Problème lecture fichier

**Absynthe12** · 12/06/2019, 15h01

Bonjour à tous,

Je rencontre actuellement un problème pour lire un fichier du format suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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NumberOfRuns      : 1
PhotonNumber      : 10000000
LayerNumber       : 1
LambdaNumber      : 2
SourceDiameter    : 0.06
FiberNumber       : 4
FiberDiameter     : 0.02
FiberPosition     : 0.04 0.06 0.08 0.1
dr                : 0.01
nr                : 200
dz                : 0.01
nz                : 200
N                 : 1.45 1.37 1
muA               : 14 14
muS               : 117 117
d                 : 0.5
g                 : 0.85
nFluo             : 1
pasLbd            : 5
muaf              : 0.1 0.1
rq                : 0.05
nLbd              : 5
Emi               : 0.98 0.2 0.2 0.67 0.2

Quand j'initialise la ligne 4 "LambdaNumber" avec la valeur 2 ou plus, le programme ne lit plus la ligne 22 "nLbd" et je n'arrive pas à trouver pourquoi (il n'y a aucun lien entre ces deux lignes...) Par contre, quand j'initialise à 0 ou 1, la ligne 22 est bien lue. Pouvez-vous m'aider svp ou avez-vous une piste ? ça fait quelques jours que je suis dessus... Sachant que quand je fixe la valeur de "nLbd" directement dans le code, ça marche bien pour une valeur de 2 ou plus...

voici le main

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int main(int argc, char* argv[])
{
        int i;
        SimulationStruct* simulations;
        int n_simulations;
        unsigned long long seed = (unsigned long long) time(NULL);// Default, use time(NULL) as seed
        int ignoreAdetection = 0;
        char* filename;
 
        if (argc<2) { printf("Not enough input arguments!\n"); return 1; }
        else { filename = argv[1]; }
 
        n_simulations = read_simulation_data(filename, &simulations, ignoreAdetection);
 
 
        if (n_simulations == 0)
        {
                printf("Something wrong with read_simulation_data!\n");
                return 1;
        }
 
        return 0;
}

la fonction read_simulation_data

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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int read_simulation_data(char* filename, SimulationStruct** simulations, int ignoreAdetection)
{
        int i = 0;
        int n_simulations = 0;
        FILE * pFile;
        char str[STR_LEN];
 
        pFile = fopen(filename, "r");
        if (pFile == NULL) { perror("Error opening file"); return 0; }
 
        while (!feof(pFile)) {
                fscanf(pFile, "%s", str);
                if (strcmp(str, "NumberOfRuns") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        fscanf(pFile, "%d", &n_simulations);
                        // Allocate memory for the SimulationStruct array
                        *simulations = (SimulationStruct*)malloc(sizeof(SimulationStruct)*n_simulations);
                        if (*simulations == NULL) { perror("Failed to malloc simulations.\n"); return 0; }
                        for (i = 0; i < n_simulations; ++i) {
                                read_params(filename,pFile, (*simulations)+i, ignoreAdetection);
 
 
 
                        }
                }
        }
 
        fclose(pFile);
 
        return n_simulations;
}

la fonction read_params

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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void read_params(char* filename,FILE * pFile, SimulationStruct *simu, int ignoreAdetection) {
        char str[STR_LEN];
        float dtot = 0.0f;
        float temp = 0.0f;
        int i = 0;
        int j = 0;
        int k = 0;
        unsigned int start_weight;
 
        while (!feof(pFile)) {
 
                fscanf(pFile, "%s", str);
                //printf("test = %s\n", str);
                if (strcmp(str, "PhotonNumber") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        fscanf(pFile, "%lu", &(simu->number_of_photons));
                        //printf("photon : %lu\n", simu->number_of_photons);
                }
                else if (strcmp(str, "LayerNumber") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        fscanf(pFile, "%d", &(simu->n_layers));
                        printf("n_layers : %d\n", simu->n_layers);
                                // Allocate memory for the layers (including one for the upper and one for the lower)
                                simu->layers = (LayerStruct*)malloc(sizeof(LayerStruct)*(simu->n_layers + 2));
                                if (simu->layers == NULL) { perror("Failed to malloc layers.\n");  }//{printf("Failed to malloc simulations.\n");return 0;}
 
 
                }
                else if(strcmp(str, "LambdaNumber")==0){
                        fscanf(pFile, "%s",str); //juste pour lire les ":"
                        fscanf(pFile, "%d", &(simu->lambda_nb));
                        printf("LBD TOT = %d\n",(simu->lambda_nb));
                }
                else if (strcmp(str, "dr") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        //simu->det = (DetStruct*)malloc(sizeof(DetStruct)); //allocation DetStruct
                        //if (simu->det == NULL) { perror("Failed to malloc det.\n");  }
                        fscanf(pFile, "%f", &(simu->det.dr));
                        //printf("dr = %f\n", simu->det.dr);
                }
                else if (strcmp(str, "dz") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        fscanf(pFile, "%f", &(simu->det.dz));
                        //printf("dz = %f\n", simu->det.dz);
                }
                else if (strcmp(str, "nr") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        fscanf(pFile, "%d", &(simu->det.nr));
                }
		 else if (strcmp(str, "nz") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        fscanf(pFile, "%d", &(simu->det.nz));
                        //par défaut
                        simu->det.na = 1;
                }
 
 
//layer
                else if (strcmp(str, "N") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        i = 0;
                        while (i < simu->n_layers + 2) {
                                        //printf("i = %d\n", i);
                                fscanf(pFile, "%f ", &(simu->layers[i].n));
                                        //printf("n = %f\n", simu->layers[i].n);
                                i = i + 1;
                        }
 
                }
		else if (strcmp(str, "nFluo") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str);
                        for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++)
                                fscanf(pFile, "%d", &(simu->layers[i].nb_fluo));
                        printf("nfluo = %d\n", simu->layers[i-1].nb_fluo);
                }
 
 
                else if (strcmp(str, "muA") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
                                for(j = 0; j< simu->lambda_nb*simu->n_layers; j++){
                                       fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].mua[j]))
                                }
                        }
 
                }
 
		else if (strcmp(str, "muS") == 0) {
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                        for (i = 1; i < simu->n_layers+1; i++) {
                                for(j = 0; j< simu->lambda_nb*simu->n_layers; j++){
                                       fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].mus[j]));
 
                                }
 
                        }
 
                 }
                 else if (strcmp(str, "g") == 0) {
                         fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                         for (i = 1; i < simu->n_layers+1; i++)
                                 fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].g));
                         }
                 else if (strcmp(str, "d") == 0) {
                                fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
 
                                for (i = 1; i < simu->n_layers+1; i++) {
                                        simu->layers[i].z_min = dtot;
                                        //printf("zmin = %f\n", simu->layers[i].z_min);
                                        fscanf(pFile, "%f", &temp);
                                        dtot = dtot + temp;
                                        simu->layers[i].z_max = dtot;
                                        //printf("zmax = %f\n", simu->layers[i].z_max);
                                }
                        }
 
 
			else if (strcmp(str, "muaf") == 0) {
                                printf("test muaf\n");
                                fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                                float tot[NUM_LBD_EMI]={0};
                                for (i = 1; i < simu->n_layers+1; i++)
                                {
 
                                        for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                for (k = 0; k < simu->lambda_nb; k++){
                                                        fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].muaf[j][k]));
                                                        tot[k] = tot[k] + simu->layers[i].muaf[j][k];
                                                printf("muaf[%d][%d] = %f\n",j,k,simu->layers[i].muaf[j][k]);
                                                printf("tot[%d] = %f\n",k,tot[k]);
                                                }
                                        }
                                        for (k = 0; k < simu->lambda_nb; k++) {
                                                        if (simu->layers[i].mus[k] < 0.000001){
                                                                simu->layers[i].mutr[k] = FLT_MAX;
                                                                tot[k] = 0.0f;
                                                        }
                                                        else {
                                                                simu->layers[i].mutr[k] = 1 / (simu->layers[i].mus[k] + simu->layers[i].mua[k] + tot[k]);
                                                                tot[k] = 0.0f; //remise a zero
                                                        }
 
                                        }
                                        //printf("mustr = %f\n", simu->layers[i].mutr);
                                }
 
                           }
			   else if (strcmp(str, "rq") == 0) {
                                fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                                float p_tot[NUM_LBD_EMI]; //proba emission d'un fluorophore muaf * rq
                                printf("i=%d\n", i);
                                for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
                                printf("n_fluo=%d\n", simu->layers[i].nb_fluo);
                                        for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                for (k = 0; k < simu->lambda_nb; k++){
                                                        fscanf(pFile, "%f", &(simu->layers[i].rq[j]));
                                                        p_tot[k] = p_tot[k] + (simu->layers[i].rq[j]*simu->layers[i].muaf[j][k]);
                                                        printf("rq = %f\n", simu->layers[i].rq[j]);
                                                        printf("p_tot[%d]=%f\n",k,p_tot[k]);
                                        //      printf("i=%d\n", i);
                                                }
                                        }
                                        for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                for(k = 0; k < simu->lambda_nb; k++){
                                                        if (p_tot[k]==0){
                                                                simu->layers[i].proba_fluo[j][k] =1;
                                                        }
                                                        else{
                                                                simu->layers[i].proba_fluo[j][k] = (simu->layers[i].rq[j]*simu->layers[i].muaf[j][k]) / p_tot[k];
                                                                printf("proba fluo = %f\n", simu->layers[i].proba_fluo[j][k]);
                                                                p_tot[k] = 0.0f;
                                                        }
                                                }
                                        }
                                }
                        }
                        else if (strcmp(str, "nLbd") == 0) {
                        printf("TEST\n");
                        fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                                //printf("i=%d", i);
                                for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
 
                                        for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                fscanf(pFile, "%d", &(simu->layers[i].nb_lbd[j]));
                                        //      printf("i=%d", i);
                                                //printf("j=%d", j);
                                                printf("nLbd = %d\n", simu->layers[i].nb_lbd[j]);
                                         }
                                 }
                                //printf("i = %d\n", i);
                                //printf("nLbd = %d\n", simu->layers[1].nb_lbd[0]);
                         }
			else if (strcmp(str, "Emi") == 0) {
                                printf("Emi\n");
                                fscanf(pFile, "%s", str); // juste pour lire les ":"
                                //simu->layers[1].nb_lbd[0]=5;
                                for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
                                        for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                printf("NB_LBD_EMI=%d\n", simu->layers[i].nb_lbd[j]);
                                                for (k = 0; k < simu->layers[i].nb_lbd[j]; k++) {
                                                        fscanf(pFile, "%f ", &(simu->layers[i].emi[j][k]));
                                                //      printf("emi = %f\n", simu->layers[i].emi[j][k]);
                                                //      printf("i=%d\n", i);
                                                /*      printf("j = %d\n", j);
                                                        printf("k = %d\n", k);*/
                                                }
                                        }
                                }
                                float acc = 0.0f;
                                float sumEmi = 0.0f;
                                float probaEmi[NUM_LBD_EMI];//(N, 0.0);
                                for (i = 1; i < simu->n_layers + 1; i++) {
                                        for (j = 0; j < simu->layers[i].nb_fluo; j++) {
                                                for (k = 0; k < simu->layers[i].nb_lbd[j]; k++) {
                                                        sumEmi = sumEmi + simu->layers[i].emi[j][k];
                                                //      printf("sumEmi = %f\n", sumEmi);
                                                }
                                                for (k = 0; k < simu->layers[i].nb_lbd[j]; k++) {
                                                                probaEmi[k] = simu->layers[i].emi[j][k] / sumEmi;
                                                                acc = acc + probaEmi[k];
                                                                simu->layers[i].cumSumEmi[j][k] = acc;
                                                                //printf("probaEmi = %f\n", probaEmi[k]);
                                                //              printf("i=%d\n", i);
                                                //                      printf("j = %d\n", j);
                                                //              printf("k = %d\n", k);
                                                //              printf("cumsum = %f\n", simu->layers[i].cumSumEmi[j][k]);
                                                }
                                                sumEmi = 0.0f;
                                                acc = 0.0f;
                                        }
                                }
                        }
                        else if (strcmp(str, "pasLbd") == 0) {
                                printf("PAS\n");
                                fscanf(pFile, "%s", str);
                                fscanf(pFile, "%d ", &(simu->pasLbd));
                        }
	}

La sortie dans le cas LambdaNumber=2

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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19
n_layers : 1
LBD TOT = 2
nfluo = 1
PAS
test muaf
muaf[0][0] = 0.100000
tot[0] = 0.100000
muaf[0][1] = 0.100000
tot[1] = 0.100000
i=2
n_fluo=1
rq = 0.050000
p_tot[0]=0.005000
rq = 0.050000
p_tot[1]=0.005000
proba fluo = 1.000000
proba fluo = 1.000000
Emi
NB_LBD_EMI=0

La sortie dans le cas LambdaNumber=1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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16
n_layers : 1
LBD TOT = 1
nfluo = 1
PAS
test muaf
muaf[0][0] = 0.100000
tot[0] = 0.100000
i=2
n_fluo=1
rq = 0.050000
p_tot[0]=0.005000
proba fluo = 1.000000
TEST
nLbd = 5
Emi
NB_LBD_EMI=5

Merci d'avance pour votre aide.

**Sve@r** · 13/06/2019, 18h45

Bonjour

Envoyé par Absynthe12

ou avez-vous une piste ?

On n'utilise pas feof() pour détecter une fin de fichier. Ou plutôt on peut l'utiliser pour ça mais uniquement quand tout le fichier a été lu et uniquement pour faire la différence entre "arrêt de lecture dû à une fin de fichier" et "arrêt de lecture dû à une erreur" (qu'on peut aussi détecter via ferror()). Parce que tant que ce n'est pas le cas, la fonction renvoie "faux" y compris quand on a tout lu mais pas tenté de lire au delà.
C'est seulement quand on tente de lire "après" la fin que l'OS se rend compte alors que le fichier est fini et qu'il lève le flag "EOF". C'est d'ailleurs normal. En effet, quand on lit le dernier octet d'un fichier, peut-on savoir que c'est le dernier ? Non. C'est seulement après avoir lu ce dernier octet et tenté de lire le suivant que là on peut se rendre compte de l'évènement et le marquer.

Il s'ensuit qu'une boucle de ce genre

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
while (!feof(fp)) {
	lecture(fp)
	traitement chose lue
}

fera un traitement de trop (lorsque la lecture aura échoué).

On pourrait alors remplacer par ceci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
while (!feof(fp)) {
	if (lecture(fp) ok) {
		traitement chose lue
	}
}

Ca ça marche. Mais alors le programmeur astucieux se rendra alors vite compte que ça se simplifie en ceci

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
while (lecture(fp) ok) {
	traitement chose lue
}

et donc utiliser feof() pour détecter une fin de fichier lors de sa lecture est inutile.

**Absynthe12** · 16/06/2019, 23h18

Merci pour votre réponse.

Pour lecture(fp) ok, je peux quand même utiliser la fonction fscanf ?

**Sve@r** · 17/06/2019, 17h48

Envoyé par Absynthe12

Pour lecture(fp) ok, je peux quand même utiliser la fonction fscanf ?

Le terme "lecture(fp)" se voulait générique. Indiquant par là qu'on peut l'appliquer avec n'importe quelle fonction de lecture (fgetc, fgets, fread, fscanf ou read pour les fichiers en mode "bas niveau").
Mais comme chaque fonction à ses propres convention, il te faut étudier leur doc pour pouvoir repérer la valeur "fin de lecture" (enfin non car en réalité c'est toujours 0)...

**Médinoc** · 18/06/2019, 15h22

De toutes les fonctions de lecture d'un fichier, fscanf() est probablement la moins robuste, vu qu'en cas d'échec de conversion la lecture foire immédiatement, et en boucle.
Pour un fichier comme ça dont le contenu est en ligne, lire les lignes avec fgets() pour ensuite les traiter avec sscanf() marche généralement mieux.

Problème lecture fichier

C

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