[MySQL 5.7.17] mysqld --initialize failed

**Fabien Celaia** · 05/01/2017, 16h54

J'ai fait une fresh install de MySQL 5.7 sur RedHat 8

Code :

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wget http://dev.mysql.com/get/mysql57-community-release-el7-7.noarch.rpm
yum localinstall mysql57-community-release-el7-7.noarch.rpm
yum-config-manager --enable mysql57-community

J'ai créé mon /etc/mysql/my.cnt mimimal

Code :

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[mysqld]
join_buffer_size = 128M
sort_buffer_size = 2M
read_rnd_buffer_size = 2M
datadir=/mysql/data/01
socket=/mysql/admin/01.sock
 
log-error=/mysql/log/errorlog01.log
pid-file=/mysql/admin/01.pid

Initialement, mon répertoire /mysql/data/01 est vide

J'exécute, en tant que mysql, un

Code :

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-bash-4.2$ mysqld --initialize
2017-01-05T15:36:44.058893Z 0 [Warning] Changed limits: max_open_files: 1024 (requested 5000)
2017-01-05T15:36:44.058983Z 0 [Warning] Changed limits: table_open_cache: 431 (requested 2000)
2017-01-05T15:36:44.059154Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2017-01-05T15:36:44.061281Z 0 [ERROR] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.
2017-01-05T15:36:44.061307Z 0 [ERROR] Aborting

... et effectivement, the data directory has (maintenant) files in it... puisque je lui demande justement de les créer !

Code :

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-bash-4.2$ ls -l /mysql/data/01/
total 110660
-rw-r-----. 1 mysql mysql       56 Jan  5 16:36 auto.cnf
-rw-------. 1 mysql mysql     1675 Jan  5 16:36 ca-key.pem
-rw-r--r--. 1 mysql mysql     1074 Jan  5 16:36 ca.pem
-rw-r--r--. 1 mysql mysql     1078 Jan  5 16:36 client-cert.pem
-rw-------. 1 mysql mysql     1679 Jan  5 16:36 client-key.pem
-rw-r-----. 1 mysql mysql      413 Jan  5 16:36 ib_buffer_pool
-rw-r-----. 1 mysql mysql 12582912 Jan  5 16:36 ibdata1
-rw-r-----. 1 mysql mysql 50331648 Jan  5 16:36 ib_logfile0
-rw-r-----. 1 mysql mysql 50331648 Jan  5 16:36 ib_logfile1
drwxr-x---. 2 mysql mysql     4096 Jan  5 16:36 mysql
drwxr-x---. 2 mysql mysql     8192 Jan  5 16:36 performance_schema
-rw-------. 1 mysql mysql     1675 Jan  5 16:36 private_key.pem
-rw-r--r--. 1 mysql mysql      451 Jan  5 16:36 public_key.pem
-rw-r--r--. 1 mysql mysql     1078 Jan  5 16:36 server-cert.pem
-rw-------. 1 mysql mysql     1675 Jan  5 16:36 server-key.pem
drwxr-x---. 2 mysql mysql     8192 Jan  5 16:36 sys

Le service ne va pas mieux.

Code :

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-bash-4.2$ service mysqld status
Redirecting to /bin/systemctl status  mysqld.service
● mysqld.service - MySQL Server
   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/mysqld.service; enabled; vendor preset: disabled)
   Active: activating (start-pre) since Thu 2017-01-05 16:44:09 CET; 2s ago
     Docs: man:mysqld(8)
           http://dev.mysql.com/doc/refman/en/using-systemd.html
  Process: 31982 ExecStart=/usr/sbin/mysqld --daemonize --pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid $MYSQLD_OPTS (code=exited, status=1/FAILURE)
  Control: 31999 (mysqld_pre_syst)
   CGroup: /system.slice/mysqld.service
           └─control
             ├─31999 /bin/bash /usr/bin/mysqld_pre_systemd
             └─32056 /usr/bin/python -Es /usr/sbin/semanage fcontext -a -e /var/lib/mysql /var/lib/mysql-keyring

Je reboote donc le serveur et essaie de démarrer le service

Code :

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-bash-4.2# systemctl start mysqld.service
Job for mysqld.service failed because the control process exited with error code. See "systemctl status mysqld.service" and "journalctl -xe" for details.

Code :

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-bash-4.2# systemctl status mysqld.service
● mysqld.service - MySQL Server
   Loaded: loaded (/usr/lib/systemd/system/mysqld.service; enabled; vendor preset: disabled)
   Active: activating (start-pre) since Thu 2017-01-05 16:52:13 CET; 2s ago
     Docs: man:mysqld(8)
           http://dev.mysql.com/doc/refman/en/using-systemd.html
  Process: 6567 ExecStart=/usr/sbin/mysqld --daemonize --pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid $MYSQLD_OPTS (code=exited, status=1/FAILURE)
  Control: 6584 (mysqld_pre_syst)
   CGroup: /system.slice/mysqld.service
           └─control
             ├─6584 /bin/bash /usr/bin/mysqld_pre_systemd
             └─6603 /usr/bin/python -Es /usr/sbin/semanage fcontext -a -e /var/lib/mysql /var/lib/mysql-keyring
 
Jan 05 16:52:13 mysql-p01.infra.vs.ch systemd[1]: Starting MySQL Server...

Comment passer ces écueil ?

**Artemus24** · 06/01/2017, 00h36

Salut fadace.

Je travaille sous windows, donc je ne connais pas avec exactitude la procédure sous Linux.
Mais quand j'installe une nouvelle version mysql 5.7, je suis obligé de créer le répertoire "/data".
Et pour cela, d'une part le répertoire n'existe pas, et d'autre, je lance la procédure batch que voici :

Code :

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@echo off
 
set PATH=.;%WAMPSERVER%\bin\mysql\%MYSQL%\bin;
 
mysqld  --initialize-insecure  --log-error-verbosity=3  --log-error=f:/Wamp/logs/mysql_error.log
 
pause
exit

Il n'est pas nécessaire d'avoir le fichier "my.ini", euh pardon le fichier "my.cnf" disponible.

En espérant que cela peut vous être utile !

@+

**Fabien Celaia** · 06/01/2017, 11h19

Le principe est le même sous Linux.

Le fichier my.cnf remplace le my.ini
Le fichier de data doit être créé avant et vide (chez moi, c'est le datadir=/mysql/data/01)

Même avec vos options, j'ai le même problème

Code :

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-bash-4.2$ mysqld --initialize-insecure  --log-error-verbosity=3  --explicit_defaults_for_timestamp
2017-01-06T10:18:20.618766Z 0 [Warning] Changed limits: max_open_files: 1024 (requested 5000)
2017-01-06T10:18:20.619062Z 0 [Warning] Changed limits: table_open_cache: 431 (requested 2000)
2017-01-06T10:18:20.619333Z 0 [Note] Ignoring --secure-file-priv value as server is running with --initialize(-insecure) or --bootstrap.
2017-01-06T10:18:20.619365Z 0 [Note] mysqld (mysqld 5.7.17) starting as process 43519 ...
2017-01-06T10:18:20.621349Z 0 [ERROR] --initialize specified but the data directory has files in it. Aborting.
2017-01-06T10:18:20.621384Z 0 [ERROR] Aborting

2017-01-06T10:18:20.621407Z 0 [Note] Binlog end
2017-01-06T10:18:20.621466Z 0 [Note] mysqld: Shutdown complete

**Artemus24** · 06/01/2017, 12h52

Salut Fadace.

Non, le répertoire data ne doit pas exister, et c'est normal car il va le créer.
Donc supprimer votre répertoire "/data" et tout ce qui se trouve dedans avant de lancer la commande "--initialize-insecure".

@+

**Fabien Celaia** · 06/01/2017, 14h21

Même problème en ayant supprimé le répertoire data avant.

1) mysqld --initialize crée le répertoire
2) il y met ses fichiers
3) même message d'erreur navrant

**Artemus24** · 06/01/2017, 15h41

Salut fadace.

Je fais refaire le test et vous donner le compte-rendu de l'initialisation du répertoire "/data".

1) j'arrête mon wampserver.
Je suis sous windows et je teste la version mysql 5.7.17.

2) je supprime le répertoire "/data" qui se trouve dans "f:/Wamp/bin/mysql/mysql5.7.17/data".
Je ne peux pas le supprimer si justement le service WampMysqld est en cours d'exécution.
Pour le service wampApache, on s'en fout, cela n'a aucun rapport avec notre manipulation.

3) je lance mon script d'initialisation :

Code :

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@echo off
 
set PATH=.;F:\Wamp\bin\mysql\mysql5.7.17\bin;
 
mysqld  --initialize-insecure  --log-error-verbosity=3  --log-error=f:/Wamp/logs/mysql_error.log
 
pause
exit

Aucun message d'anomalie !

4) voici le compte-rendu, celui du fichier "mysql_error.log".

Code :

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2017-01-06T14:31:28.264309Z 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2017-01-06T14:31:28.264309Z 0 [Note] Ignoring --secure-file-priv value as server is running with --initialize(-insecure) or --bootstrap.
2017-01-06T14:31:28.264309Z 0 [Note] mysqld (mysqld 5.7.17) starting as process 680 ...
2017-01-06T14:31:28.264309Z 0 [Note] Creating the data directory f:\wamp\bin\mysql\mysql5.7.17\data\
2017-01-06T14:31:28.279935Z 0 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use Windows interlocked functions
2017-01-06T14:31:28.279935Z 0 [Note] InnoDB: Uses event mutexes
2017-01-06T14:31:28.279935Z 0 [Note] InnoDB: _mm_lfence() and _mm_sfence() are used for memory barrier
2017-01-06T14:31:28.279935Z 0 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.3
2017-01-06T14:31:28.279935Z 0 [Note] InnoDB: Number of pools: 1
2017-01-06T14:31:28.279935Z 0 [Note] InnoDB: Not using CPU crc32 instructions
2017-01-06T14:31:28.279935Z 0 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, total size = 128M, instances = 1, chunk size = 128M
2017-01-06T14:31:28.295560Z 0 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2017-01-06T14:31:28.326809Z 0 [Note] InnoDB: The first innodb_system data file 'ibdata1' did not exist. A new tablespace will be created!
2017-01-06T14:31:28.326809Z 0 [Note] InnoDB: Setting file '.\ibdata1' size to 12 MB. Physically writing the file full; Please wait ...
2017-01-06T14:31:28.389314Z 0 [Note] InnoDB: File '.\ibdata1' size is now 12 MB.
2017-01-06T14:31:28.404937Z 0 [Note] InnoDB: Setting log file .\ib_logfile101 size to 48 MB
2017-01-06T14:31:29.342475Z 0 [Note] InnoDB: Setting log file .\ib_logfile1 size to 48 MB
2017-01-06T14:31:30.045586Z 0 [Note] InnoDB: Renaming log file .\ib_logfile101 to .\ib_logfile0
2017-01-06T14:31:30.061207Z 0 [Warning] InnoDB: New log files created, LSN=45790
2017-01-06T14:31:30.061207Z 0 [Note] InnoDB: Creating shared tablespace for temporary tables
2017-01-06T14:31:30.061207Z 0 [Note] InnoDB: Setting file '.\ibtmp1' size to 12 MB. Physically writing the file full; Please wait ...
2017-01-06T14:31:30.233102Z 0 [Note] InnoDB: File '.\ibtmp1' size is now 12 MB.
2017-01-06T14:31:30.248708Z 0 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer not found: creating new
2017-01-06T14:31:30.420603Z 0 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer created
2017-01-06T14:31:30.451835Z 0 [Note] InnoDB: 96 redo rollback segment(s) found. 96 redo rollback segment(s) are active.
2017-01-06T14:31:30.451835Z 0 [Note] InnoDB: 32 non-redo rollback segment(s) are active.
2017-01-06T14:31:30.467440Z 0 [Warning] InnoDB: Creating foreign key constraint system tables.
2017-01-06T14:31:30.514316Z 0 [Note] InnoDB: Foreign key constraint system tables created
2017-01-06T14:31:30.514316Z 0 [Note] InnoDB: Creating tablespace and datafile system tables.
2017-01-06T14:31:30.514316Z 0 [Note] InnoDB: Tablespace and datafile system tables created.
2017-01-06T14:31:30.514316Z 0 [Note] InnoDB: Creating sys_virtual system tables.
2017-01-06T14:31:30.529940Z 0 [Note] InnoDB: sys_virtual table created
2017-01-06T14:31:30.529940Z 0 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2017-01-06T14:31:30.592598Z 0 [Note] InnoDB: 5.7.17 started; log sequence number 0
2017-01-06T14:31:30.592598Z 0 [Note] Plugin 'FEDERATED' is disabled.
2017-01-06T14:31:30.592598Z 0 [Note] Salting uuid generator variables, current_pid: 680, server_start_time: 1483713088, bytes_sent: 0, 
2017-01-06T14:31:30.608068Z 0 [Note] Generated uuid: 'd0a6e629-d41c-11e6-8965-0024814ba126', server_start_time: 1483713768, bytes_sent: 2210194268688
2017-01-06T14:31:30.608068Z 0 [Warning] No existing UUID has been found, so we assume that this is the first time that this server has been started. Generating a new UUID: d0a6e629-d41c-11e6-8965-0024814ba126.
2017-01-06T14:31:30.623693Z 0 [Warning] Gtid table is not ready to be used. Table 'mysql.gtid_executed' cannot be opened.
2017-01-06T14:31:30.623693Z 1 [Note] Creating the system database
2017-01-06T14:31:30.623693Z 1 [Warning] root@localhost is created with an empty password ! Please consider switching off the --initialize-insecure option.
2017-01-06T14:31:30.623693Z 1 [Note] Creating the system tables
2017-01-06T14:31:33.639321Z 1 [Note] Filling in the system tables, part 1
2017-01-06T14:31:33.654949Z 1 [Note] Filling in the system tables, part 2
2017-01-06T14:31:33.654949Z 1 [Note] Filling in the mysql.help table
2017-01-06T14:31:34.451933Z 1 [Note] Creating the sys schema
2017-01-06T14:31:35.295748Z 1 [Note] Bootstrapping complete
2017-01-06T14:31:35.295748Z 0 [Note] Binlog end
2017-01-06T14:31:35.295748Z 0 [Note] InnoDB: FTS optimize thread exiting.
2017-01-06T14:31:35.295748Z 0 [Note] InnoDB: Starting shutdown...
2017-01-06T14:31:35.420921Z 0 [Note] InnoDB: Dumping buffer pool(s) to f:\wamp\bin\mysql\mysql5.7.17\data\ib_buffer_pool
2017-01-06T14:31:35.420921Z 0 [Note] InnoDB: Buffer pool(s) dump completed at 170106 15:31:35
2017-01-06T14:31:36.217644Z 0 [Note] InnoDB: Shutdown completed; log sequence number 2535002
2017-01-06T14:31:36.217644Z 0 [Note] InnoDB: Removed temporary tablespace data file: "ibtmp1"

Quelques warning sans grande importance, mais pas d'erreurs.

5) j'ai une petite manipulation à faire dans mon nouvel environnement pour être en conformité avec mon fichier "my.ini" :
a) création du répertoire "/data/ibdata".
b) déplacement des fichiers suivants dans ce nouvel environnement :
--> ib_buffer_pool
--> ib_logfile0
--> ib_logfile1
--> ibdata1

Oui, je suis un peu manique de l'organisation.

Si cela vous intéresse, je peux vous communiquer mon fichier "my.ini".

6) je relance mon wampserver : l'icône est verte ! Donc aucun problème.

Voilà, c'est fini. Le SGBDR Mysql version 5.7.17 est disponible pour subir d'autre manipulation comme :
--> installation des privilèges.
--> restauration des bases de données.

@+

**Fabien Celaia** · 06/01/2017, 16h17

C'est gentil, Artemus24, mais je suis quasiment certain qu'il s'agit là d'un problème de ma release, non reproductible sous Windows... et que cela ne vient pas de mon fichier my.cnt (sinon les fichiers ne se créeraient pas au bon endroit)
Je l'ai déjà fait de nombreuses fois sur RH avec la version 5.7.14 sans tomber sur cette saleté.
J'ai crû bon de passer par la version mode yum, ai je commence à m'en mode les doigts.

**Artemus24** · 06/01/2017, 16h21

Salut fadace.

En ce qui concerne Linux (ou Debian), je n'ai pas la possibilité de faire ce genre de manipulation.
Donc je ne peux pas vous aider plus. Désolé

Avez-vous lancé cela en SU ?

@+

**Fabien Celaia** · 09/01/2017, 09h58

vous voulez certainement dire "en root" ?

Non, en mysql pour l'initialisation, ce qui est parfaitement correct puisque tous les binaires et répertoires ont les bons droits

**Artemus24** · 09/01/2017, 10h38

Salut Fadace.

Envoyé par fadace

vous voulez certainement dire "en root" ?

Je parle du compte utilisateur Root sous linux qui est en mode administrateur. Et non du compte Root sous MySql.

Envoyé par fadace

Non, en mysql pour l'initialisation, ce qui est parfaitement correct puisque tous les binaires et répertoires ont les bons droits

Qu'est-ce que vous entendez par "tous les binaires et répertoires ont les bons droits" ?
Car ce qui est bon pour vous, ne l'est pas forcément pour ce que vous désirez faire.

Pour moi, vous devez être dans un compte administrateur. Et les autorisations pour ce privilèges sont "RWX".

@+

**Fabien Celaia** · 09/01/2017, 11h24

Ok. J'ai trouvé.
C'est propre à l'installation Linux avec systemd.
Par défaut, il pointe sur un datadir hardcodé

[MySQL 5.7.17] mysqld --initialize failed

Installation MySQL

Vue hybride

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