Discussion :

[BlueJack]

Bonsoir,

Je compte prendre la voix de la BioInformatique dans mes études et pour cela j'aimerai savoir quel langage est généralement utilisé. Un prof a parlé de lambda-calcul, j'ai pu en conclure qu'il utilisait peut être un langage fonctionnel (Haskell? Objective Caml?). Auriez vous plus de renseignement sur les langages utilisés en BioInfo? J'ai entendu parler de Perl aussi (ce forum) qui était assez utilisé dans ce domaine. Qu'en est il de python et de son module biopython?

Merci encore,
Bonne soirée.

[SpiceGuid]

Cacophrène qui est également dans la bio-informatique utilise OCaml mais je suis certain que d'autres langages sont aussi ou même plus populaires.

Je pense que c'est à toi d'avoir (ou de te forger) une opinion personnelle plutôt que d'attendre que d'autres t'apportent une réponse toute prête.

[Jasmine80]

C'est vrai qu'ils y a plusieurs langages pouvant être utilisés en bioinformatique. Dans les offres d'emploi, les 3 qui m'ont semblé les plus demandées étaient Ruby, Perl et Python mais ça dépend un peu de la boîte où tu tombes, chacune a ses préférences. Je pense que l'important est de bien maitriser un langage, peu importe lequel, ensuite tu peux facilement te reconvertir dans un autre.

www.bioinformaticszen.com

Voici un article que je n'ai pas lu mais qui pourrait t'intéresser.
A comparison of common programming languages used in bioinformatics

[Bioinfoe]

Bonjour
Il y aussi java (biojava), car compatible avec pas mal de choses, sinon je suis d'accord avec jasmine, le but et de maitriser un langage que tu devra savoir adapter aux différents sujet.

Bonne journée

[stoyak]

Je suis d'accord dans le principe que l'apprentissage d'un langage permet ensuite de passer à un autre.
Reste qu'un des buts d'une formation, hormis celui d'étendre ses connaissances, est de trouver un travail. Les places à prendre ne sont pas si nombreuses. Tu verras aussi que les offres de CDD demandent un nombre de compétences conséquent. Dans la plupart des labos, on choisira donc celui ou celle qui est déjà formé(e) à une technologie et qui pourra donc être opérationnel de suite.
Et puis à vouloir tenter l'originalité, tu pourrais aussi passer pour celui qui aura beaucoup de mal à s'adapter à une équipe déjà en place ....

[stoyak]

Et pour compléter ma réponse: Pour compléter mon équipe, je prendrai des petits nouveaux qui programment dans le langage utilisé dans ma boîte.
Pas de temps à perdre à discuter sur le choix d'un langage par rapport à un autre, et finir en troll entre java, python et perl par exemple.
Dans ma structure, la programmation est juste un moyen, et pas une fin en soit. L'important, c'est le résultat bio et son exploitation.
.... Ceci explique peut-être cela ...