En fait quand tu installes un paquet dans ton système, il est répertorié. Quand tu exécutes la commande te permettant de mettre à jour le système, Debian (ou autre) recherche les mises à jour pour les programmes, qu'ils soient natifs au système ou non. Cela est pratique car ça évite d'avoir des pop-up qui te signalent que ton soft est périmé au lancement, par exemple.
Personnellement, je trouve sur ce point que Windows est en retard là-dessus (même si y'a eu des progrès depuis XP). OSX comble son retard avec l'AppStore, qui te permet de mettre à jour toutes les applications obtenues par ce biais, ce qui est pratique et qui permet de gagner du temps également
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