Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

Ceci n'est pas un message au sujet de perl, mais au sujet du programme BioEdit.


J'ai 2 questions :

1) quel programme équivalent utilisez-vous sur linux? Je recherche un software gratuit, permettant de visualiser des alignements de séquences et de traduire des séquences.

2) avez-vous déjà utilisé BioEdit sur windows 7? Je pense qu'il ne doit pas être prévu pour une version de windows ultérieure à XP, mais j'aimerais une confirmation.


Merci,

[stoyak]

Bonjour Jasmine,

Pour les outils classiques de bioinfo, je te conseille EMBOSS. Il est disponible sur la plupart des OS, notamment :

SGI IRIX, Linux, SUN Solaris, Tru64 Unix, Irix, AIX(5.x), IBM Power Series (AIX 5L, Linux SLES8[gcc]), Red Hat, SuSe, Debian, HPUX11/IA64, HP Integrity Series, MacOSX, Mandrake, NetBSD, Slackware, Solaris, Tru64 Unix

2) avez-vous déjà utilisé BioEdit sur windows 7? Je pense qu'il ne doit pas être prévu pour une version de windows ultérieure à XP, mais j'aimerais une confirmation.
Merci,

Il n'est pas prévu pour une version supérieure à XP car il n'est plus maintenu !

Note: BioEdit is no longer being maintained, and the documentation is out of date and no longer maintained.

[Jasmine80]

Merci, j'y regarde.

Dans la liste des groupes d'applications ... j'aurais aimé pouvoir faire des contigs ... apparemment emboss ne le permet pas.

Q) I would like to know if EMBOSS can perform nucleotide contig assembly similar to the function that GCG gelproject/gelview has. And if yes, is there any size restriction on the number of basepair and the number of contigs? thank you.
A) EMBOSS does not cover the sort of contig assembly you describe. We have provided an EMBOSS wrapper for the MIRA package.

Dans mes recherches, j'étais tombée sur staden , permettant de faire des contigs, sur ProSeq 3.0 et CLC Sequence Viewer pour les alignements de séquences et les arbres. Je vais continuer mes recherches et voir quels programmes me conviennent le mieux.

[Jasmine80]

Bonjour stoyak,


Je voudrais connaitre les arguments faisant que tu me conseilles EMBOSS.

Quel GUI utiliser afin de visualiser mes alignements?


Merci.

[Beniou]

Bonjour bonjour,

En ce qui concerne la visualisation des contigs, j'ai essayé staden mais je me suis tourné ensuite vers IGV. (Je ne sais plus pourquoi par contre )
Il me semble qu'il faut s'inscrire pour le télécharger mais c'est gratuit.

Sinon pour tout ce qui tourne autour des NGS (assemblage etc.) tu peux regarder sur le wiki de seqanswers qui est complet et permet de rechercher par thème les softs existants (partie browse ou alors recherche directe). De plus, le site a un forum intéressant aussi.

Voilà

[Jasmine80]

Merci pour tes conseils Beniou ... j'ai lu au sujet de Staden

Rodger Staden's group was working with us on integrating EMBOSS more closely with the Staden package. Unfortunately, funding for Staden was terminated.

... autant utiliser autre chose.



Apparemment c'est souvent Jemboss qui est utilisé, je vais y regarder de plus près ainsi que IGV. Mais pour commencer, je dois m'habituer à linux et à Emboss et débuter par les bases. A première vue cela m'apportera plein de choses.

[mathgon]

Bonjour Jasmine,

Pour la visualisation des contigs, tu peux également utiliser le soft Tablet et pour les alignements GUI il y a Seaview ou CLustalX qui est dans les paquets synaptic