Discussion :

[arnaud de Coninck]

Bonjour, je désire faire un graphique de mes concentrations en fonction de la profondeur d'échantillonnage et des années (puisque une profondeur donnée dans ma carotte de sédiment lacustre correspond à une année).

En gros, voilà mon script pour 4 colonnes de mon tableau (xrf3) :

Code :

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par(mfrow=c(1,4))			
	for (i in colnames(xrf3)[3:6]) {
		plot(
			xrf3[,i], 
			xrf3[,"composite.depth"],
			main=paste(i, "-XRF profile"),
			type = "l",
			col = "green", 
			xlab=paste(i, "(/kcps)"), 
			ylab = "profondeur (mm)",
			ylim = rev(range(xrf3[,"composite.depth"])
			))
			grid(col = "purple1", 
					lty = "dotted", 
					lwd = 1)
 
			}

Comme je le disais, il va dessiner Al puis Si et les autres éléments en fonction de la profondeur (1ere colonne: composite.depth). Mais je voudrais ajouter un autre axe sur la droite de mes graphiques pour les années (2e colonne : year) dans mon exemple de data frame ci-dessous :

Composite

.depth     year     Al              Si              P               S                    
3.0        2005     0.000836473     0.011320262     0.000724943     0.000474001 
2.9          NA     0.000788350     0.011431082     0.000000000     0.000478641 
2.8          NA     0.000486832     0.011368954     0.000429557     0.001202761 
2.7          NA     0.001778258     0.011427495     0.001457589     0.001428437 
2.6        2006     0.000943874     0.011709934     0.000737401     0.001002866 
2.5          NA     0.000954130     0.012850939     0.001222479     0.001043580 
2.4        2007     0.001773155     0.014816366     0.000601070     0.000270481 
2.3        2008     0.001413935     0.013327093     0.000631758     0.001263517

En gros, l’année 2005 correspond à la profondeur 3.0 mm, 2006(2.6mm), 2007(2.4mm), et


J’ai fait plusieurs essais en essayant de jouer avec la fonction Axis(4), mais je ne vois pas comment l’insérer dans ma boucle For.

Merci de m’éclairer.
Arnaud

[Mat32]

Hello Arnaud,

je pense qu'il faut l'ajouter après la fonction plot() :

Code :

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for (i in colnames(xrf3)[3:6]) {
plot(...)
axis(4,...)
}

Bonne journée

[arnaud de Coninck]

Bonjour Mat

merci pour l'info, J'ai pu afficher le deuxième axe à droite comme je le voulais, seulement il se place un peu n'importe comment sans tenir compte de l'axe y principale
Par exemple, comme vous pouvez le voir dans le tableau de donnée, la profondeur 3.0 correspond à l'année 2005, mais sur le graphique 2005 commence à 1.0. les intervalles ne sont pas non plus les mêmes. je me demande la fonction plot est la solution pource que je veux, j'ai essayer avec coplot, mais je n'ai pas reussi. Est-ce qu'il y aurait une fonction plus adapté dans mon cas ou est-ce qu'il y a un moyen de forcer le deuxième axe Y à suivre le même ordre et intervalle que l'axe Y principale dont il est fonction.

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for (i in colnames(xrf2)[3:10]) {
		plot(
			xrf2[,i], 
			xrf2[,"composite.depth"],
			main=paste(i, "-XRF profile"),
			type = "l",
			col = "green", 
			xlab=paste(i, "(/kcps)"), 
			ylab = "profondeur (mm)",
			ylim = rev(range(xrf2[,"composite.depth"]))
 
			)
			axis(4,	at = seq(30),
						 labels = paste(year),
						 tick = TRUE,
						 col = "red",
						 lwd = 1, 
						 lty = "solid", 
						 las = 3,
						 cex.axis = 0.8)						
			}

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composite
.depth year	    Al	          Si	               P
0.1	NA	0.000000000	0.000000000	0.001260379
0.2	NA	0.000000000	0.000436172	0.001490256
0.3	NA	0.000000000	0.000246960	0.000905521
0.4	NA	0.000321730	0.002849606	0.001103073
0.5	NA	0.000786997	0.004259042	0.001527700
0.6	NA	0.001126383	0.005091252	0.001306604
0.7	NA	0.001598099	0.006638259	0.000491723
0.8	NA	0.001223572	0.006693659	0.000863698
0.9	NA	0.000581450	0.007798265	0.001265508
1.0	NA	0.001509006	0.008824402	0.000852916
1.1	NA	0.000603871	0.008454197	0.000572088
1.2	NA	0.000000000	0.008822382	0.000632429
1.3	NA	0.001552920	0.008461829	0.001362766
1.4	NA	0.000477181	0.010847924	0.000954363
1.5	NA	0.001148499	0.011772119	0.000000000
1.6	2011	0.001560828	0.011403604	0.000700780
1.7	NA	0.002276676	0.012015792	0.001644266
1.8	NA	0.001663461	0.012209176	0.001757619
1.9	2010	0.001398783	0.014236505	0.001305531
2.0	NA	0.002613637	0.013529415	0.001291444
2.1	2009	0.000520058	0.013674457	0.000703607
2.2	NA	0.002365972	0.013194846	0.001880645
2.3	2008	0.001413935	0.013327093	0.000631758
2.4	2007	0.001773155	0.014816366	0.000601070
2.5	NA	0.000954130	0.012850939	0.001222479
2.6	2006	0.000943874	0.011709934	0.000737401
2.7	NA	0.001778258	0.011427495	0.001457589
2.8	NA	0.000486832	0.011368954	0.000429557
2.9	NA	0.000788350	0.011431082	0.000000000
3.0	2005	0.000836473	0.011320262	0.000724943

merci d'avance.
Arnaud