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  1. #1
    Futur Membre du Club
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    Par défaut Problème lecture fichier

    Bonjour à tous,

    Je rencontre actuellement un problème pour lire un fichier du format suivant :
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    NumberOfRuns      : 1
    PhotonNumber      : 10000000
    LayerNumber       : 1
    LambdaNumber      : 2
    SourceDiameter    : 0.06
    FiberNumber       : 4
    FiberDiameter     : 0.02
    FiberPosition     : 0.04 0.06 0.08 0.1
    dr                : 0.01
    nr                : 200
    dz                : 0.01
    nz                : 200
    N                 : 1.45 1.37 1
    muA               : 14 14
    muS               : 117 117
    d                 : 0.5
    g                 : 0.85
    nFluo             : 1
    pasLbd            : 5
    muaf              : 0.1 0.1
    rq                : 0.05
    nLbd              : 5
    Emi               : 0.98 0.2 0.2 0.67 0.2
    Quand j'initialise la ligne 4 "LambdaNumber" avec la valeur 2 ou plus, le programme ne lit plus la ligne 22 "nLbd" et je n'arrive pas à trouver pourquoi (il n'y a aucun lien entre ces deux lignes...) Par contre, quand j'initialise à 0 ou 1, la ligne 22 est bien lue. Pouvez-vous m'aider svp ou avez-vous une piste ? ça fait quelques jours que je suis dessus... Sachant que quand je fixe la valeur de "nLbd" directement dans le code, ça marche bien pour une valeur de 2 ou plus...



    voici le main
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    int main(int argc, char* argv[])
    {
            int i;
            SimulationStruct* simulations;
            int n_simulations;
            unsigned long long seed = (unsigned long long) time(NULL);// Default, use time(NULL) as seed
            int ignoreAdetection = 0;
            char* filename;
     
            if (argc<2) { printf("Not enough input arguments!\n"); return 1; }
            else { filename = argv[1]; }
     
            n_simulations = read_simulation_data(filename, &simulations, ignoreAdetection);
     
     
            if (n_simulations == 0)
            {
                    printf("Something wrong with read_simulation_data!\n");
                    return 1;
            }
     
            return 0;
    }
    la fonction read_simulation_data
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    int read_simulation_data(char* filename, SimulationStruct** simulations, int ignoreAdetection)
    {
            int i = 0;
            int n_simulations = 0;
            FILE * pFile;
            char str[STR_LEN];
     
            pFile = fopen(filename, "r");
            if (pFile == NULL) { perror("Error opening file"); return 0; }
     
            while (!feof(pFile)) {
                    fscanf(pFile, "%s", str);
                    if (strcmp(str, "NumberOfRuns") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            fscanf(pFile, "%d", &n_simulations);
                            // Allocate memory for the SimulationStruct array
                            *simulations = (SimulationStruct*)malloc(sizeof(SimulationStruct)*n_simulations);
                            if (*simulations == NULL) { perror("Failed to malloc simulations.\n"); return 0; }
                            for (i = 0; i < n_simulations; ++i) {
                                    read_params(filename,pFile, (*simulations)+i, ignoreAdetection);
     
     
     
                            }
                    }
            }
     
            fclose(pFile);
     
            return n_simulations;
    }
    la fonction read_params
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    void read_params(char* filename,FILE * pFile, SimulationStruct *simu, int ignoreAdetection) {
            char str[STR_LEN];
            float dtot = 0.0f;
            float temp = 0.0f;
            int i = 0;
            int j = 0;
            int k = 0;
            unsigned int start_weight;
    
            while (!feof(pFile)) {
    
                    fscanf(pFile, "%s", str);
                    //printf("test = %s\n", str);
                    if (strcmp(str, "PhotonNumber") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            fscanf(pFile, "%lu", &(simu->number_of_photons));
                            //printf("photon : %lu\n", simu->number_of_photons);
                    }
                    else if (strcmp(str, "LayerNumber") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            fscanf(pFile, "%d", &(simu->n_layers));
                            printf("n_layers : %d\n", simu->n_layers);
                                    // Allocate memory for the layers (including one for the upper and one for the lower)
                                    simu->layers = (LayerStruct*)malloc(sizeof(LayerStruct)*(simu->n_layers + 2));
                                    if (simu->layers == NULL) { perror("Failed to malloc layers.\n");  }//{printf("Failed to malloc simulations.\n");return 0;}
    
    
                    }
                    else if(strcmp(str, "LambdaNumber")==0){
                            fscanf(pFile, "%s",str); //juste pour lire les ":"
                            fscanf(pFile, "%d", &(simu->lambda_nb));
                            printf("LBD TOT = %d\n",(simu->lambda_nb));
                    }
                    else if (strcmp(str, "dr") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            //simu->det = (DetStruct*)malloc(sizeof(DetStruct)); //allocation DetStruct
                            //if (simu->det == NULL) { perror("Failed to malloc det.\n");  }
                            fscanf(pFile, "%f", &(simu->det.dr));
                            //printf("dr = %f\n", simu->det.dr);
                    }
                    else if (strcmp(str, "dz") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            fscanf(pFile, "%f", &(simu->det.dz));
                            //printf("dz = %f\n", simu->det.dz);
                    }
                    else if (strcmp(str, "nr") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            fscanf(pFile, "%d", &(simu->det.nr));
                    }
    		 else if (strcmp(str, "nz") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            fscanf(pFile, "%d", &(simu->det.nz));
                            //par défaut
                            simu->det.na = 1;
                    }
    
    
    //layer
                    else if (strcmp(str, "N") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            i = 0;
                            while (i < simu->n_layers + 2) {
                                            //printf("i = %d\n", i);
                                    fscanf(pFile, "%f ", &(simu->layers[i].n));
                                            //printf("n = %f\n", simu->layers[i].n);
                                    i = i + 1;
                            }
    
                    }
    		else if (strcmp(str, "nFluo") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str);
                            for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++)
                                    fscanf(pFile, "%d", &(simu->layers[i].nb_fluo));
                            printf("nfluo = %d\n", simu->layers[i-1].nb_fluo);
                    }
    
    
                    else if (strcmp(str, "muA") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
                                    for(j = 0; j< simu->lambda_nb*simu->n_layers; j++){
                                           fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].mua[j]))
                                    }
                            }
    
                    }
    
    		else if (strcmp(str, "muS") == 0) {
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                            for (i = 1; i < simu->n_layers+1; i++) {
                                    for(j = 0; j< simu->lambda_nb*simu->n_layers; j++){
                                           fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].mus[j]));
                                               
                                    }
    
                            }
    
                     }
                     else if (strcmp(str, "g") == 0) {
                             fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                             for (i = 1; i < simu->n_layers+1; i++)
                                     fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].g));
                             }
                     else if (strcmp(str, "d") == 0) {
                                    fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
    
                                    for (i = 1; i < simu->n_layers+1; i++) {
                                            simu->layers[i].z_min = dtot;
                                            //printf("zmin = %f\n", simu->layers[i].z_min);
                                            fscanf(pFile, "%f", &temp);
                                            dtot = dtot + temp;
                                            simu->layers[i].z_max = dtot;
                                            //printf("zmax = %f\n", simu->layers[i].z_max);
                                    }
                            }
    
    
    			else if (strcmp(str, "muaf") == 0) {
                                    printf("test muaf\n");
                                    fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                                    float tot[NUM_LBD_EMI]={0};
                                    for (i = 1; i < simu->n_layers+1; i++)
                                    {
    
                                            for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                    for (k = 0; k < simu->lambda_nb; k++){
                                                            fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].muaf[j][k]));
                                                            tot[k] = tot[k] + simu->layers[i].muaf[j][k];
                                                    printf("muaf[%d][%d] = %f\n",j,k,simu->layers[i].muaf[j][k]);
                                                    printf("tot[%d] = %f\n",k,tot[k]);
                                                    }
                                            }
                                            for (k = 0; k < simu->lambda_nb; k++) {
                                                            if (simu->layers[i].mus[k] < 0.000001){
                                                                    simu->layers[i].mutr[k] = FLT_MAX;
                                                                    tot[k] = 0.0f;
                                                            }
                                                            else {
                                                                    simu->layers[i].mutr[k] = 1 / (simu->layers[i].mus[k] + simu->layers[i].mua[k] + tot[k]);
                                                                    tot[k] = 0.0f; //remise a zero
                                                            }
    
                                            }
                                            //printf("mustr = %f\n", simu->layers[i].mutr);
                                    }
    
                               }
    			   else if (strcmp(str, "rq") == 0) {
                                    fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                                    float p_tot[NUM_LBD_EMI]; //proba emission d'un fluorophore muaf * rq
                                    printf("i=%d\n", i);
                                    for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
                                    printf("n_fluo=%d\n", simu->layers[i].nb_fluo);
                                            for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                    for (k = 0; k < simu->lambda_nb; k++){
                                                            fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].rq[j]));
                                                            p_tot[k] = p_tot[k] + (simu->layers[i].rq[j]*simu->layers[i].muaf[j][k]);
                                                            printf("rq = %f\n", simu->layers[i].rq[j]);
                                                            printf("p_tot[%d]=%f\n",k,p_tot[k]);
                                            //      printf("i=%d\n", i);
                                                    }
                                            }
                                            for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                    for(k = 0; k < simu->lambda_nb; k++){
                                                            if (p_tot[k]==0){
                                                                    simu->layers[i].proba_fluo[j][k] =1;
                                                            }
                                                            else{
                                                                    simu->layers[i].proba_fluo[j][k] = (simu->layers[i].rq[j]*simu->layers[i].muaf[j][k]) / p_tot[k];
                                                                    printf("proba fluo = %f\n", simu->layers[i].proba_fluo[j][k]);
                                                                    p_tot[k] = 0.0f;
                                                            }
                                                    }
                                            }
                                    }
                            }
                            else if (strcmp(str, "nLbd") == 0) {
                            printf("TEST\n");
                            fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                                    //printf("i=%d", i);
                                    for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
    
                                            for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                    fscanf(pFile, "%d", &(simu->layers[i].nb_lbd[j]));
                                            //      printf("i=%d", i);
                                                    //printf("j=%d", j);
                                                    printf("nLbd = %d\n", simu->layers[i].nb_lbd[j]);
                                             }
                                     }
                                    //printf("i = %d\n", i);
                                    //printf("nLbd = %d\n", simu->layers[1].nb_lbd[0]);
                             }
    			else if (strcmp(str, "Emi") == 0) {
                                    printf("Emi\n");
                                    fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                                    //simu->layers[1].nb_lbd[0]=5;
                                    for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
                                            for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                    printf("NB_LBD_EMI=%d\n", simu->layers[i].nb_lbd[j]);
                                                    for (k = 0; k < simu->layers[i].nb_lbd[j]; k++) {
                                                            fscanf(pFile, "%f ", &(simu->layers[i].emi[j][k]));
                                                    //      printf("emi = %f\n", simu->layers[i].emi[j][k]);
                                                    //      printf("i=%d\n", i);
                                                    /*      printf("j = %d\n", j);
                                                            printf("k = %d\n", k);*/
                                                    }
                                            }
                                    }
                                    float acc = 0.0f;
                                    float sumEmi = 0.0f;
                                    float probaEmi[NUM_LBD_EMI];//(N, 0.0);
                                    for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
                                            for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                    for (k = 0; k < simu->layers[i].nb_lbd[j]; k++) {
                                                            sumEmi = sumEmi + simu->layers[i].emi[j][k];
                                                    //      printf("sumEmi = %f\n", sumEmi);
                                                    }
                                                    for (k = 0; k < simu->layers[i].nb_lbd[j]; k++) {
                                                                    probaEmi[k] = simu->layers[i].emi[j][k] / sumEmi;
                                                                    acc = acc + probaEmi[k];
                                                                    simu->layers[i].cumSumEmi[j][k] = acc;
                                                                    //printf("probaEmi = %f\n", probaEmi[k]);
                                                    //              printf("i=%d\n", i);
                                                    //                      printf("j = %d\n", j);
                                                    //              printf("k = %d\n", k);
                                                    //              printf("cumsum = %f\n", simu->layers[i].cumSumEmi[j][k]);
                                                    }
                                                    sumEmi = 0.0f;
                                                    acc = 0.0f;
                                            }
                                    }
                            }
                            else if (strcmp(str, "pasLbd") == 0) {
                                    printf("PAS\n");
                                    fscanf(pFile, "%s", str);
                                    fscanf(pFile, "%d ", &(simu->pasLbd));
                            }
    	}
    La sortie dans le cas LambdaNumber=2
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    n_layers : 1
    LBD TOT = 2
    nfluo = 1
    PAS
    test muaf
    muaf[0][0] = 0.100000
    tot[0] = 0.100000
    muaf[0][1] = 0.100000
    tot[1] = 0.100000
    i=2
    n_fluo=1
    rq = 0.050000
    p_tot[0]=0.005000
    rq = 0.050000
    p_tot[1]=0.005000
    proba fluo = 1.000000
    proba fluo = 1.000000
    Emi
    NB_LBD_EMI=0
    La sortie dans le cas LambdaNumber=1
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    n_layers : 1
    LBD TOT = 1
    nfluo = 1
    PAS
    test muaf
    muaf[0][0] = 0.100000
    tot[0] = 0.100000
    i=2
    n_fluo=1
    rq = 0.050000
    p_tot[0]=0.005000
    proba fluo = 1.000000
    TEST
    nLbd = 5
    Emi
    NB_LBD_EMI=5
    Merci d'avance pour votre aide.

  2. #2
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    Bonjour
    Citation Envoyé par Absynthe12 Voir le message
    ou avez-vous une piste ?
    On n'utilise pas feof() pour détecter une fin de fichier. Ou plutôt on peut l'utiliser pour ça mais uniquement quand tout le fichier a été lu et uniquement pour faire la différence entre "arrêt de lecture dû à une fin de fichier" et "arrêt de lecture dû à une erreur" (qu'on peut aussi détecter via ferror()). Parce que tant que ce n'est pas le cas, la fonction renvoie "faux" y compris quand on a tout lu mais pas tenté de lire au delà.
    C'est seulement quand on tente de lire "après" la fin que l'OS se rend compte alors que le fichier est fini et qu'il lève le flag "EOF". C'est d'ailleurs normal. En effet, quand on lit le dernier octet d'un fichier, peut-on savoir que c'est le dernier ? Non. C'est seulement après avoir lu ce dernier octet et tenté de lire le suivant que là on peut se rendre compte de l'évènement et le marquer.

    Il s'ensuit qu'une boucle de ce genre
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    while (!feof(fp)) {
    	lecture(fp)
    	traitement chose lue
    }
    fera un traitement de trop (lorsque la lecture aura échoué).

    On pourrait alors remplacer par ceci
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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    while (!feof(fp)) {
    	if (lecture(fp) ok) {
    		traitement chose lue
    	}
    }
    Ca ça marche. Mais alors le programmeur astucieux se rendra alors vite compte que ça se simplifie en ceci
    Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
    1
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    while (lecture(fp) ok) {
    	traitement chose lue
    }
    et donc utiliser feof() pour détecter une fin de fichier lors de sa lecture est inutile.
    Mon Tutoriel sur la programmation «Shell»
    Sinon il y en a pleins d'autres. N'oubliez pas non plus les différentes faq disponibles sur ce site

  3. #3
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    Merci pour votre réponse.

    Pour lecture(fp) ok, je peux quand même utiliser la fonction fscanf ?

  4. #4
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    Citation Envoyé par Absynthe12 Voir le message
    Pour lecture(fp) ok, je peux quand même utiliser la fonction fscanf ?
    Le terme "lecture(fp)" se voulait générique. Indiquant par là qu'on peut l'appliquer avec n'importe quelle fonction de lecture (fgetc, fgets, fread, fscanf ou read pour les fichiers en mode "bas niveau").
    Mais comme chaque fonction à ses propres convention, il te faut étudier leur doc pour pouvoir repérer la valeur "fin de lecture" (enfin non car en réalité c'est toujours 0)...
    Mon Tutoriel sur la programmation «Shell»
    Sinon il y en a pleins d'autres. N'oubliez pas non plus les différentes faq disponibles sur ce site

  5. #5
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    De toutes les fonctions de lecture d'un fichier, fscanf() est probablement la moins robuste, vu qu'en cas d'échec de conversion la lecture foire immédiatement, et en boucle.
    Pour un fichier comme ça dont le contenu est en ligne, lire les lignes avec fgets() pour ensuite les traiter avec sscanf() marche généralement mieux.
    SVP, pas de questions techniques par MP. Surtout si je ne vous ai jamais parlé avant.

    "Aw, come on, who would be so stupid as to insert a cast to make an error go away without actually fixing the error?"
    Apparently everyone.
    -- Raymond Chen.
    Traduction obligatoire: "Oh, voyons, qui serait assez stupide pour mettre un cast pour faire disparaitre un message d'erreur sans vraiment corriger l'erreur?" - Apparemment, tout le monde. -- Raymond Chen.

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