Discussion :

[matlab31]

bonsoir,

voila j'ai un problème de compréhension de dictionnaire pour l'exercice ci-joint.
voici ce que j'ai fais pour la fonction compte_2_lettres():

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ex='ACCTAGCCCTA'
base= {}
cle=0
cmpt=1
for i in range(0,len(ex)-1):
  cle=ex[i:2+i]
  if cle in base:
    cmpt+=1
  else:
    cmpt=1
  base[cle]=cmpt

[matlab31]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ex='ACCTAGCCCTA'
base= {}
cle=0
cle1=0
for i in range(0,len(ex)-1):
  cle=ex[i:2+i]
  cmpt=0
  for j in range(0,len(ex)-1):
    cle1=ex[j:2+j]
    if cle==cle1:
      cmpt+=1
  base[cle]=cmpt

j'ai développé se code pour la fonction 2 lettres, je sais pas si elle est bonne ?

[danielhagnoul]

j'ai développé se code pour la fonction 2 lettres, je sais pas si elle est bonne ?

Non ! Pour vérifier, faites-le à la main en utilisant un papier et un crayon.

Conseil : revoir le fonctionnement de range()

[wiztricks]

Salut,

Découper 'ACCTAGCCCTA' en tranches de 2 caractères pour compter les occurrences de... chaque tranche avec un dictionnaire, c'est composer 2 opérations: découpage et comptage.... que vous avez tout intérêt à décomposer pour vérifier qu'elles fonctionnent avant d'essayer de les combiner.

Pour vérifier que votre découpage fonctionne, il est facile de faire un print:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for i in range(0,len(ex)-1):
  cle=ex[i:2+i]
  print(cle)

Pour les dictionnaires, c'est n peu plus compliqué mais vous pouvez lancer l'interpréteur Python et imaginez ce que devra faire le code.
En démarrant avec:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> d = {}
>>> cle= 'AA'

'AA' n'est pas dans le dictionnaire, si c'est la première fois qu'on le voit, d[cle] = 1 et on obtient:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> d[cle] = 1
>>> d
{'AA': 1}
>>>

Si la tranche de 2 caractères suivants est encore 'AA', il faudra ajouter 1 au nombre de fois qu'on l'a déjà vu pour obtenir d = {'AA': 2}
Après vous pouvez imaginez que la tranche suivante soit 'BB' et voir dans ce cas quelles sont les instructions à exécuter pour obtenir d = {'AA': 2, 'BB' : 1}
Une fois que vous aurez compris comment faire les itérations pas à pas pour obtenir le résultat attendu, vous pourrez essayer de le coder.

Et tant que vous n'essayez pas de faire ce travail là, vous ne comprendrez pas comment utiliser un dictionnaire pour faire ce comptage.... Et pas la peine d'essayer toutes les combinaisons d'instructions qui vous passent par la tête avant d'avoir essayé de comprendre.

- W

[Beginner.]

j'ai développé se code pour la fonction 2 lettres, je sais pas si elle est bonne ?

Bah en testant ton code on obtient ceci :
{'AC': 1, 'CC': 3, 'CT': 4, 'TA': 5, 'AG': 1, 'GC': 1}...

Ce qui n'est pas le résultat attendu...

Mais tu n'es pas loin... Ce fil pourrait t'intéresser : Compter le nombre d’occurrences de chaque mot d'un texte.

Voici une petite correction de ton code (essaye de comprendre avant, lis le EDIT ci-dessous...) :

Code python :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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ex = 'ACCTAGCCCTA'
base = {}
for i in range(0, len(ex)-1):
    cle = ex[i:2+i]
    print(cle)
    if cle in base:
        base[cle] += 1
    else:
        base[cle] = 1
 
print(base)

On obtient bien : {'AC': 1, 'CC': 3, 'CT': 2, 'TA': 2, 'AG': 1, 'GC': 1}...



EDIT : Ah bah je n'avais pas vu la réponse de wiztricks (je n'avais pas rafraichi la page), du coup essaye d'abord (avant de regarder le code ci-dessus) de corriger ton code avec les explications de wiztricks plus le lien que je t'ai donné ci-dessus (qui contient un exemple d'application)...

[BufferBob]

salut,

pour l’anecdote, le découpage via une regex à chevauchements :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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>>> re.findall(r'(?=(..))', 'ACCTAGCCCTA')
['AC', 'CC', 'CT', 'TA', 'AG', 'GC', 'CC', 'CC', 'CT', 'TA']

[danielhagnoul]

Si la question n'est pas un simple découpage d'un brin d'ADN en mots de n lettres mais la recherche de tous les mots de n lettres que l'on peut former à partir du contenu du brin, il s'agit de déterminer le nombre de combinaisons possibles.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#! python3
# coding: utf-8
 
from itertools import combinations
 
""" Combinaisons 2 lettres """
 
list_comb = list(combinations('ACCTAGCCCTA', 2))
 
list_mots = []
 
for t in list_comb:
    list_mots.append(t[0] + t[1])
 
dict_mots = {}
 
for mot in list_mots:
    if mot not in dict_mots:
        dict_mots[mot] = list_mots.count(mot)
 
print(dict_mots)
 
"""
{
    'AC': 8, 
    'AT': 3, 
    'AA': 3, 
    'AG': 2, 
    'CC': 10, 
    'CT': 7, 
    'CA': 7, 
    'CG': 2, 
    'TA': 3, 
    'TG': 1, 
    'TC': 3, 
    'TT': 1, 
    'GC': 3, 
    'GT': 1, 
    'GA': 1
}
"""
 
 
""" Combinaisons 3 lettres """
 
list_comb = list(combinations('ACCTAGCCCTA', 3))
 
list_mots = []
 
for t in list_comb:
    list_mots.append(t[0] + t[1] + t[2])
 
dict_mots = {}
 
for mot in list_mots:
    if mot not in dict_mots:
        dict_mots[mot] = list_mots.count(mot)
 
print(dict_mots)
 
"""
{
    'ACC': 13, 
    'ACT': 10, 
    'ACA': 10, 
    'ACG': 2, 
    'ATA': 4, 
    'ATG': 1, 
    'ATC': 3, 
    'ATT': 1, 
    'AAG': 1, 
    'AAC': 3, 
    'AAT': 1, 
    'AAA': 1, 
    'AGC': 6, 
    'AGT': 2, 
    'AGA': 2, 
    'CCT': 11, 
    'CCA': 11, 
    'CCG': 1, 
    'CCC': 10, 
    'CTA': 9, 
    'CTG': 2, 
    'CTC': 6, 
    'CTT': 2, 
    'CAG': 2, 
    'CAC': 6, 
    'CAT': 2, 
    'CAA': 2, 
    'CGC': 6, 
    'CGT': 2, 
    'CGA': 2, 
    'TAG': 1, 
    'TAC': 3, 
    'TAT': 1, 
    'TAA': 1, 
    'TGC': 3, 
    'TGT': 1, 
    'TGA': 1, 
    'TCC': 3, 
    'TCT': 3, 
    'TCA': 3, 
    'TTA': 1, 
    'GCC': 3, 
    'GCT': 3, 
    'GCA': 3, 
    'GTA': 1
}
"""