Discussion :

[JeromeMATHIAS]

Bonjour voici un code dont je n'arrive pas à comprendre totalement la syntaxe, je viens ici pour éclairer mes lumières

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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library(data.table)
 
e <- structure(list(
  ID=c("A","B","C","D","a"),
  T1=c("1","2","3","4","a"),
  T2=c("a1","a2","a3","a4","a"),
  G1=c("T1","T2","T3","T4","b")), row.names = c(NA, -5L), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame")
)
 
 
liste = which( sapply( names(e), function(x) grepl("^T.",x) ) )
tous_egaux <- function(x) as.integer(all(x[1] == x[-1],na.rm=T)) 
e <- as.data.table(e)
e<- e[, TOUS_EGAUX := apply(.SD, 1, tous_egaux), .SDcols = liste]

Il y a dans ce cas deux passages obscurs :

Tout d'abord dans la fonction je ne comprends pas la syntaxe all(x[1] == x[-1],na.rm=T) (sauf le na.rm=Tque j'ai rajouté et que je comprends bien )
Puis ensuite le apply(.SD,1,function) ( à quoi sert le 1 ? ) et le signe := qui semble être un signe d'affectation ?

Merci de votre lecture, et peut-être de me donner quelques éléments d'explications.

[olivier.decourt]

Bonjour Jérôme.
x[1] == x[-1] indique que l'élément courant est égal au précédent. Le all n'est pas nécessaire à ton exemple précis, mais d'une manière générale il indique que toutes les comparaisons effectuées doivent renvoyer TRUE pour que le résultat soit TRUE.
Ensuite dans les crochets du data.table, on applique cette fonction à toutes les colonnes indiquées dans .SDcols (c'est à dire la n°2 et la n°3 dans ton exemple, celles qui ont un nom commençant par T). S'il y avait plus de 2 colonnes comparées le all serait indispensable.
Le 1 du apply indique que les comparaisons se font par ligne et pas par colonne (on ne veut pas comparer la valeur courante à la valeur précédente).
J'espère que ça t'a aidé.