Discussion :

[arginine]

Bonjour

j'ai un fichier texte du type "tab delimited" (i.e. le delimiteur est donc une tabulation)

toto.txt
string1 blablabla
string2 blobloblo

j'ai besoin de stocker string1 et string dans des variables pour pouvoir les reutiliser apres. String1 et string2 n'ont pas la meme taille et blabla et bloblo n'ont jamais d'espace.

j'ai vainement cherché une solution avec cut ou grep mais je n'y suis pas arrivé (je connais bien php mais pas trop les commandes shell).

un coup de main serait sympa

F

[gangsoleil]

Bonjour,

awk est fait pour ca. Tu pourras acceder a tes contenus avec $1 et $2.

Donne un exemple de ce que tu veux faire si tu veux un exemple awk

[arginine]

hum, merci, je vais regarder ce que c ce awk.

ce que je veux faire c'est strocker dans une variable string1 et string2 (qui seront différent a chaque fois évidemment). C'est pour faire marcher un pipeline de traitement de sequences d'ADN.

avec cut j'arrive bien a extraire string1 et string2 mais il me les met "emsemble" :
Y=`cut toto.txt -f1`
echo $Y

----> ca donne string1 string2

et je souhaiterai avoir :
X = string1
Y = string2

[gangsoleil]

La methode lente et crade :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
Y=$(awk '{ print $1 }' )
Z=$(awk '{ print $2 }' )

La methode "propre" est de passer les variables de ton script a awk, ce qui te permettra de tout faire en seul appel a awk. Mais je ne me souviens plus comment on passe des variables a awk la tout de suite, donc il faut chercher ca.

[arginine]

raaa, mache pas, pas de awk installé.
Ah ca m'enerve, ca doit opas etre si dur que ca a faire.

[N_BaH]

awk pas installé ? sur linux ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grep -Po '[^\t]*\t' fichier

[ggnore]

string1 blablabla
string2 blobloblo

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
#!/bin/bash
 
#set -x
 
input="./toto.txt"
 
pattern1="blablabla"
pattern2="blobloblo"
 
retour1=$(grep $pattern1 $input| cut -f1 -d$'\t')
 
echo "res1>$retour1"
 
retour2=$(grep $pattern2 $input| cut -f1 -d$'\t')
 
echo "res2>$retour2"

On peut aussi écrire la tabulation en faisant : ctrl+v, tabulation

[Flodelarab]

Bonjour,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
$ cat toto.txt
string1 blablabla
string2 blobloblo

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
$ source <(awk '{print "var"NR"="$1;}' toto.txt); echo $var1;echo $var2
string1
string2
$ echo $var2
string2

Les variables bash obtenues s'appellent "var" suivi du numéro de ligne qui les a définies.

[arginine]

merci pour toutes vos reponses
je suis arrivé a trouver une soluce qui marche :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
9
primer_file="primers.txt"
 
row1=`head -1 $primer_file`
p1=`echo $row1|cut -f 1 -d' '`
echo $p1
 
row2=`tail -1 $primer_file`
p2=`echo $row2|cut -f 1 -d' '`
echo $p2

[N_BaH]

à moins de savoir précisément pourquoi tu ne le fais pas, les variables doivent toujours être mises entre guillemets !

[disedorgue]

hum, merci, je vais regarder ce que c ce awk.

ce que je veux faire c'est strocker dans une variable string1 et string2 (qui seront différent a chaque fois évidemment). C'est pour faire marcher un pipeline de traitement de sequences d'ADN.

avec cut j'arrive bien a extraire string1 et string2 mais il me les met "emsemble" :
Y=`cut toto.txt -f1`
echo $Y

----> ca donne string1 string2

et je souhaiterai avoir :
X = string1
Y = string2

Bonjour,
Pas loin de la solution, mais à ce que je comprend, ton fichier possède plus que 2 lignes et tu veux lire 2 ligne à la fois à chaque itération, voici donc un exemple:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
$ cat tab_de1.txt
string1 blablabla
string2 blobloblo
string3 blablabla
string4 blobloblo
string5 blablabla
string6 blobloblo

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
$ cat tab_de.bash
#!/bin/bash
while read X
do 
  read Y
  echo "X=$X"
  echo "Y=$Y"
done < <(cut -f1 tab_de1.txt )

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
$ ./tab_de.bash
X=string1
Y=string2
X=string3
Y=string4
X=string5
Y=string6