[GD::Graph::lines] affichage des coordonnées

**Jasmine80** · 07/05/2010, 12h09

Avec le module GD::Graph::lines y a-t-il moyen de faire apparaitre les coordonnées de chaque point sur le graphique?

Merci,

**djibril** · 07/05/2010, 12h21

Si tu souhaites afficher des lignes et des points, il faut utiliser GD::Graph::mixed.
Tu pourras ainsi afficher tes points et les lignes en même temps.

**djibril** · 07/05/2010, 12h33

Voici un exemple de code

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/bin/perl
use warnings;
use strict;
 
use GD::Graph::mixed;
 
my @data = ( 
    [ qw( Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec) ],
    [ reverse(4, 3, 5, 6, 3,  1.5, -1, -3, -4, -6, -7, -8)],
    [        (4, 3, 5, 6, 3,  1.5, -1, -3, -4, -6, -7, -8)],
    [        (2, 2, 2, 5, 5,  4.5,1.5,  2,  3,  5,  4,  3)],
);
 
 
my $my_graph = new GD::Graph::mixed( 500, 500 );
 
$my_graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2, 
	types             => [ qw( points lines points ) ],
);
 
$my_graph->set_legend( qw( one two three four ) );
$my_graph->plot(\@data);
 
        open(OUT, ">point.png") or die $!;
        binmode OUT;
        print OUT $my_graph->gd->png;
        close OUT;

**Jasmine80** · 07/05/2010, 12h36

Ok, merci.

J'ai simplement modifié GD::Graph::lines en GD::Graph::mixed et j'obtiens le même graphique sauf que pour GD::Graph::lines les valeurs des axes étaient ajustées automatiquement (on ne commençait pas l'échelle à 0 si la plus petite valeur était 10). Comment faire avec GD::Graph::mixed pour obtenir le même effet?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $graph = GD::Graph::mixed->new(650, 300);
$graph->set( types => [qw(linespoints)] );
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;

J'ai bien une ligne et les points mais quelles seraient les différences avec :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$graph->set( types => [qw(lines points)] );

**djibril** · 07/05/2010, 12h38

Il faut que tu mes donnes un code à tester avec des vrais valeurs.

**Jasmine80** · 07/05/2010, 12h44

Envoyé par djibril

Il faut que tu mes donnes un code à tester avec des vrais valeurs.

Merci beaucoup, voici le début du code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_mixed.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::mixed;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph,
);
 
 
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
 
 
my $graph = GD::Graph::mixed->new(650, 300);
$graph->set( types => [qw(linespoints)] );
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
$graph -> set(dclrs => ["lred"]);
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
if ($intercept >= 0){
	print "Y = $slope X +$intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
else {
	print "Y = $slope X $intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
 
# dessin de la droite de régression sur le graphique
 
my $x1 = 0;
my $y1 = $intercept;
my $x2 = 25;
my $y2 = $slope * 25 + $intercept;
 
 
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

Je vais essayer d'ajouter la seconde droite [$x1, $x2], [$y1, $y2] ainsi que les coordonnées en face de chaque point de @data sur le graphique.

**Jasmine80** · 07/05/2010, 12h47

J'ai une question au sujet de :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my @data = ( 
    [ qw( Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec) ],
    [ qw/ 2 5 2 9/], # ligne 1
    [        (2, 2, 2, 5, 5,  4.5,1.5,  2,  3,  5,  4,  3)],  # ligne 2
);

pour la première ligne on donne l'array contenant les valeurs des X ainsi qu'un array avec celles des Y mais pourquoi la seconde ligne n'a-t-elle qu'une seule liste?

**djibril** · 07/05/2010, 13h43

Je ne comprends pas ta question.

**Jasmine80** · 07/05/2010, 14h35

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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    [ qw( Jan Feb Mar Apr May Jun Jul Aug Sep Oct Nov Dec) ],
    [ qw/ 2 5 2 9/], # ligne 1

les mois sont les valeurs des X et les chiffres les valeurs des Y de la ligne 1

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

[        (2, 2, 2, 5, 5,  4.5,1.5,  2,  3,  5,  4,  3)]

ce sont les Y de la ligne 2

Il faut donc que les valeurs des X soient communes aux 2 lignes et directement donner l'entièreté des X et pas seulement celles de la première ligne. J'ai compris.

**Jasmine80** · 07/05/2010, 14h50

Voici le script

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_mixed.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::mixed;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
if ($intercept >= 0){
	print "Y = $slope X +$intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
else {
	print "Y = $slope X $intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
 
# dessin de la droite de régression sur le graphique
# on donne les 2 valeurs de Y : pour X = 0 et pour X = 25
my @y_values_regression;
 
$y_values_regression[0] = $intercept;
$y_values_regression[25] = $slope * 25 + $intercept;
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
my $graph = GD::Graph::mixed->new(650, 300);
$graph->set( types => [qw(linespoints)] );
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2, 
	types             => [ qw( points lines ) ], 
) or die $graph->error;
 
 
 
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph, # valeurs du pyroséquenceur	26 points possibles
    \@y_values_regression # droite de régression	premier et dernier points
);
 
 
$graph -> set(dclrs => ["lred"]);
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
 
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

Cela fonctionne et j'ai bien 2 tracés, peut-on les colorer de façon différente?
Pour ajouter les coordonnées des points près de chaque point du graphique,comment faire?

Merci,

**djibril** · 07/05/2010, 15h05

Envoyé par Jasmine80

peut-on les colorer de façon différente?

Faut lire la doc du module Jasmine

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

$graph -> set( dclrs => [ qw(red green pink blue cyan) ] );

Envoyé par Jasmine80

Pour ajouter les coordonnées des points près de chaque point du graphique,comment faire?

Merci,

Voir section : Plotting data point values with the data point

**Jasmine80** · 07/05/2010, 15h09

Envoyé par djibril

Faut lire la doc du module Jasmine

Je ne sais pas. Je sais pas s'il y a moyen de récupérer les coordonnées graphiques de chaque points afin de mettre un texte via gd, faut voir.

Je suis entrain de chercher dans la documentation comment commencer les axes à une autre valeur que 0, je chercherai pour l'affichage après. Merci pour tes conseils.

**djibril** · 07/05/2010, 15h11

Voir section : Plotting data point values with the data point pour les valeurs

**djibril** · 07/05/2010, 15h13

Envoyé par Jasmine80

Je suis entrain de chercher dans la documentation comment commencer les axes à une autre valeur que 0, je chercherai pour l'affichage après. Merci pour tes conseils.

Ton axe x commence à zéro car tes valeurs commencent à zéro.

**Jasmine80** · 07/05/2010, 15h23

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_mixed.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::mixed;
use GD::Graph::Data;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
my $legend;
if ($intercept >= 0){
	$legend = "Y = $slope X +$intercept          R2 = $rSquared";
}
else {
	$legend = "Y = $slope X $intercept           R2 = $rSquared";
}
 
# dessin de la droite de régression sur le graphique
# on donne les 2 valeurs de Y : pour X = 0 et pour X = 25
my @y_values_regression;
 
$y_values_regression[0] = $intercept;
$y_values_regression[25] = $slope * 25 + $intercept;
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
my $graph = GD::Graph::mixed->new(650, 300);
$graph->set( types => [qw(linespoints)] );
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2, 
	types             => [ qw( points lines ) ], 
) or die $graph->error;
 
 
 
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph, # valeurs du pyroséquenceur	26 points possibles
    \@y_values_regression # droite de régression	premier et dernier points
);
 
# affichage des nucléotides correspondants aux valeurs du pyroséquenceur
my $data = GD::Graph::Data->new( 
    [0..25],
    \@y_values_graph, # valeurs du pyroséquenceur	26 points possibles
    \@y_values_regression # droite de régression	premier et dernier points
);
 
my $values = $data->copy;
$values->set_y('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
$graph->set(show_values => $values);
 
 
$graph->set_legend( ( 'données', $legend ) );
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
 
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

J'obtiens l'erreur :

Can't call method "copy" on an undefined value at GD_mixed.pl line 99.

pourtant $data est défini 2 lignes plus haut.

J'ai du mal à comprendre

Set this to a GD::Graph::Data object, or an array reference of the same shape, with the same dimensions as your data object that you pass in to the plot method. The reason for this option is that it allows you to make a copy of your data set, and selectively set points to undef to disable plotting of them.

Si je ne veux annoter que la première série de données (\@y_values_graph) et pas la seconde (@y_values_regression) dois-je quand même passer cette dernière array à $values->set_y?

**Jasmine80** · 07/05/2010, 15h26

Envoyé par djibril

Ton axe x commence à zéro car tes valeurs commencent à zéro.

Pour le X mais pas pour le Y. Avec GD::Graph::lines, l'axe Y ne commençait pas à 0 mais été adapté automatiquement et commençait à 11.

Cf ancien script :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_line.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::lines;
use Statistics::LineFit;
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph,
);
 
 
 
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
 
 
 
my $graph = GD::Graph::lines->new(650, 300);
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. $report $run : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_max_value       => 16,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2 
) or die $graph->error;
 
$graph -> set(dclrs => ["lred"]);
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
if ($intercept >= 0){
	print "Y = $slope X +$intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
else {
	print "Y = $slope X $intercept\nR2 = $rSquared\n";
}
 
# dessin de la droite de régression sur le graphique
 
my $x1 = 0;
my $y1 = $intercept;
my $x2 = 25;
my $y2 = $slope * 25 + $intercept;
 
 
 
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

**djibril** · 07/05/2010, 15h30

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $data = GD::Graph::Data->new( [ [0..25],\@y_values_graph ]);
my $values = $data->copy;
$graph->set(show_values => $values);

**Jasmine80** · 07/05/2010, 15h35

C'est génial, ça fonctionne

Je peux même écrire directement les nucléotides correspondants, c'est encore mieux que les valeurs.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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my $data = GD::Graph::Data->new( 
	[
	    [0..25],
	    \@tag, # valeurs du pyroséquenceur	26 points possibles
	]
);
 
my $values = $data->copy;
$graph->set(show_values => $values);

J'avais oublié un couple de crochets, c'est pour cette raison que $data n'était pas défini.

**djibril** · 07/05/2010, 15h38

Pour les axes, options :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
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use List::MoreUtils qw(minmax);
my ($y_min_value,$y_max_value) = minmax(@unic_val_y);

Et tu rajoutes les options suivantes dans ton constructeur :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
	y_min_value       => $y_min_value,
	y_max_value       => $y_max_value,

**Jasmine80** · 07/05/2010, 15h43

Voila, problème résolu pour l'axe Y (options y_min_value et y_max_value)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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#!/usr/local/bin/perl
 
 
#------------- GD_mixed.pl
 
use strict;
use warnings;
 
 
use GD::Graph::mixed;
use GD::Graph::Data;
 
use Statistics::LineFit;
use Statistics::Lite qw(max min );
 
use POSIX qw(ceil floor);
 
 
=h
Rapport 1	A1	Nuc
0	12.33	T
1	13.53	C
2	13.49	T
4	14.22	A
6	12.89	T
7	13.04	C
8	11.81	T
10	11.23	G
12	13.44	C
16	13.29	C
21	13.2	G
23	11.85	C
24	11.45	T
25	11.14	G
=cut
 
 
my $report = 1;
my $run = 'A1';
 
 
# recherche de l'équation de la droite
my $lineFit = Statistics::LineFit->new();
my @unic_val_position_x = (0, 1, 2, 4, 6, 7, 8, 10, 12, 16, 21, 23, 24, 25);
my @unic_val_y = (12.33, 13.53, 13.49, 14.22, 12.89, 13.04, 11.81, 11.23, 13.44, 13.29, 13.20, 11.85, 11.45, 11.14);
 
$lineFit->setData (\@unic_val_position_x, \@unic_val_y) or die "Invalid data";
my ($intercept, $slope) = $lineFit->coefficients();
my $rSquared = sprintf ( "%.3f",$lineFit->rSquared());
 
 
my $legend;
if ($intercept >= 0){
	$legend = "Y = $slope X +$intercept          R2 = $rSquared";
}
else {
	$legend = "Y = $slope X $intercept           R2 = $rSquared";
}
 
# dessin de la droite de régression sur le graphique
# on donne les 2 valeurs de Y : pour X = 0 et pour X = 25
my @y_values_regression;
 
$y_values_regression[0] = $intercept;
$y_values_regression[25] = $slope * 25 + $intercept;
 
# valeurs des points mis sur le graphique
my @y_values_graph = (12.33, 13.53, 13.49, undef, 14.22, undef, 12.89, 13.04, 11.81, undef, 11.23, undef, 13.44, undef, undef, undef, 13.29, undef, undef, undef, undef, 13.20, undef, 11.85, 11.45, 11.14);
# lettre à associer à chaque point défini
my @tag = ('T', 'C', 'T', undef, 'A',undef, 'T', 'C', 'T', undef, 'G', undef, 'C', undef, undef, undef, 'C', undef, undef, undef, undef, 'G', undef, 'C', 'T', 'G');
# x dont le y n'est pas défini : 3, 5, 9, 11, 13, 14, 15, 17, 18, 19, 20, 22  
 
my $y_min_val = floor( min @unic_val_y );
my $y_max_val = ceil( max @unic_val_y );
 
my $graph = GD::Graph::mixed->new(650, 300);
$graph->set( types => [qw(linespoints)] );
 
$graph->set( 
	x_label           => 'positions',
	y_label           => 'valeurs',
	title             => "Rap. : Evolution du signal des pics uniques au cours du pyroséquençage",
	y_min_value       => $y_min_val,
	y_max_value       => $y_max_val,
	y_tick_number     => 8,
	y_label_skip      => 2, 
	types             => [ qw( points lines ) ], 
) or die $graph->error;
 
 
$graph -> set( dclrs => [ qw(red blue) ] );
 
my @data = ( 
    [0..25],
    \@y_values_graph, # valeurs du pyroséquenceur	26 points possibles
    \@y_values_regression # droite de régression	premier et dernier points
);
 
# affichage des nucléotides correspondants aux valeurs du pyroséquenceur
=h
Set this to a GD::Graph::Data object, or an array reference of the same shape, with the same
as your data object that you pass in to the plot method. The reason for this option is that 
it allows you to make a copy of your data set, and selectively set points to undef  to disable 
plotting of them.
=cut
 
my $data = GD::Graph::Data->new( 
	[
	    [0..25],
	    \@tag, # valeurs du pyroséquenceur	26 points possibles
	]
);
 
my $values = $data->copy;
$graph->set(show_values => $values);
 
 
$graph->set_legend( ( 'données du pyroséquenceur', $legend ) );
my $gd = $graph->plot(\@data) or die $graph->error;
 
 
 
open(IMG, ">P:/Theorie/Cathy/Myco_pyro/graphiques/Rap${report}_$run.jpg") or die $!;
binmode IMG;
print IMG $gd->png;

Merci pour ton aide.

[GD::Graph::lines] affichage des coordonnées

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