Discussion :

[lili-33]

Bonjour tout le monde !

Cela fait plusieurs semaines que je suis sur ce projet et je demande de l'aide car je fais du sur place !!
Mon projet est de créer, avec Python, une séquence d'ADN (ATCG) aléatoire en supprimant les doublons ex : ACTGACTG - ACAC ...
Je ne sais pas par ou commencer ... Si une âme charitable pourrais m'aider =) En vous remerciant d'avance !!

Lili.

[wiips]

Je ne sais pas si j'ai bien compris ce que tu cherchais ...

Et puis je pense que tu peux avoir des solutions moins degueux
Par ailleurs je pars aussi du principe qu'un brin d'adn de longueur impair n'a pas de doublon

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
 
import random
 
length = 10
adn = ""
i = 0
 
random.seed()
 
while 1 :
    while i < length :
        adn += random.choice('ATGC')
        i += 1
    i = 0
 
    if length % 2 != 0 or adn[0:int(length / 2)] != adn[int(length / 2):length]:
        break
 
print (adn)

[yahiko]

Il serait nécessaire de préciser la notion de "doublon".
1. Peuvent-ils non consécutifs ? Par exemple ACTGACTT
2. Supprimer les doublons signifie-t-il supprimer toutes les occurrences apparaissant plusieurs fois ou en conserver une seule ?
3. Quelle est la longueur minimale d'un motif ? Par exemple est ce que AA est considéré comme un doublon de la lettre A ?
4. La suppression des doublons doit elle être réalisée de gauche à droite ou de droite à gauche ?

[lili-33]

1- alors les doublons ne doivent pas être consécutifs ex : ATCGTATCGT mais ATCGTGATCGT est possible.
2 - les doublons doivent être supprimés à chaque fois qu'il apparaît lorsque la séquence s'agrandit.
3- Oui AA est considéré comme un doublon.
4 - je ne comprend pas trop cette question mais la séquence s'agrandit au fur et à mesure. Pendant qu'elle s'agrandit, si un doublon apparaît il doit être supprimé.

La longueur de la séquence doit être de 20.

[yahiko]

2. Que doit donner au final cette séquence ATCGTGATCGT : ATCGTG, GATCGT, ou bien G ?

[lili-33]

Si la séquence est ATCGTATCGT alors le deuxieme "ATCGT" doit etre supprimé et le programme doit continué la séquence tout en vérifiant si il n'y a pas de doublons.

Exemple :
-ATCGTATCGT
-ATCGT
-ATCGTACGACG
-ATCGTACG
-ATCGTACGATCTC
-ATCGTACGATCAG

Ainsi de suite ...