Bonjour,


Voici le format de l'objet
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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                 '_annotation' => bless( {
                                           '_typemap' => bless( {
                                                                  '_type' => {
                                                                               'keyword' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                               'comment' => 'Bio::Annotation::Comment',
                                                                               'reference' => 'Bio::Annotation::Reference',
                                                                               'date_changed' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                               'dblink' => 'Bio::Annotation::DBLink'
                                                                             }
                                                                }, 'Bio::Annotation::TypeManager' ),
                                           '_annotation' => {
                                                              'keyword' => [
                                                                             bless( {
                                                                                      'value' => '',
                                                                                      '_root_verbose' => 0,
                                                                                      'tagname' => 'keyword'
                                                                                    }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                           ],
                                                              'reference' => [
                                                                               bless( {
                                                                                        'authors' => 'Beutin,L. and Burgos,Y.',
                                                                                        'location' => 'Unpublished',
                                                                                        'title' => 'Characterization of plasmid encoded alpha-haemolysin determinants',
                                                                                        '_root_verbose' => 0,
                                                                                        'tagname' => 'reference'
                                                                                      }, 'Bio::Annotation::Reference' ),
J'aimerais récupérer le titre, les auteurs ainsi que la location. Il faut utiliser les méthodes du module Bio::Annotation::Reference. Le problème est que je ne sais pas comment accéder à cet objet contenant ces données.

Voici mon script
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
 
use Bio::DB::GenBank;
use Data::Dumper;
 
no warnings qw/redefine/;
 
 
my @request = qw (FM210349);
 
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
foreach my $acc (@request){
 
	# Recherche dans Genbank
	#--------------------------
	my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);
 
	# print Dumper $info;
 
	my $seq = $info->seq();
 
	my $acc = $info->accession();
 
	my $gi = $info->primary_id;
 
	my $def = $info->description;
	$def =~ s/([\\'])/\\$1/g;  # pour insertion en DB
 
	my $seq_length = length($seq);
 
	my ($title, $authors, $location);
 
 
 
 
 
	print "acc : $acc\ngi : $gi\nLongueur de la séquence $seq_length nucléotides\ndescription : $def\ntitle : $title\n\n\n";
 
}

Avez-vous une idée de la façon de récupérer ces 3 valeurs?


Merci,