Bonjour,

je suis confronté a un probleme auquel je ne trouve pas de solution dans les man respectifs. J'ai une arborescence de fichiers dans laquelle certains sous-dossiers contiennent des fichiers de type *.fastq. (de 1 à 5 en general)
Pour chaque fichier fastq j'ai un ou plusieurs fichiers .map du meme nom, donc par exemple :

Racine
|
+ A
| | monfic1.fastq
| | monfic1.fastq.0.map
| | monfic1.fastq.1.map
| | monfic1.fastq.2.map
| | monfic2.fastq
| | monfic2.fastq.0.map
| | monfic2.fastq.1.map
|
+ B
| | monfic1.fastq
| | monfic1.fastq.0.map
| | monfic2.fastq
| | monfic2.fastq.0.map
| | monfic2.fastq.1.map
| | monfic2.fastq.2.map
| | monfic2.fastq.3.map
|
etc etc...


Bref pour simplifier la suite de mon analyse j'aimerais concatener tous les fichiers map correspondant a chaque fichier fastq et les garder dans le meme sous dossier.

Donc par exemple pour le sous-dossier A me retrouver avec deux fichiers supplementaires :
monfic1.fastq.CONCATENATED_MAP.map
et
monfic2.fastq.CONCATENATED_MAP.map

J'ai fait un premier test pour verifier la concatenation (sans prendre en compte qu'il peut y avoir plusieurs fastq dans le meme sous dossier) :

find Racine/ -name *.fastq.*.map - execdir cat '{}' > TEST +

=> resultat le fichier TEST est créé dans Racine... premier echec, je n'arrive pas a rediriger le resultat du cat dans le sous-dossier, je pensais que si la redirection etait avant le "+" toute la commande etait consodérée comme executée dans le sous dossier..

Deuxieme test pour vérifier si je peux passer au cat tous les fichiers map correspondant à un seul fichier fastq du sous dossier :

find Racine/ -name *.fastq - execdir cat '{}'*.map > TEST \;

bon la c'est stupide j'avoue mais j'ai au moins appris que c'est le bash au moment de lancer la commande qui remplace les etoiles par le nom des fichiers... mais comment faire alors ? Peut on imbriquer plusieurs find ? Peut on appeler la fonction de completion des noms de fichiers ?

Voila j'ai fait de nombreux tests, beaucoup stupides, et je n'arrive pas a mes fins, si vous avez des indices des pistes ou meme une solution je vous en serait super reconnaissant... L'arboresence est gigantesque et les fichiers imposants

Merci @ bientot !