Discussion :

[Jasmine80]

Avec le module GD::Graph::lines y a-t-il moyen de faire apparaitre les coordonnées de chaque point sur le graphique?

Merci,

[djibril]

Si tu souhaites afficher des lignes et des points, il faut utiliser GD::Graph::mixed.
Tu pourras ainsi afficher tes points et les lignes en même temps.

[djibril]

Voici un exemple de code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
 
use GD::Graph::mixed;
 
my @data = ( 
    [ qw( Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec) ],
    [ reverse(4, 3, 5, 6, 3,  1.5, -1, -3, -4, -6, -7, -8)],
    [        (4, 3, 5, 6, 3,  1.5, -1, -3, -4, -6, -7, -8)],
    [        (2, 2, 2, 5, 5,  4.5,1.5,  2,  3,  5,  4,  3)],
);
 
 
my $my_graph = new GD::Graph::mixed( 500, 500 );
 
$my_graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2, 
	types             => [ qw( points lines points ) ],
);
 
$my_graph->set_legend( qw( one two three four ) );
$my_graph->plot(\@data);
 
        open(OUT, ">point.png") or die $!;
        binmode OUT;
        print OUT $my_graph->gd->png;
        close OUT;

[Jasmine80]

Ok, merci.

J'ai simplement modifié GD::Graph::lines en GD::Graph::mixed et j'obtiens le même graphique sauf que pour GD::Graph::lines les valeurs des axes étaient ajustées automatiquement (on ne commençait pas l'échelle à 0 si la plus petite valeur était 10). Comment faire avec GD::Graph::mixed pour obtenir le même effet?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $graph = GD::Graph::mixed->new(650, 300);
$graph->set( types => [qw(linespoints)] );
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;

J'ai bien une ligne et les points mais quelles seraient les différences avec :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$graph->set( types => [qw(lines points)] );

[djibril]

Il faut que tu mes donnes un code à tester avec des vrais valeurs.

[Jasmine80]

Il faut que tu mes donnes un code à tester avec des vrais valeurs.

Merci beaucoup, voici le début du code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_mixed.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::mixed;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph,
);
 
 
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
 
 
my $graph = GD::Graph::mixed->new(650, 300);
$graph->set( types => [qw(linespoints)] );
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
$graph -> set(dclrs => ["lred"]);
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
if ($intercept >= 0){
	print "Y = $slope X +$intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
else {
	print "Y = $slope X $intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
 
# dessin de la droite de régression sur le graphique
 
my $x1 = 0;
my $y1 = $intercept;
my $x2 = 25;
my $y2 = $slope * 25 + $intercept;
 
 
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

Je vais essayer d'ajouter la seconde droite [$x1, $x2], [$y1, $y2] ainsi que les coordonnées en face de chaque point de @data sur le graphique.

[Jasmine80]

J'ai une question au sujet de :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @data = ( 
    [ qw( Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec) ],
    [ qw/ 2 5 2 9/], # ligne 1
    [        (2, 2, 2, 5, 5,  4.5,1.5,  2,  3,  5,  4,  3)],  # ligne 2
);

pour la première ligne on donne l'array contenant les valeurs des X ainsi qu'un array avec celles des Y mais pourquoi la seconde ligne n'a-t-elle qu'une seule liste?