Christophe Barbier avait par ailleurs sévèrement critiqué l'anonymat de l'organisation en déclarant : « On n'aime pas bien les lettres anonymes, il faut avoir le courage d'apparaître au grand jour et de ne pas faire les coups en douce. » Il a aussi été mis en avant que le groupe se bat pour la liberté d'expression et l'anonymat sur internet, mais utilise souvent des moyens d'actions allant à l'encontre de cette idée (comme l'attaque par déni de service ou le défacement).
En janvier 2012, après le piratage de son site, L'Express réagit en condamnant comme « idiot et contre-productif » et « indéfendable » le fait de « se battre contre les atteintes à [la liberté d'informer] dans le monde virtuel et la battre en brèche dans le vrai ». Le responsable éditorial de lexpress.fr, Éric Mettout, écrit : « les anonymous, dans leur majorité, ont condamné, entre eux, cette action imbécile. J'aimerais, pas pour le site dont j'ai la charge mais pour le principe et la morale, qu'ils disent fort et clair que, non, on ne fait pas ce genre de chose quand on se bat pour la démocratie. Qu'elle soit virtuelle ou réelle ». Cette attaque fait suite aux commentaires de Christophe Barbier, directeur de la publication de L'Express, citant « On est blindés, pas de soucis, on les attend ».
Le même mois, une controverse apparaît suite à certaines réactions des Anonymous à la fermeture de Megaupload telle que l'usage de tweets contenant des liens menant à une attaque par déni de service à laquelle l'internaute risquerait de participer à son insu.
Les Anonymous ont notamment lancé une opération (#OpAmanda) pour retrouver le harceleur à l'origine du suicide d'Amanda Todd. Les Anonymous l'ont trouvé après multiples recherches, et ont publié sur le site YouTube son nom et son adresse. Dès lors, le prétendu harceleur a été placé sous protection judiciaire. Le site web Numerama est l'un des nombreux médias qui pose la question « est-il acceptable que des internautes, aussi compétents en informatique soient-ils, se substituent à la police et à la justice ?
Pour l'essayiste Cédric Biagini, les Anonymous ont une « conception simpliste et infantile du monde » et « incarnent ce nouveau militantisme détaché de tout véritable engagement » (2012)
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