bonjour

voici mon code
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
use Time::localtime;
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
 
BEGIN { $ENV{CLUSTALDIR} = 'C:/clustalw/' }
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;
 
 #  Build a clustalw alignment factory
  my $out_file = "ClustalW_Out";
  my @params = ('ktuple' => 2, 'matrix' => 'BLOSUM',  'outfile' => $out_file,);
 
  #my @params = ('ktuple' => 2, 'type' => 'dna', 'outfile' => "CLustalW_Out");
  my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(@params);
 
  #  Pass the factory a list of sequences to be aligned.        
  my $inputfilename = "Fichier";
  my $aln = $factory->align($inputfilename); # $aln is a SimpleAlign object.
Mon fichier $inputfilename est un fichier de séquences Fasta

J'obtiens ce message
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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'align' n'est pas reconnu en tant que commande interne
ou externe, un programme ex‚cutable ou un fichier de commandes.
 
-------------------- WARNING ---------------------
MSG: Clustalw call ( align  -infile=Fichier -output=gcg   -ktuple=2 -matrix=BLOSUM -outfile=ClustalW_Out) crashed: 256 
 
---------------------------------------------------
Pourtant mon code est quasiment le même que celui de la doc. Quelqu'un aurai une idée?

Merci