Discussion :

[Bioinfoe]

bonjour

voici mon code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Time::localtime;
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
 
BEGIN { $ENV{CLUSTALDIR} = 'C:/clustalw/' }
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
 
 #  Build a clustalw alignment factory
  my $out_file = "ClustalW_Out";
  my @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM',  'outfile' => $out_file,);
 
  #my @params = ('ktuple' => 2, 'type' => 'dna', 'outfile' => "CLustalW_Out");
  my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
 
  #  Pass the factory a list of sequences to be aligned.        
  my $inputfilename = "Fichier";
  my $aln = $factory->align($inputfilename); # $aln is a SimpleAlign object.

Mon fichier $inputfilename est un fichier de séquences Fasta

J'obtiens ce message

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
'align' n'est pas reconnu en tant que commande interne
ou externe, un programme ex‚cutable ou un fichier de commandes.
 
-------------------- WARNING ---------------------
MSG: Clustalw call ( align  -infile=Fichier -output=gcg   -ktuple=2 -matrix=BLOSUM -outfile=ClustalW_Out) crashed: 256 
 
---------------------------------------------------

Pourtant mon code est quasiment le même que celui de la doc. Quelqu'un aurai une idée?

Merci

[Jasmine80]

J'ai eu le même problème que toi, je n'ai jamais réussi à directement passer un fichier de séquences à ClustalW. Je contourne le problème en passant un array de séquences.

Voici une partie de mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
	# Bio::Perl : reads an array of sequences
	my @seq_array = read_all_sequences($file,'fasta');
 
        # and pass the factory a reference to that array
        my $seq_array_ref = \@seq_array;
        my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
        $factory->executable("C:/ClustalW2/clustalw2.exe");
        my $aln = $factory->align($seq_array_ref);

[angioedema]

j'ai eu exactement le même problème avec le même message d'erreur.

Seulement avec les modifications données en solution soit notament cette ligne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

my @seq_array = read_all_sequences($file,'fasta');

j'obtient une nouvelle erreur

undefined subroutine $main::read_all_sequences all alignement.pl ligne 38

alignement.pl est le nom de mon programme et la ligne 38 correspond a la ligne réécrite ci dessus.

Avez-vous déjà cette erreur? si oui comment la résoudre?

[angioedema]

je m'excuse j'ai réussi à la résoudre je n'avais pas vérifié mes appels avec use du coup cela ne risquait pas de marcher ^^'

merci tout de même