Discussion :

[charleslaidi]

Bonjour à tous,

Je bloque depuis plusieurs jours sur un problème de boucle for. Je précise que j'ai cherché une réponse sur internet et sur le forum, mais je ne sais pas à quoi correspond (à quel nom ?) ce que je veux faire c'est difficile.

Je fais des boucles for qui marchent bien. Mon code est le suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
 
var1="HIPPOCAMPE_DROIT"
var2=hippo_d
var3=17
 
echo = ${var1}
 
for filename in 'cat list.txt' ; 
do fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var3} -thr ${var3} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var2} ; 
done
 
var1="HIPPOCAMPE_GAUCHE"
var2=hippo_g
var3=16
echo = ${var1}
 
for filename in 'cat list.txt' ; 
do fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var3} -thr ${var3} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var2} ; 
done

En fait comme chaque boucle appelle plusieurs variables (var1, var2 et var3), je fais des copié / coller et comme j'ai une centaine de boucle ça devient vite très très long.

Je cherche donc un moyen d'automatiser tout ça en faisant une sorte de boucle dans la boucle pour ne pas avoir à faire de copié coller de ma boucle for filename in 'cat list.txt'....

De façon alternative, j'ai pensé à créer un script qui s'appellerait ./script1 et qui contiendrait la boucle :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
 
for filename in 'cat list.txt' ; 
do fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var3} -thr ${var3} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var2} ; 
done

et ensuite j'aurai pensé faire

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
 
var1="HIPPOCAMPE_DROIT"
var2=hippo_d
var3=17
 
echo = ${var1}
 
./script1
 
var1="HIPPOCAMPE_GAUCHE"
var2=hippo_g
var3=16
echo = ${var1}
 
./script1

Le problème c'est que cette option ne marche pas, parce que les variables que je définie ne sont pas prise en compte dans mon script ./script1.

C'est très dommage parce que cette solution aurait été pratique. En fait ça ne me dérange pas d'écrire à chaque fois la définition des variables var1, var2 et var3, le problème c'est que j'ai tellement de boucles qu'au final je ne peux pas me permettre de faire des copié / collé de ma boucle for à chaque fois (d'autant plus qu'en réalité j'ai plusieurs boucles for pour chaque valeur de var1, var2 et var3.

Je précise par ailleurs que mon triplé de variable var1, var2 et var3 sont toujours associés de la même manière.

Merci beaucoup pour votre aide,

Je me dis qu'il doit y avoir une solution simple. Toute idée est la bienvenue.

Bonne soirée,

Charles

[disedorgue]

Bonjour,

Si au lieu de passer par un script intermédiaire, tu créais une fonction qui contient ta boucle ?

Cela donnerait quelque chose comme ci-dessous (pas testé)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
#!/usr/bin/bash
# On déclare la fonction
func1 () 
{ 
    for filename in $(cat list.txt)
    do
        fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var3} -thr ${var3} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var2}
    done
}
 
#puis, on utilise celle-ci
var1="HIPPOCAMPE_DROIT"
var2=hippo_d
var3=17
 
echo = ${var1}
 
func1
 
var1="HIPPOCAMPE_GAUCHE"
var2=hippo_g
var3=16
echo = ${var1}
 
func1

Sinon, pour information, ton script peut prendre en compte tes variables si celles-ci ont été exporté au préalable.

[N_BaH]

Bonjour,

tout d'abord, on ne lit pas un fichier avec une boucle for : Comment parcourir un fichier.

ensuite, est-ce que le script doit être portable, ou peut-il utiliser des tableaux.

Code BASH :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
$ tablx=( t1 t2 )                                                                                                             
$ declare -A tabl=( [t1]='a b c' [t2]='d e f' )                                                                               
$ for t in "${tablx[@]}"; do ar=( ${tabl[$t]} ); echo "jeu de valeurs #$((++n)) :";printf '%s\n' "${ar[@]}"; done             
jeu de valeurs #1 :
a
b
c
jeu de valeurs #2 :
d
e
f

ce serait, à mes yeux, la meilleure solution.

sinon, tu peux passer tes variables à ton script en tant qu'arguments, mais ça va être lourd.

[BufferBob]

salut,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for filename in 'cat list.txt' ;

j'imagine qu'il y a une erreur de typo ou de copier/coller ici, ça ne peut fonctionner que si tu utilises des backquotes `` et non des simple quotes ''

De façon alternative, j'ai pensé à créer un script qui s'appellerait ./script1 (...)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
var1="HIPPOCAMPE_DROIT"
(...)
./script1

c'était pas bête comme idée (c'est pas hyper sex mais ça aurait pu te permettre de contourner la difficulté), ça aurait pu marcher en sourçant le script plutôt qu'en l'exécutant tel quel

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
source ./script1
# ou
. ./script1  # ca revient au même

de cette façon script1 est littéralement inclu dans le script appelant et les variables sont disponibles lorsqu'il déroule

maintenant je te propose une solution plus "propre" (sans for i in `cat f`, y'en a qui ont essayé, maintenant leurs oreilles ornent les colliers de certains membres de ce forum ), à base de boucle while imbriquées :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
while read var1 var2 var3; do
   while read filename; do
      fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var3} -thr ${var3} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var2}
   done < list.txt
done < variables.txt

et le fichier variables.txt :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
HIPPOCAMPE_DROIT hippo_d 17
HIPPOCAMPE_GAUCHE hippo_g 16

edit: le temps de rédiger me suis fais pris de vitesse ^^

[jack-ft]

De façon alternative, j'ai pensé à créer un script qui s'appellerait ./script1 et qui contiendrait la boucle :

Pour factoriser, tu peux effectivement faire un script auxiliaire.

Dans ce cas, comme indiqué par disedorgue, il te suffit de mettre, une seule fois, au début du script appelant export var1 var2 var3.

Mais les variables exportées ne sont pas la seule manière de communiquer avec un script auxiliaire, il y a aussi les arguments fournis à l'appel.

Et le script auxiliaire n'est pas la seule manière de factoriser le code, il y a aussi, comme indiqué également par disedorgue, les sous-fonctions.

Et les variables visibles ne sont pas la seule manière de communiquer avec une sous-fonction, il y a aussi les paramètres.

Comme tu n'indiques pas d'où tu tiens les valeurs des variables var1 var2 var3, ni si tu as besoin de les utiliser pour autre chose que l'appel à fsl4.1-fslmaths, il est difficile de savoir quelle est la meilleure solution.

J'aime beaucoup la proposition de BufferBob, mais on ne voit pas les valeurs utilisées pour var1 var2 et var3 car elles sont dans le fichier de données.

Ma proposition est donc la suivante:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
#!/bin/sh
 
# La fonction qui fait le boulot et attend 3 arguments:
# 1 : Le libellé du machin (région du cerveau?), qui est juste affiché
# 2 : Le nom abrégé du machin (utilisé pour le suffixe des fichiers générés)
# 3 : La valeur du bidule (utilisée pour uthr et thr)
function fsl {
  echo "= ${1}"
  while read filename; do
    fsl4.1-fslmaths "${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz" -uthr ${v3} -thr ${3} "${filename}_conv/rois/${filename}_${2}"
  done < list.txt
}
 
# Les appels de la fonction:
fsl "HIPPOCAMPE_DROIT"  hippo_d 17
fsl "HIPPOCAMPE_GAUCHE" hippo_g 16
etc.

[Sve@r]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
 
var1="HIPPOCAMPE_DROIT"
var2=hippo_d
var3=17
 
echo = ${var1}
 
for filename in 'cat list.txt' ; 
do fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var3} -thr ${var3} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var2} ; 
done
 
var1="HIPPOCAMPE_GAUCHE"
var2=hippo_g
var3=16
echo = ${var1}
 
for filename in 'cat list.txt' ; 
do fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var3} -thr ${var3} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var2} ; 
done

En fait comme chaque boucle appelle plusieurs variables (var1, var2 et var3), je fais des copié / coller et comme j'ai une centaine de boucle ça devient vite très très long.

Je cherche donc un moyen d'automatiser tout ça en faisant une sorte de boucle dans la boucle pour ne pas avoir à faire de copié coller de ma boucle for filename in 'cat list.txt'....
Je me dis qu'il doit y avoir une solution simple. Toute idée est la bienvenue.

Bonjour

Faire un second script qui aurait connaissance de tes variables via un export est bien entendu possible mais c'est dommage d'avoir deux scripts distincts pour faire un seul travail (sous-entendu le second script n'étant pas utilisé ailleurs) alors qu'on peut toujours faire autrement. Comme par exemple mettre ta boucle for() dans une fonction séparée.

Ceci dit, on peut aussi faire sans. A priori, la seule chose qui change c'est var3 qui descend d'un indice à chaque étape. Tu peux peut-être exploiter ce fait

Code bash :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
var1="HIPPOCAMPE_GAUCHE"
var2=hippo_g
for var3 in $(seq 20 |tac); do
    cat list.txt |while read filename ; do
        fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var3} -thr ${var3} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var2} ; 
    done
done

Si maintenant tu veux faire évoluer plusieurs variables en parallèle, c'est possible en trichant un peu avec le set qui ira remplir $* et en utilisant alors les paramètres positionnels $1, $2, .... Exemple:

Code bash :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
#!/bin/bash
 
set 1 2 3 4 5 6 7 8 9
while test $# -gt 0; do
   echo $1 $2 $3
   shift 3
done

Et si tu ne veux pas perdre ton $* originel, alors il reste quand-même ce qui pourrait s'apparenter à de la sérialisation: concaténer tes valeurs à traiter avec un séparateur particulier puis découper chaque concaténation. Exemple

Code bash :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
#!/bin/bash
 
liste="papa ours;brun;180:maman ours;blonde;120:bébé ours;blanc;10"
 
echo "$liste" |sed -e "s/:/\n/g" |while read info
do
	nom=$(echo "$info" |cut -f1 -d\;)
	couleur=$(echo "$info" |cut -f2 -d\;)
	poids=$(echo "$info" |cut -f3 -d\;)
	echo "nom: [$nom], poids: [$poids], couleur: [$couleur]"
done

Comme quoi, si les données entrantes sont reconnaissables par un critère quelconque, il y a alors toujours une solution pour l'exploiter...

[disedorgue]

Bonjour,

Et si tu ne veux pas perdre ton $* originel, alors il reste quand-même ce qui pourrait s'apparenter à de la sérialisation: concaténer tes valeurs à traiter avec un séparateur particulier puis découper chaque concaténation. Exemple

Code bash :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
#!/bin/bash
 
liste="papa ours;brun;180:maman ours;blonde;120:bébé ours;blanc;10"
 
echo "$liste" |sed -e "s/:/\n/g" |while read info
do
	nom=$(echo "$info" |cut -f1 -d\;)
	couleur=$(echo "$info" |cut -f2 -d\;)
	poids=$(echo "$info" |cut -f3 -d\;)
	echo "nom: [$nom], poids: [$poids], couleur: [$couleur]"
done

Comme quoi, si les données entrantes sont reconnaissables par un critère quelconque, il y a alors toujours une solution pour l'exploiter...

Pour ne pas perdre son $* originel, on ne pourrait pas le sauvegarder "simplement" ?
C'est une vraie question, à cause du critère positionnel: set "foo bar" foobar va créer juste 2 variables positionnelle ($1 et $2), et la question est de savoir s'il est possible de sauver celles-ci simplement, genre XX=$* ou XX=$@ et nom pas via une boucle ?

Sinon, concernant le petit script final, sous bash, il est amplement simplifiable:

Code bash :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
#!/bin/bash
 
liste="papa ours;brun;180:maman ours;blonde;120:bébé ours;blanc;10"
 
echo "$liste" |while IFS=\; read -d ':' nom couleur poids
do
	echo "nom: [$nom], poids: [$poids], couleur: [$couleur]"
done

[Sve@r]

Pour ne pas perdre son $* originel, on ne pourrait pas le sauvegarder "simplement" ?

Tout à fait. svg="$*" et set $svg à la fin. Ca fonctionne sauf si on a besoin de $* dans la boucle

Sinon, concernant le petit script final, sous bash, il est amplement simplifiable:

Code bash :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
#!/bin/bash
 
liste="papa ours;brun;180:maman ours;blonde;120:bébé ours;blanc;10"
 
echo "$liste" |while IFS=\; read -d ':' nom couleur poids
do
	echo "nom: [$nom], poids: [$poids], couleur: [$couleur]"
done

Oui mais j'aime pas toucher à l'IFS quand je peux éviter. Trop dangereux comme manip. Et quand (contraint et forcé) je m'y résigne, je le sauvegarde et le restore immédiatement après la manip que je veux la plus courte possible du genre svg="$IFS"; IFS="..."; set ...; IFS="$svg". Avoir toute une boucle avec l'IFS qui ne contient plus ses valeurs d'origine m'embête énormément.
Mais on a tous nos petites habitudes

[disedorgue]

Non,

svg="$*" puis set $svg ne fonctionne pas dans tous les cas:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
$ set "foo bar" "foobar"
$ echo $1
foo bar
$ echo $2
foobar
$ svg="$*"
$ set $svg
$ echo $1
foo
$ echo $2
bar
$ echo $3
foobar

Et je posais la question de savoir si c'était possible de les sauver simplement.

Concernant l'IFS, je suis d'accord avec toi, sauf que dans l'exemple que je donne, l'IFS n'est modifié que pour la commande read qui suit la redéfinition et uniquement elle.

[jlliagre]

Il est possible sauvegarder la liste des arguments même quand ils contiennent des espaces ou autres caractères de l'IFS comme ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
$ set "a b" c
$ echo $1
a b
$ arguments=( "$@" )
$ set x y z
$ echo $1
x
$ set "${arguments[@]}"
$ echo $1
a b

[Sve@r]

Concernant l'IFS, je suis d'accord avec toi, sauf que dans l'exemple que je donne, l'IFS n'est modifié que pour la commande read qui suit la redéfinition et uniquement elle.

Exact et je n'en comprends pas trop la raison. Est-ce parce qu'il n'y a aucun séparateur d'instruction entre l'affectation de l'IFS et le read ???
Ceci dit, en testant je viens de me rendre compte que ça ne lit pas le dernier enregistrement (bébé ours). Il faut terminer la liste par le séparateur read pour que ça fonctionne => liste="papa ours;brun;180:maman ours;blonde;120:bébé ours;blanc;10:"...

[N_BaH]

Est-ce parce qu'il n'y a aucun séparateur d'instruction entre l'affectation de l'IFS et le read ???

oui, on définit ainsi la variable environnementale de read, comme on le ferait avec n'importe quelle variable pour n'importe quelle commande :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
$ maFonc(){ echo "$maVar";}
$ unset maVar; maVar=bla maFonc                                                                                                                          
bla
$ echo ${maVar:-"n'existe pas dans l'environnement courant"}
n'existe pas dans l'environnement courant

[disedorgue]

Ceci dit, en testant je viens de me rendre compte que ça ne lit pas le dernier enregistrement (bébé ours). Il faut terminer la liste par le séparateur read pour que ça fonctionne => liste="papa ours;brun;180:maman ours;blonde;120:bébé ours;blanc;10:"...

C'est vrai, une solution possible, pour ne pas imposer de le mettre systématiquement:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
echo "${liste%*:}:" | while IFS=\; read -d ':' nom couleur poids
do
    echo "nom: [$nom], poids: [$poids], couleur: [$couleur]"
done

Ou une syntaxe sans le pipe ("|") afin de ne pas passer par un sous-shell, ce qui peut-être pratique quand on désire initialiser des variables pour plus tard:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
while IFS=\; read -d ':' nom couleur poids
do
    echo "nom: [$nom], poids: [$poids], couleur: [$couleur]"
done <<<"${liste%*:}:"

[charleslaidi]

Bonjour à tous,

Tout d'abord merci pour toutes vos réponses ! J'ai beaucoup appris...

En fait j'ai été très intéressé par la réponse de BufferBob, et je l'ai combinée avec le proposition de Disedorgue (en utilisant une fonction).

J'ai donc écris le script suivant suivante (effectivement c'est pour traiter des images de cerveau)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
function1 ()
{
echo EXTRACTION DU ${var1}
 
for filename in `cat list.txt` ; 
do fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var2} -thr ${var2} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}  
done
 
for filename in `cat list.txt` ; 
do fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}.nii.gz -div ${var2} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div 
done
 
for filename in `cat list.txt` ; 
do mri_convert ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div.nii.gz ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div_conv.nii
done
 
echo TRANSFERT DE LA ROI ${var1} DANS LE DOSSIER 
 
for filename in `cat list.txt` ; 
do cp ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div_conv.nii /$SPTH2/${filename}/mask_charles
done
 
for filename in `cat list.txt` ; 
do AimsFileConvert /$SPTH2/${filename}/mask_charles/${filename}_${var1}_div_conv.nii /$SPTH2/${filename}/mask_charles/${var1}.ima
done
 
echo ${var1} TERMINE
}
 
# créer un fichier list.txt avec la liste des noms du sujet
# créer un fichier variables tel que : var1 =  cereb_g_wm et var2 = 17 (ou 17 = numéro de la LUT de FreeSufer)
 
while read var1 var2; do
    while read filename; do
        function1
    done < list.txt
done < variables.txt

Au départ j'était content parce que ça me donnait le résultat que j'espérais. Sauf qu'en regardant plus précisément dans le terminal, je me suis rendu compte de quelque chose d'étrange :
- Le script donne le résultat voulu
- Mais en fait il tourne deux fois, (la seconde fois, le fichier qui doit être crée est écrasé j'ai l'impression)
- Ensuite il tourne deux fois en foirant, et ce qui se passe c'est que la variable var1 ne peut pas être lue, donc je reste à extraction de (et rien ensuite).

Du coup ça m'ennuie un peu que le script marche mais qu'il y ait des erreurs dans le terminal.
Je pense qu'il doit y avoir un problème avec le read var1 var2, et qu'en fait il fait des itérations pour chaque "filename" alors qu'il ne devrait pas.

Je en sais pas si vous avez une idée du problème ?

Merci beaucoup pour votre aide,

Charles

PS : je vous mets au cas ou ce que j'ai dans le terminal :
PS 2 : il y a des chiffres (un deux trois etc..) dans le terminal, qui correspondent à des echo que j'avais mis pour voir là ou était le problème.
le filename est remplacé par "nom_du_sujet"

mkdir: impossible de créer le répertoire «/lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_freesurfer/nom_du_sujet_conv/rois»: Le fichier existe
mri_convert -rl nom_du_sujet_conv/mri/rawavg.mgz -rt nearest nom_du_sujet_conv/mri/aseg.mgz nom_du_sujet_conv/mri/aseg_raw.nii.gz
$Id: mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
reading from nom_du_sujet_conv/mri/aseg.mgz...
TR=2300.00, TE=0.00, TI=0.00, flip angle=0.00
i_ras = (-1, 0, 0)
j_ras = (0, 0, -1)
k_ras = (0, 1, 0)
reading template info from volume nom_du_sujet_conv/mri/rawavg.mgz...
changing data type from uchar to float (noscale = 0)...
Reslicing using nearest
writing to nom_du_sujet_conv/mri/aseg_raw.nii.gz...
EXTRACTION DU cereb_g_wm
un
deux
trois
mri_convert nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div.nii.gz nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div_conv.nii
$Id: mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
reading from nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div.nii.gz...
TR=2300.00, TE=0.00, TI=0.00, flip angle=0.00
i_ras = (0, -1, 0)
j_ras = (0, 0, 1)
k_ras = (1, 0, 0)
writing to nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div_conv.nii...
quatre
TRANSFERT DE LA ROI cereb_g_wm DANS LE DOSSIER LOGICIEL
cinq
six
filein : //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div_conv.nii
fileout : //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/cereb_g_wm.ima
encoding: Binary
normal : 0
rescale : 0
format :
type :
objtype :
xdim : 0
ydim : 0
zdim : 0
imin : default
imax : default
omin : default
omax : default
reading //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div_conv.nii as Volume / FLOAT...
reading done
convert to Volume / FLOAT
converting data...
convert done
writing //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/cereb_g_wm.ima...
done
sept
cereb_g_wm TERMINE
huit
EXTRACTION DU cereb_g_wm
un
deux
trois
mri_convert nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div.nii.gz nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div_conv.nii
$Id: mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
reading from nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div.nii.gz...
TR=2300.00, TE=0.00, TI=0.00, flip angle=0.00
i_ras = (0, -1, 0)
j_ras = (0, 0, 1)
k_ras = (1, 0, 0)
writing to nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div_conv.nii...
quatre
TRANSFERT DE LA ROI cereb_g_wm DANS LE DOSSIER LOGICIEL
cinq
six
filein : //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div_conv.nii
fileout : //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/cereb_g_wm.ima
encoding: Binary
normal : 0
rescale : 0
format :
type :
objtype :
xdim : 0
ydim : 0
zdim : 0
imin : default
imax : default
omin : default
omax : default
reading //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/nom_du_sujet_cereb_g_wm_div_conv.nii as Volume / FLOAT...
reading done
convert to Volume / FLOAT
converting data...
convert done
writing //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/cereb_g_wm.ima...
done
sept
cereb_g_wm TERMINE
huit
EXTRACTION DU
un
deux
** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for 'nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div'
** ERROR: nifti_image_open(nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div): bad header info
ERROR: failed to open file nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div
ERROR: Could not open image nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div
Image Exception : #22 :: Failed to read volume nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div
terminate called after throwing an instance of 'RBD_COMMON::BaseException'
./Stk-FS-ROI : ligne 37 : 28003 Abandon fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}.nii.gz -div ${var2} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div
trois
mri_convert nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div.nii.gz nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div_conv.nii
$Id: mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
reading from nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div.nii.gz...
niiRead(): error opening file nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div.nii.gz
quatre
TRANSFERT DE LA ROI DANS LE DOSSIER LOGICIEL
cinq
cp: impossible d'évaluer «nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div_conv.nii»: Aucun fichier ou dossier de ce type
six
filein : //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/nom_du_sujet__div_conv.nii
fileout : //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/.ima
encoding: Binary
normal : 0
rescale : 0
format :
type :
objtype :
xdim : 0
ydim : 0
zdim : 0
imin : default
imax : default
omin : default
omax : default
/i2bm/local/Ubuntu-14.04-x86_64/brainvisa/bin/real-bin/AimsFileConvert: //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/nom_du_sujet__div_conv.nii : No such file or directory
sept
TERMINE
huit
EXTRACTION DU
un
deux
** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for 'nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div'
** ERROR: nifti_image_open(nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div): bad header info
ERROR: failed to open file nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div
ERROR: Could not open image nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div
Image Exception : #22 :: Failed to read volume nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div
terminate called after throwing an instance of 'RBD_COMMON::BaseException'
./Stk-FS-ROI : ligne 37 : 28016 Abandon fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}.nii.gz -div ${var2} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}_div
trois
mri_convert nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div.nii.gz nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div_conv.nii
$Id: mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $
reading from nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div.nii.gz...
niiRead(): error opening file nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div.nii.gz
quatre
TRANSFERT DE LA ROI DANS LE DOSSIER LOGICIEL
cinq
cp: impossible d'évaluer «nom_du_sujet_conv/rois/nom_du_sujet__div_conv.nii»: Aucun fichier ou dossier de ce type
six
filein : //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/nom_du_sujet__div_conv.nii
fileout : //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/.ima
encoding: Binary
normal : 0
rescale : 0
format :
type :
objtype :
xdim : 0
ydim : 0
zdim : 0
imin : default
imax : default
omin : default
omax : default
/i2bm/local/Ubuntu-14.04-x86_64/brainvisa/bin/real-bin/AimsFileConvert: //lab/lab2/Di/martin/mon_nom/pilot_logiciel//nom_du_sujet/mask_mon_nom/nom_du_sujet__div_conv.nii : No such file or directory
sept
huit

On vois bien qu'il marche deux fois et qu'ensuite il plante deux fois...

[disedorgue]

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
function1 ()
{
echo EXTRACTION DU ${var1}

for filename in `cat list.txt` ; 
do fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var2} -thr ${var2} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}  
done
...
...
}
while read var1 var2; do
    while read filename; do
        function1
    done < list.txt
done < variables.txt

Tu ne pense pas que ce qui pose problème, c'est la double boucle (en rouge):
la fonction fait la boucle sur ta liste de fichier, et la boucle while read filename aussi... ???

[charleslaidi]

Tu ne pense pas que ce qui pose problème, c'est la double boucle (en rouge):
la fonction fait la boucle sur ta liste de fichier, et la boucle while read filename aussi... ???

Mais oui je pensais aussi, du coup j'ai essayé d'enlever les boucles for, en laissant simplement les commandes :

fsl4.1-fslmaths ${filename}_conv/mri/aseg_raw.nii.gz -uthr ${var2} -thr ${var2} ${filename}_conv/rois/${filename}_${var1}

(sans le for filename, le do et le done)

mais ça n'a pas marché,

Ensuite j'ai essayé aussi d'enlever le < list.txt dans la citation suivante :

while read var1 var2; do
while read filename; do
function1
done < list.txt
done < variables.txt

Mais ça n'a pas marché non plus.

Je ne comprends pas pourquoi il y a des répétitions non voulues...

Merci beaucoup pour votre aide à tous.

Bonne soirée,

Charles

[N_BaH]

Bonjour,

comme l'a suggéré disedorgue, les boucles for relisent toutes le même fichier que la boucle while;
alors que la fonction devrait prendre en argument le fichier lu dans le fichier, et l'utiliser dans les commandes.
les boucles for sont inutiles.
la fonction aussi d'ailleurs.

revois ton algorithme (utilise un arbre de décision), c'est confus.

[Sve@r]

Mais oui je pensais aussi, du coup j'ai essayé d'enlever les boucles for...mais ça n'a pas marché,
Ensuite j'ai essayé aussi d'enlever le < list.txt...mais ça n'a pas marché non plus.

En prog (shell ou autre), on n'essaye pas des trucs au petit bonheur. On réfléchit à la façon dont les données sont organisées et la façon de les utiliser pour obtenir le résultat attendu.
T'as vérifié que dans cette boucle

Code shell :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
while read var1 var2; do
 ...
done < variables.txt

var1 et var2 avaient la bonne valeur ???

[charleslaidi]

En prog (shell ou autre), on n'essaye pas des trucs au petit bonheur. On réfléchit à la façon dont les données sont organisées et la façon de les utiliser pour obtenir le résultat attendu.
T'as vérifié que dans cette boucle

Code shell :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
while read var1 var2; do
 ...
done < variables.txt

var1 et var2 avaient la bonne valeur ???

Bonjour,

Je suis d'accord avec toi je vais essayer de plus structurer.

Les valeurs de var 1 et var 2 sont les bonnes ; j'ai vérifié, et en fait le script marche mais j'ai des messages d'erreur et la boucle tourne en rond. Mais le résultat pour moi est le bon.

Merci pour ton aide,

[Flodelarab]

Bonjour

Est-ce qu'on peut espérer avoir un résumé des entrées, des sorties attendues, du fonctionnement des commandes externes, afin de proposer une solution saine plutôt que de patauger dans ce script mal-écrit qui ne tient même pas compte de nos remarques (le "cat fichier" pour alimenter un for n'est pas bon si tes lignes ont des espaces; le "read var1 var2" met dans var2 tout le reste de la ligne, donc s'il y a un commentaire ou var3, ton script ne marchera pas) ?