VTK-ITK image 2D (vue coronal ou sagittale) à partir de 55 images 2D (vue axiale)

**scalande** · 30/09/2008, 14h13

Bonjour,

J'ai un problème particulier et je voudrais savoir si VTK ou ITK pourrait le résoudre.

Je dispose de 55 images de coupes du corps humain dans le sens "transversal" => voir http://upload.wikimedia.org/wikipedi...e_anatomie.jpg

Ces images sont en fait la décomposition (en 55) du VOLUME du corps humain.

Je souhaiterais en fait récupérer une partie des pixels de chacune des 55 images pour pouvoir générer une image d'une certaine coupe, mais cette fois dans le sens "frontal" ou "sagittal".

Donc il s'agit vraiment d'aller chercher les pixels aux bons endroits dans le volume (représenté par les 55 images) et de les arranger pour former une image d'un autre point de vue -> frontal, sagittal

J'imagine que ce n'est pas très simple...
VTK peut-il aider à faire qqch du genre ?
Ou ITK ?

Un grand merci !

**TanEk** · 30/09/2008, 18h17

Je ne suis pas un expert en manipulation de données volumiques avec VTK mais il me semble qu'il permet de stocker un volume de données composé de plusieurs images au moyen de vtkRectilinearGrid :

http://www.vtk.org/doc/nightly/html/...inearGrid.html

Pour construire un volume avec des images :

http://www.vtk.org/doc/nightly/html/...umeReader.html

Ensuite on peut en faire un affichage suivant des iso-surfaces, etc. Si tu as ton volume de donné au format DICOM tu pourras de suite travailler dessus :

http://www.vtk.org/doc/nightly/html/...ageReader.html

Après je ne connais pas d'algorithme faisant exactement ce que tu veux mais il est facile d'extraire un plan d'un volume de données. Imaginons que le volume soit dans un repère (i,j,k) avec i l'axe dans la coupe frontale, il te suffit de le fixer et de reconstruire une image en faisant varier j et k.

Pour construire une image à partir d'un tableau tu as des image writer dans VTK :

http://www.vtk.org/doc/nightly/html/...ageWriter.html

**scalande** · 30/09/2008, 18h46

Merci beaucoup, je vais plancher sur ces solutions.

Mes images seront effectivement dans le format DICOM.
Mais concernant ce sujet, mon maître de stage (je suis en fait étudiant en MASTER-2 Informatique et je fais un stage dans un hôpital sur le PET-CT) m'a dit que j'aurais 55 images représentant chacune une "tranche" du corps humain (région des poumons) dans le format DICOM.

Et donc, j'en ai conclu qu'un fichier DICOM contient une image 2D, et non un volume 3D. Mais dans ton message tu sembles parler d'un "Volume de donné au format DICOM". As-tu plus de choses à me dire sur ce sujet ?

**TanEk** · 30/09/2008, 20h04

Non le DICOM c'est constitué de plusieurs images 2D qui constituent une image 3D comme une succession de lignes qui sont 1D forment une image 2D.

**shenron666** · 01/10/2008, 10h01

de toute façon, de la même façon que la 2D est dérivée de la 1D (comme l'explique TankEd)
la 3D est dérivée de la 2D
pour créer un volume 3D on empile simplement des surfaces 2D

si le matériel à ta disposition te le permet, tu pourrais utiliser les textures 3D

**scalande** · 01/10/2008, 11h01

Je confirme que j'aurai à ma disposition 55 images et fichiers DICOM bien distincts. Pour certains appareils médicaux on utilise des fichiers DICOM 3D (ex: angiographie) mais pour les images provenant du PET-CT, c'est dans des fichiers différents en 2D

**vdaanen** · 09/10/2008, 11h01

bonjour,

j'arrive peut etre un peu tard ...

Pour lire tes 55 images 2D, tu peux utiliser vtkImageReader a partir du moment ou tu le parametres bien, notamment le "filePattern".

Pour extraire des coupes coronales et/ou sagitalles, tu peux utiliser vtkImageReslice (de mémoire) si t uveux ensuite les sauvegarder. Si c'est juste pour de la visu, l'utilisation de texture 3D sera + rapide mais il faut verifier que ta carte supporte les textures 3D (a priori, de nos jours, il n'y a pas de souci). Tu devras peut etre en revanche, reechantillonner ton volume ( = ta pile d'images 2D) pour que la carte graphique puisse l'accepter en tant que texture 3D.

V

**yumi130** · 19/05/2009, 21h11

bonjour à tous!!

Je suis un peu perdu avec VTK. Je dois l'utiliser pour visualiser des fichiers DICOM..J'ai réussi à les visualiser en 2D mais maintenant il faut que je m'attaque à la visu de ces fichiers en 3D. Je ne sais pas trop comment m'y prendre : Est ce que quelqu'un sait comment s'y prendre??

Merci d'avance.
Bonne soirée.

**vdaanen** · 20/05/2009, 16h12

Je suis un peu perdu avec VTK. Je dois l'utiliser pour visualiser des fichiers DICOM..J'ai réussi à les visualiser en 2D mais maintenant il faut que je m'attaque à la visu de ces fichiers en 3D.

Bonjour

que veux-tu dire par "visualiser en 3D" ?
soit tu regardes tes images plan par plan (ce que sait faire il me semble), soit tu veux faire de la visu style Volume Rendering ou autre ...

Peux-tu expliquer un peu + stp.

V

**yumi130** · 20/05/2009, 20h04

Merci d'avoir répondu aussi rapidement.
En fait ce que j'aimerais faire c'est plus une visualisation style volume rendering. C'est génial si tu peux m'aider.