OO récupération d'informations sur GenBank

Version imprimable

Bonjour,

Voici le format de l'objet

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                 '_annotation' => bless( {
                                           '_typemap' => bless( {
                                                                  '_type' => {
                                                                               'keyword' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                               'comment' => 'Bio::Annotation::Comment',
                                                                               'reference' => 'Bio::Annotation::Reference',
                                                                               'date_changed' => 'Bio::Annotation::SimpleValue',
                                                                               'dblink' => 'Bio::Annotation::DBLink'
                                                                             }
                                                                }, 'Bio::Annotation::TypeManager' ),
                                           '_annotation' => {
                                                              'keyword' => [
                                                                             bless( {
                                                                                      'value' => '',
                                                                                      '_root_verbose' => 0,
                                                                                      'tagname' => 'keyword'
                                                                                    }, 'Bio::Annotation::SimpleValue' )
                                                                           ],
                                                              'reference' => [
                                                                               bless( {
                                                                                        'authors' => 'Beutin,L. and Burgos,Y.',
                                                                                        'location' => 'Unpublished',
                                                                                        'title' => 'Characterization of plasmid encoded alpha-haemolysin determinants',
                                                                                        '_root_verbose' => 0,
                                                                                        'tagname' => 'reference'
                                                                                      }, 'Bio::Annotation::Reference' ),

J'aimerais récupérer le titre, les auteurs ainsi que la location. Il faut utiliser les méthodes du module Bio::Annotation::Reference. Le problème est que je ne sais pas comment accéder à cet objet contenant ces données.

Voici mon script

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#!/usr/local/bin/perl
 
use strict;
 
use Bio::DB::GenBank;
use Data::Dumper;
 
no warnings qw/redefine/;
 
 
my @request = qw (FM210349);
 
 
my $gb = new Bio::DB::GenBank;
 
foreach my $acc (@request){
 
	# Recherche dans Genbank
	#--------------------------
	my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);
 
	# print Dumper $info;
 
	my $seq = $info->seq();
 
	my $acc = $info->accession();
 
	my $gi = $info->primary_id;
 
	my $def = $info->description;
	$def =~ s/([\\'])/\\$1/g;  # pour insertion en DB
 
	my $seq_length = length($seq);
 
	my ($title, $authors, $location);
 
 
 
 
 
	print "acc : $acc\ngi : $gi\nLongueur de la séquence $seq_length nucléotides\ndescription : $def\ntitle : $title\n\n\n";
 
}

Avez-vous une idée de la façon de récupérer ces 3 valeurs?

Merci,

02/06/2010, 19h51
angioedema

je vois que le sujet date et qu'il n'y a pas eu de réponse. J'ai exactement le même problème il me faut récupéré tout ce qui est auteur titre et remarque pour chaque fiche mais je n'y arrive pas :( As tu trouvé la solution entre temps?

Module Bio::Annotation::Collection - Default Perl implementation of AnnotationCollectionI

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		my $info = $gb->get_Seq_by_acc($acc);
 
		my $def = $info->description;
		my $gi = $info->primary_id;
		my $an = $info->annotation();
 
		print $fh_publi "acc : $acc\ngi : $gi\ndescription : $def\n";
 
		foreach my $key ( $an->get_all_annotation_keys() ) {
 
			my @values = $an->get_Annotations($key);
 
			foreach my $value ( @values ) {
 
				# access into this object
				my $hash = $value->hash_tree();
 
				if (defined $hash->{title}){
					print $fh_publi "title : ".$hash->{title}."\n";
				}
				if (defined $hash->{authors}){
					print $fh_publi "authors : ".$hash->{authors}."\n";
				}
				if (defined $hash->{location}){
					print $fh_publi "location : ".$hash->{location}."\n";
				}
				if (defined $hash->{pubmed}){
					print $fh_publi "pubmed : ".$hash->{pubmed}."\n";
				}
				if (defined $hash->{value}){
					if ($hash->{value} =~ m/\w+/){
						print $fh_publi "date : ".$hash->{value}."\n\n\n";
					}
				}			
			}
			print $fh_publi "\n";
		}

03/06/2010, 11h20
angioedema

merci beaucoup ^^