Discussion :

[mido1951]

Bonjour,

j'ai un problème de parallélisation d'un programme en pyhton.
Voici mon problème:
J'ai deux fichier f1.fa et f2.fa qui contient chacun des séquences en format FASTA.
Je veux boucler chaque séquence de f1.fa sur toutes les séquences du f2.fa puis je vais ecrire un resultat sur un autre fichier f3.fa.
Ici, je veux savoir est-ce que si je boucle en prallèle sur le f1.fa est-ce que je vais avoir une parallélisation?
par exemple: c'est juste un petit code parce que je ne sais pas faire encore la parallélisation

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
Parallel for line1 in mon_fichier1:
   for line2 in mon_fichier2:
        traitement

ici est-ce que cette solution marche? selon vous?
merci pour vos réponse

[wiztricks]

Salut,

Ici, je veux savoir est-ce que si je boucle en prallèle sur le f1.fa est-ce que je vais avoir une parallélisation?
par exemple: c'est juste un petit code parce que je ne sais pas faire encore la parallélisation

Contrairement à d'autres langages, Python n'a pas d'instruction équivalente à un "parallel foreach" (VB, C#,.... ont cela) mais le module concurrent.futures permet de paralléliser assez simplement.

- W

[mido1951]

est-ce qu'ici, je peux prendre chaque séquence et tout le fichier f2.fa sur chaque thread par exemple??
c'est à dire :
thread1: séquence 1 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
thread2: séquence 2 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
thread3: séquence 3 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
thread4: séquence 4 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
thread5: séquence 5 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
puis:
thread1: séquence 6 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
thread2: séquence 7 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
thread3: séquence 8 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
thread4: séquence 9 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
thread5: séquence 10 de f1.fa avec toutes les séquences de f2.fa
....
est-ce que je peux faire ça?
c'est ce que je veux faire afin de ne pas prendre tout en séquentiel.
Merci pour vos réponse.

[wiztricks]

Salut,

est-ce que je peux faire ça?
c'est ce que je veux faire afin de ne pas prendre tout en séquentiel.

Comme c'est vous qui codez, vous avez une certaine liberté (tant que çà respecte les lois de la physique...)

- W

[tyrtamos]

Bonjour,

Pour info, il y a eu une discussion sur ce type de sujet il y a peu:

http://www.developpez.net/forums/d15...sing-qprocess/

[mido1951]

merci pour votre aide.
Je vais voir l'autre discussion et je vais essayer de comprendre un peu. Mon problème c'est que j'ai jamais utilisé le parallélisme en pyhton ou dans un autre programme.
juste une question:
si thread1,thread2,thread3,thread4,thread5 ont accès en meme temps au f2.fa en mode lecture c'est à dire qu'ils partagent la meme ressource. Est-ce qu'il y a un problème lors de la lecture ici?ou ça ne pose pas de problème?
Merci