Perl et la bioinformatique

**Woufeil** · 16/02/2006, 19h49

Je me posais une question toute bête : pourquoi Perl est il autant lié à la bioinformatique ? Sur tous les forums Perl que je fréquente la plupart de ceux qui s'y connaissent vraiment en Perl font de la bioinformatique. C'est pourtant pas un métier courrant si ?

Alors, qu'est ce que vous faite avec Perl ? Du parsing de fichiers ?
Et si je peux me permettre de dériver un peu, j'aimerais que vous me décriviez la bioinformatique, je vois pas trop ce que c'est...

**2Eurocents** · 16/02/2006, 21h56

Envoyé par Woufeil

Je me posais une question toute bête : pourquoi Perl est il autant lié à la bioinformatique ?

Euh ... réponse toute bête ... parce que c'est un langage souple, relativement facile de prise en main (moyennant un petit effort, tout de même), interprêté (et dont on peut donc facilement modifier les programmes), portable sans difficulté de plate-forme à plate-forme ...

Enfin, je dis ça ... je ne suis pas bio-informaticien

. Il y en a, par contre, sur ce forum (notamment GLDavid et djibril, au moins

)

Par contre, je sais que la bio-informatique utilise beaucoup Perl, mais aussi Python, et parfois java, autres langages qui présentent certains des intérêts de Perl tout en ayant leurs propres avantages et domaines de prédilection.

Maintenant, en bio-info, pour une analyse de protéïnes par exemple, je crois que la recherche de séquences d'acides-aminés est assez proche, dans l'esprit, de la recherche de correspondances d'expressions rationnelles, domaine où Perl excelle !

Voila ce que je crois en savoir.

**GLDavid** · 22/02/2006, 10h04

Hello

Woufeil, seraistu intéressé par la bioinfo ?
Alors, en effet, comme dit 2Eurocents, je suis bionformaticien. Que signifie ce terme de barbare ? Et bien, cela consiste, en terme très simple, à programmer pour des biologistes. La biologie, principalement moléculaire, connait un renouveau avec les séquençages de génomes (surtout celui de l'humain en 2000). Mais d'autres espèces ont aussi été séquencées. Maintenant nous sommes dans l'ère post-génomique. Qu'est ce qu'un génome en terme informatique ? Un gros fichier avec 4 lettres comme alphabet : A, C, G et T. En post-génomique, des technologies comme les micro-arrays (ou puce à ADN) visent à identifier quelles sont les gènes qui s'activent (les bio disent s'expriment) en fonction de telle condition. Mon secteur est celui de la protéomique a savoir identifier toutes les protéines d'un organisme à un moment et en fonction de telle condition.
Alors, bien sûr, ces nouvelles techniques génèrent une pléthore de fichiers. De même, il est nécessaire de disposer de bases et de banques de données pour stocker et synthétiser ces informations.
D'où le choix du langage Perl. Perl est robuste pour sa capacité de regexps, ce qu iest bien pratique pour extraire une information et la mettre dans un processus. De même, de par les modules CPAN, on dispose d'un vaste ensemble d'outils pour interroger des bases de données ou faire des scripts CGI pour pemettre au checheur comme au biotechnologiste de faire une requête assez simplement.
Perl est donc un des choix du bioinformaticien pour coder simplement rapidement un projet. Néanmoins, des langages tel Java sont aussi intéressants pour dévelopepr une application complète pour poste de travail. Perl est plus usité dans le cadre des CGI et du parsing de fichiers.

@++

**djibril** · 22/02/2006, 14h33

voici une section du site d'une artiste présentant la bioinformatique (Dans la section bioinfo).
Bonne Lecture,

**Woufeil** · 22/02/2006, 19h22

Ok, merci pour la description.
Je connais (disons un peu) la biologie, notemment la synthèse de protéines (ADN polymérase, ARN messager, Ribosome, acides aminés, protéines !).
Je connais aussi l'informatique (disons un peu plus

) mais j'avais du mal à faire le lien entre les eux.

Merci pour la description ! Et comme un bon membre, je vais mettre le tag résolu

**stoyak** · 23/02/2006, 10h54

un bouquin pour en savoir plus:
Introduction à Perl pour la bioinformatique (Ed. O'Reilly).
Voir aussi les cours et tutoriels pour apprendre Perl : http://perl.developpez.com/cours/

**Tygrou** · 02/02/2007, 10h55

J'ajouterais aussi que le Perl est autant utilisé en BioInformatique car le moteur de recherche d'expression regulière de Perl est vraiment adapté aux manipulations courante que l'on a à faire en bioinformatique.

Ce forum est vraiment une bonne idée ^^ je vais en faire la pub auprès de la communauté