r-xp 00000000 fd:00 2193622                        /lib64/libm-2.6.so
37ae882000-37aea81000 ---p 00082000 fd:00 2193622                        /lib64/libm-2.6.so
37aea81000-37aea82000 r--p 00081000 fd:00 2193622                        /lib64/libm-2.6.so
37aea82000-37aea83000 rw-p 00082000 fd:00 2193622                        /lib64/libm-2.6.so
37b4400000-37b440d000 r-xp 00000000 fd:00 2193623                        /lib64/libgcc_s-4.1.2-20070503.so.1
37b440d000-37b460d000 ---p 0000d000 fd:00 2193623                        /lib64/libgcc_s-4.1.2-20070503.so.1
37b460d000-37b460e000 rw-p 0000d000 fd:00 2193623                        /lib64/libgcc_s-4.1.2-20070503.so.1
37b5000000-37b50e5000 r-xp 00000000 fd:00 987280                         /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.8
37b50e5000-37b52e5000 ---p 000e5000 fd:00 987280                         /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.8
37b52e5000-37b52eb000 r--p 000e5000 fd:00 987280                         /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.8
37b52eb000-37b52ee000 rw-p 000eb000 fd:00 987280                         /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.8
37b52ee000-37b5300000 rw-p 37b52ee000 00:00 0
2aaaaaaab000-2aaaaaaac000 rw-p 2aaaaaaab000 00:00 0
2aaaaaada000-2aaaaaadd000 rw-p 2aaaaaada000 00:00 0
2aaaac000000-2aaaac021000 rw-p 2aaaac000000 00:00 0
2aaaac021000-2aaab0000000 ---p 2aaaac021000 00:00 0
7fffc4b6a000-7fffc4b80000 rw-p 7fffc4b6a000 00:00 0                      [stack]
ffffffffff600000-ffffffffff601000 r-xp 00000000 00:00 0                  [vdso]

ce que j'ai fait dans les deux premières routines n'est peut etre pas ce qu'il fallait faire

**anibal** · 12/11/2007, 12h40

ça peut venir des fonctions DiscardMotif() et UniqueMotif() ?

**koala01** · 12/11/2007, 13h03

Ceci dit, et sans vouloir être méchant, j'ai rarement vu un code aussi

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for(MotifIter=MotifMap.begin();MotifIter!=MotifMap.end();bAdd?MotifIter++:MotifIter)

A choisir, je préfèrerais encore une simple boucle "tant que" du style

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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MotifIter=MotifMap.begin();
while(MotifIter!=MotifMap.end())
{
    /* reste du code */
    if(bAdd)
        MotifIter++;
}

qui aurait le meme effet.

De même, pour le code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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if((int)(unsigned int)(*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    MotifIter = MotifMap.

Heuu... je ne suis pas sur de bien comprendre l'utilité de caster ProteinId.size() en entier non signé (car size() renvoie déjà un... entier non signé, grace à un typdef unsigned int size_t), puis de le re caster en entier signé...

On peut, en outre, estimer que Motif_MembreSize ne sera jamais inférieur à 0...

Dés lors, pourquoi ne pas, tout simplement, utiliser un entier non signé comme type pour Motif_MemberSize, et s'éviter les casts inutiles

Au final, le code pourrait très bien être, tout simplement (apres avoir décidé d'utiliser une size_t comme type de Motif_membreSize)

Code :

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MotifIter=MotifMap.begin();
 
while(MotifIter!=MotifMap.end())
{
    if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    {
        MotifIter = MotifMap.erase(MotifIter);
    }
    else
        MotifIter++;
}

(je me suis contenté de garder une logique identique, mais en évitant les tests inutiles

)

Il faut cependant tenir compte que, sauf erreur, la méthode erase de la std::map invalide l'itérateur, et que, en tout cas, elle ne renvoie pas un itérateur (au mieux, elle renvoie le nombre d'éléments supprimés, quand on fournis un itérateur de début et un itérateur de fin)

De ma même manière, je dois avouer que la boucle

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for(++Next;Next!=MotifMap.end();bAdd?Next++:Next)

est, pour le moins... tendancieuse... voire, suspecte

Là encore, une "simple" boucle "tant que" me semblerait bien plus adaptée, ce qui donnerait un code, en prenant les remarques précédentes en compte, proche de

Code :

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for(MotifIter=MotifMap.begin();MotifIter!=MotifMap.end();MotifIter++)
{
    map<int, MotifItem_t>::iterator next=MotifIter;
    next++;
    while(next!=MotifMap.end())
    {
        if((*MotifIter).second.ProteinID==(*Next).second.ProteinID && 
           (*MotifIter).second.ProteinPos[0]==(*Next).second.ProteinPos[0])
            Next=MotifMap.erase(Next);
        else
            next++;
    }
}

(avec toujours la même remarque concernant la méthode remove)

Re PS: essaye d'éviter, quand tu présente un code, d'avoir recours au caractère de tabulation (essaie de le remplacer par 2,3 ou 4 espaces): il est généralement affiché comme étant une succession de... 8 espaces, ce qui risque, à la longue, d'emmener le "code significatif" "au diable vaut vert"...

**anibal** · 12/11/2007, 13h18

tu peux etre mechant avec le code ya pas de soucis je l'ai recupéré pour le tester et son auteur m'a dis que c mal codé donc j'essaye de voir tout ça.
merci pour les info je teste.

**anibal** · 12/11/2007, 13h23

Dans MotifIter = MotifMap.erase(MotifIter); et Next=MotifMap.erase(Next); il rale toujours

**anibal** · 12/11/2007, 13h25

si je fais par exemple MotifMap.erase(Next); au lieu de Next=MotifMap.erase(Next); ça compile sans probleme mais apres ça fait le meme message d'erreur que precedement , il ya un double free corruption

**anibal** · 12/11/2007, 13h26

*** glibc detected *** ./motif: double free or corruption (fasttop): 0x00000000009a2260 ***
======= Backtrace: =========
/lib64/libc.so.6[0x37ae470412]
/lib64/libc.so.6(cfree+0x8c)[0x37ae473b1c]
./motif[0x40801d]
./motif[0x408045]
./motif[0x408090]
./motif[0x408af6]
./motif[0x41562f]
./motif[0x414278]
./motif[0x402376]
./motif[0x403ba7]
./motif[0x40f29e]
/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf4)[0x37ae41dab4]
./motif(__gxx_personality_v0+0xb1)[0x4018b9]

**koala01** · 12/11/2007, 13h43

C'est bien ce que je craignais... (mais je n'en étais plus tout à fait sûr

), la méthode erase invalide l'itérateur.

Tu peux peut être envisager de "jouer" avec la fonction std::remove_if, qui fait appel à un "prédicat" (une recherche sur le forum devrait te donner des explications sur la manière de faire

), ou essayer un code du genre de

Code :

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MotifIter=MotifMap.begin(); 
while(MotifIter!=MotifMap.end())
{
    if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    {
        /* comme erase va invalider l'iterateur,
         *  on va travailler avec un iterateur temporaire
         */
        map<int,MotifItem_t>::iterator temp=MotifIter;
        /* on fait passer l'itérateur réel à l'élément suivant
         */
        MotifIter++;
        /* et on fait supprimer l'itérateur temporaire
         */
        MotifMap.erase(temp);
    }
    else
        MotifIter++;
}

Sinon, une méthode qui risque de prendre pas mal de temps, serait de repartir du premier iterateur à chaque suppression (mais cela donnera un algorithme en !n -vu que cela retestera systématiquement tous les itérateurs déjà testés à chaque fois qu'une suppression aura lieu- ce qui risque d'être désastreux du point de vue des performances)

Cela donnerait un code du genre de

Code :

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MotifIter=MotifMap.begin(); 
while(MotifIter!=MotifMap.end())
{
    if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    {
        MotifMap.erase(MotifIter);
        MotifIter=MotifMap.begin();
    }
    else
        MotifIter++;
}

**anibal** · 12/11/2007, 13h54

euuh ouais je vois pas trop ce que tu veux dire au fait

comme ça ?

Code :

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void DiscardMotif()
{
	map<int,MotifItem_t>::iterator MotifIter;
	bool bAdd;
   MotifIter=MotifMap.begin();
   while(MotifIter!=MotifMap.end())
   {
   map<int,MotifItem_t>::iterator temp=MotifIter;
    if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
    {
        MotifMap.erase(temp);
    }
    else
        MotifIter++;
        }
 
}

**anibal** · 12/11/2007, 13h58

est ce que je peux vous envoyer le package si ça ne te dérange pas trop juste pour voir ce qui cloche ds l'exécution , j'ai pas encore de debugger et je suis pas root

**koala01** · 12/11/2007, 14h40

Envoyé par anibal

euuh ouais je vois pas trop ce que tu veux dire au fait

comme ça ?
<sniped code>

Non, exactement tel que je l'ai indiqué: comme cela

Code :

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void DiscardMotif()
{
    map<int,MotifItem_t>::iterator MotifIter=MotifMap.begin(); 
    while(MotifIter!=MotifMap.end())
    {
        if((*MotifIter).second.ProteinID.size()<Motif_MemberSize)
        {
            /* comme erase va invalider l'iterateur,
             *  on va travailler avec un iterateur temporaire
             */
            map<int,MotifItem_t>::iterator temp=MotifIter;
            /* on fait passer l'itérateur réel à l'élément suivant
             */
            MotifIter++;
            /* et on fait supprimer l'itérateur temporaire
             */
            MotifMap.erase(temp);
        }
        else
            MotifIter++;
    }
}

ou, pour la fonction UniqueMotif un truc du genre de

Code :

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void UniqueMotif()
{
    map<int, MotifItem_t>::iterator MotifIter, Next;
    for(map<int, MotifItem_t>::iterator MotifIter=MotifMap.begin();
        MotifIter!=MotifMap.end();MotifIter++)
    {
        map<int,MotifItem_t>::iterator Next=MotifIter;
        Next++;
        while(Next!=MotifMap.end())
        {
            if((*MotifIter).second.ProteinID==(*Next).second.ProteinID && 
              (*MotifIter).second.ProteinPos[0]==(*Next).second.ProteinPos[0])
            {
                /*il faut aussi un iterateur  temporaire */
                map<int,MotifItem_t>::iterator torem=Next;
                Next++;
                MotifMap.erase(torem);
            }
            else
                Next++;
        }
    }
}

Quant à vérifier tout le projet, je manque malheureusement de temps pour pouvoir le regarder de près, mais, si tu joins le fichier zip à un message, peut être trouvera tu quelqu'un pour qui les journées ne devraient pas durer... 48heures

**anibal** · 12/11/2007, 15h08

le nug vient de là au fait, ya qque chose qui cloche avec cette routine ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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string Clustering()
{
	int max_score;
	int i, j, node_id; // protein_id
	map<pair<int, int>, int>::iterator DistanceIter;
	string tree_str;
 
	node_id = (int)(unsigned int)ProteinVector.size();
 
	while((int)(unsigned int)DistanceMap.size()>1)
	{
		DistanceIter = DistanceMap.begin();
		max_score=(*DistanceIter).second;
		i=(*DistanceIter).first.first;
		j=(*DistanceIter).first.second;
		//max_score=0;
		for(DistanceIter=DistanceMap.begin();DistanceIter!=DistanceMap.end();DistanceIter++)
		{
			if(max_score<(*DistanceIter).second)
			{
				max_score=(*DistanceIter).second;
				i=(*DistanceIter).first.first;
				j=(*DistanceIter).first.second;
			}
		}
		//cout << "max_score=" << max_score << endl << i << "," << j << endl;
		// merge i and j
		NodePair.insert(make_pair(node_id, make_pair(i, j)));
		DistanceMap.erase(make_pair(i, j));
		ModifyDistanceMap(i, j, node_id);
		EraseDistanceMap(i, j);
		node_id++;
	}
	DistanceIter=DistanceMap.begin();
	NodePair.insert(make_pair(node_id, make_pair((*DistanceIter).first.first, (*DistanceIter).first.second)));
 
	tree_str=TreeExpression(node_id);
	tree_str.append(";");
 
	cout << tree_str << endl;
	return tree_str;
}

**anibal** · 14/11/2007, 13h12

est ce que qqun peut me dire s'il ya qque chose qui cloche avec cette routine qui est certe mal codée mais qui normalement devrait fonctionner correctement ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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void EraseDistanceMap(int i, int j)
{
	map<pair<int, int>, int>::iterator DistanceIter;
	bool bAdd;
	int first_id, second_id;
 
	for(DistanceIter=DistanceMap.begin();DistanceIter!=DistanceMap.end();bAdd?DistanceIter++:DistanceIter)
	{
		first_id = (*DistanceIter).first.first;
		second_id = (*DistanceIter).first.second;
 
		bAdd = true;
		if(first_id == i || first_id == j || second_id == i || second_id == j)
		{
			DistanceMap.erase(DistanceIter);
			bAdd = false;
		}
	}
}

**Médinoc** · 14/11/2007, 13h44

Je ne suis pas sûr du test sur first_id et second_id...

Compilation code source

C++

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