Distribution de couleurs

**GLDavid** · 27/12/2005, 17h24

Bonjour

C'est plus une panne d'idées qu'une difficultée technique que je vous soumet. Voici mon problème : dans mon application, je recence 20308 ontologies (des fonctions de molécules). Mon appli permet de visualiser des réseaux de molécules. Je voudrais pouvoir attribuer une couleur pour ces molécules en fonction de leur ontologie. Ma difficultée est de pouvoir attribuer une couleur à chacune des ontologies mais de manière assez homogène en fonction des 3 composantes rgb.
Quelqu'un a t'il une petite idée ?

Merci d'avance de vos suggestions.

@++

**Jean-Marc.Bourguet** · 27/12/2005, 17h46

Je ne connais rien au domaine des ontologies, mais je suppose que tu désires que des ontologies proches aient une couleur proche et que c'est ça que tu entends par "attribuer une couleur à chacune des ontologies".

Si les ontologies se décrivent naturellement dans un espace tri-dimentionnel, le problème est trivial (chacune des dimensions correspond à une dimension colorimétrique: RGB ou peut-être un autre espace colorimétrique donnerait de meilleurs résultats)

Si ce n'est pas le cas mais que tu peux plus ou moins facilement donner une distance entre deux ontologies données, une idée serait de partir d'un graphe ou chaque ontologie serait reliée à ses plus proches voisines et de chercher une assignation de couleurs cherchant à minimiser une fonction "somme des carrés de la différence entre distance ontologique et distance colorimétrique". Une approche par recuit simulé ou les autres techniques utilisées dans l'affichage automatique des graphes (après tout ces techniques cherchent à donner des positions dans un espace bidimentionnel, tu cherches à donner une position dans un espace tri-dimentionnel) devrait fonctionner.

J'espère ne pas avoir été trop vague.

**GLDavid** · 27/12/2005, 17h56

Bonjour cher homonyme à peu de chose près.

En fait, je ne cherche pas tellement à faire une telle proximité entre les ontologies. Chaque fonction est bien spécifique d'où ma volonté d'attribuer une couleur bien distincte.
J'ai fait ce code en attendant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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import java.awt.Color;
import java.io.*;
import java.util.regex.Matcher;
import java.util.regex.Pattern;
 
public class ColorCode {
 
	public java.util.Hashtable colors_code;
 
	public ColorCode(){
		double r = 0.99, v = 1., b = 1.;
		int cpt=0;
		colors_code = new java.util.Hashtable();
		colors_code.put("", Color.WHITE);
		File file = new File("/home/gldavid/Snippets/Bases/GeneOntology/GO.terms_and_ids");
		try {
			BufferedReader bf = new BufferedReader(new FileReader(file));
			String current;
			while((current=bf.readLine())!=null){
				Pattern p = Pattern.compile("(GO:\\d+)\\t");
				Matcher m = p.matcher(current);
				if(m.find()){
					cpt++;
					System.out.println(""+cpt+" "+r+" "+v+" "+b);
					Color color = new Color((float)r, (float)v, (float)b);
					colors_code.put(m.group().trim(), color);
					r-=0.01;
					if(r<=0)
						r=0;
					if(r%2==0){
						System.out.println("r pair");
						v-=0.01;
					}
					if(v<=0)
						v=0;
					if(v%2==0){
						System.out.println("v pair");
						b-=0.01;
					}
					if(b<=0)
						b=0;
				}
			}
		}
		catch(FileNotFoundException fnfe){
			javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(null, fnfe, "Error", 0);
		}
		catch(IOException ioe){
			javax.swing.JOptionPane.showMessageDialog(null, ioe, "Error", 0);
		}
 
		java.util.Enumeration keys = this.colors_code.keys();
		while(keys.hasMoreElements()){
			String key = (String)keys.nextElement();
			Color c = (Color)this.colors_code.get(key);
			//System.out.println(""+key+" r="+c.getRed()+" v="+c.getGreen()+" b="+c.getBlue());
		}
	}
 
}

Mon ennui vient du calcul de mes composantes rvb : je n'obtiens pas valeurs attendues mais des valeurs du type 0.9199999999999999

. Il va falloir que je corrige ça car cela nuit au code.

@++

**Jean-Marc.Bourguet** · 27/12/2005, 18h18

Envoyé par GLDavid

Bonjour cher homonyme à peu de chose près.

? De Jean-Marc Bourguet à GLDavid, je ne vois guère d'homonymie.

En fait, je ne cherche pas tellement à faire une telle proximité entre les ontologies. Chaque fonction est bien spécifique d'où ma volonté d'attribuer une couleur bien distincte.

Ah, tu cherches donc 20308 couleurs le plus distinctes possibles. En effet, c'est pas tellement ressemblant à ce que je proposais. Dans ce cas, une chose à savoir c'est qu'on est plus sensible au vert, puis au rouge puis au bleu (dans un rapport 6/3/1 si j'ai bonne mémoire). Donc tu prends 66 niveaux de vert, 33 niveaux de rouge et 11 niveaux de bleu (au total 23958 couleurs, pour 60/30/10 il y en a 18000) mais prendre 64/32/16 ne devrait pas être très différent et peut-être plus facile à calculer. De toute façon il y aura des couleurs très proches, peut-être si proche qu'elles ne seront pas distinguables.

J'ai pas regardé ton code, mais quand je lis:

Mon ennui vient du calcul de mes composantes rvb : je n'obtiens pas valeurs attendues mais des valeurs du type 0.9199999999999999

. Il va falloir que je corrige ça car cela nuit au code.

J'ai l'impression que tu manques d'expérience dans la manipulation des flottants. Les flottants ne représentent exactement que des nombres de la formes m * 2^e (où k et e sont des entiers et ^ dénote l'exponentiation), relativement rares sont les fractions décimales qui le sont (0.5, 0.25, 0.75, 0.125, 0.375, 0.625, 0.875 sont celles avec de 1 à 3 chiffres après la virgule).

**FrancisSourd** · 27/12/2005, 18h25

Pour avoir simplement un échantillonnage simple de l'espace RGB, on remarque que 27^3 < 20038 < 28^3.
Donc, en prenant les valeurs
R= i * 256/28
G= j * 256/28
B= h * 256/28
et en faisant varier i,j,h entre 0 et 27, cela donne un bon échantillonnage de l'espace des couleurs.

**Jean-Marc.Bourguet** · 27/12/2005, 18h47

Envoyé par FrancisSourd

Pour avoir simplement un échantillonnage simple de l'espace RGB, on remarque que 27^3 < 20038 < 28^3.
Donc, en prenant les valeurs
R= i * 256/28
G= j * 256/28
B= h * 256/28
et en faisant varier i,j,h entre 0 et 27, cela donne un bon échantillonnage de l'espace des couleurs.

Je crois qu'il vaut mieux utiliser les rapports que j'ai donné. On est à la limite de ce que j'arrive à distinguer sur mon écran et à la lumière artificielle.

8/0/0, 0/4/0 et 0/0/16 me semblent tous être distinguables de 0/0/0 tandis que 0/0/9 ne l'est pas.

**GLDavid** · 27/12/2005, 19h06

FrancisSourd, l'idée est plaisante, je l'essaierais demain et l'adapterais aux conseils de Jean-Marc.
Pour Jean-Marc, bien que mon pseudo ne le metionne pas, mon nom de famille est proche du tien à quelques lettres près

Merci en tout cas pour vos propositions.

@++

**FrancisSourd** · 27/12/2005, 19h16

Envoyé par Jean-Marc.Bourguet

Je crois qu'il vaut mieux utiliser les rapports que j'ai donné. On est à la limite de ce que j'arrive à distinguer sur mon écran et à la lumière artificielle.

8/0/0, 0/4/0 et 0/0/16 me semblent tous être distinguables de 0/0/0 tandis que 0/0/9 ne l'est pas.

Effectivement, je ne connaissais pas ces différences de sensibilité aux couleurs... et ton post est arrivé pendant que j'écrivais ma solution naïve.

**Jean-Marc.Bourguet** · 27/12/2005, 19h26

Envoyé par FrancisSourd

Effectivement, je ne connaissais pas ces différences de sensibilité aux couleurs... et ton post est arrivé pendant que j'écrivais ma solution naïve.

En fait, il n'y a pas que notre sensibilité, il y a aussi celle de l'écran ou du dispositif d'impression. Je sais que les gens pour qui ça a de l'importance font de la calibration sur toute la chaîne et des corrections en fonction du dispositif de sortie.

**2Eurocents** · 27/12/2005, 19h37

Envoyé par Jean-Marc.Bourguet

En fait, il n'y a pas que notre sensibilité, il y a aussi celle de l'écran ou du dispositif d'impression. Je sais que les gens pour qui ça a de l'importance font de la calibration sur toute la chaîne et des corrections en fonction du dispositif de sortie.

Et notre sensibilité propre joue aussi ... L'oeil humain est beaucoup plus sensibles aux nuances de rouge qu'à celles de vert, que l'on perçoit encore mieux que les nuances de bleu.

La discrétisation de l'axe rouge doit donc permettre plus de "points" que celle de l'axe vert qui doit en permettre plus que l'axe bleu.

**hansaplast** · 28/12/2005, 08h46

d'ou les ecrans filmés qui ressortent bleu? (sur-augmentation artificielle par les camera/tv?)
bon, je

dsl...

**GLDavid** · 28/12/2005, 10h41

Bon, sans doute la grippe qui me gagne ou le manque de motivation, ou les deux, mais je n'arrive pas à implémenter ma distribution.
Mon problème consiste à créer une table de valeur qui contiendrait mes valeurs de couleurs. Quelqu'un a t'il un pseudo-code à proposer ?

Merci d'avance.

GLDavid, qui n'a plus de voix

**Jean-Marc.Bourguet** · 28/12/2005, 10h48

Envoyé par GLDavid

Bon, sans doute la grippe qui me gagne ou le manque de motivation, ou les deux, mais je n'arrive pas à implémenter ma distribution.
Mon problème consiste à créer une table de valeur qui contiendrait mes valeurs de couleurs. Quelqu'un a t'il un pseudo-code à proposer ?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for r in 0 .. 31 loop
   for v in 0 .. 63 loop
      for b in 0 .. 15 loop
         couleur(v* 1024 + r*16 + b) = rgb(r / 31, v / 63, b / 15)
      end loop
   end loop
end loop

**hansaplast** · 28/12/2005, 10h49

Envoyé par GLDavid

Bon, sans doute la grippe qui me gagne ou le manque de motivation, ou les deux, mais je n'arrive pas à implémenter ma distribution.
Mon problème consiste à créer une table de valeur qui contiendrait mes valeurs de couleurs. Quelqu'un a t'il un pseudo-code à proposer ?

Merci d'avance.

GLDavid, qui n'a plus de voix

rah, je veut bien m'y mettre, mais tu la veut commen ta table?
structure?
combien de dimension?

comment trier?

et comment va tu attribuer tout ca?

(lol : pour une fois que je fait le prof ^^)

dsl si mes question sont idiotes... je suis responsable de rien, sauf de moi meme... et encore...

**GLDavid** · 28/12/2005, 11h48

Hello

La proposition de Jean-Marc est intéressante. Il y a une ligne par contre que je comprend pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
couleur(v* 1024 + r*16 + b) = rgb(r / 31, v / 63, b / 15)

Pour hansaplast, je veux construire un tableau unidimensionnel de java.awt.Color. Donc, dans ma fonction, je veux attribuer une couleur différente pour ce tableau 16581375 éléments. Le tableau n'a pas nécessairement besoin d'être trié d'ailleurs.
Merci de vos conseils.

@++

**Jean-Marc.Bourguet** · 28/12/2005, 11h52

Envoyé par GLDavid

Hello

La proposition de Jean-Marc est intéressante. Il y a une ligne par contre que je comprend pas :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
 
couleur(v* 1024 + r*16 + b) = rgb(r / 31, v / 63, b / 15)

couleur est le tableau à remplir, rgb une fonction qui fabrique une couleur avec les composantes Rouge, Vert, Bleu comprise entre 0 et 1 inclus (d'où les division par 31, 63 et 15).

**GLDavid** · 28/12/2005, 11h56

Je me demande si je ne vous induis pas en erreur. En effet, il ne faut pas oublier que je n'ai que 20308 éléments à colorer.
Faire un tableau de plus de 16 millions d'éléments est parfaitement inutile.
Bref, je crois qu'il y a embrouille.
Mea culpa d'avance.

@++

**hansaplast** · 28/12/2005, 12h23

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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for r in 0 .. 31 loop 
   for v in 0 .. 63 loop 
      for b in 0 .. 15 loop 
         couleur(v* 1024 + r*16 + b) = rgb(r / 31, v / 63, b / 15) 
      end loop 
   end loop 
end loop

si je comprend bien ce code, il n'y aura pas autant de variante que ca, en effet, il y aura 15 variances de B, 63 de v et 31 de r

soit 15*63*31 = 29295

cependant, si je ne me trompe, il ne couvre pas toutes les plages ...

mon algo aurait ete :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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6
7
for r in 0 .. 31 loop 
   for v in 0 .. 63 loop 
      for b in 0 .. 15 loop 
         couleur(v* 256+ r*256+ b*256) = rgb(r / 31, v / 63, b / 15) 
      end loop 
   end loop 
end loop

mais il doit y avoir une subtilitée qui m'echappe...

**sovitec** · 28/12/2005, 16h07

Bonjour, je rentre dans cette conversation un peu tard, j'espère que ce ne l'est pas trop.

L'inconvénient de l'algo ci dessus est qu'il ne prend pas en compte la différence de sensibilité de l'oeil selon l'intensité des couleurs.

Il existe en fait une solution "simple" au problème : Faire un échantillonage régulier dans un espace de couleur qui soit adapté à la vision humaine, par exemple CIE-Luv.

**hansaplast** · 28/12/2005, 16h10

[quote="sovitec"]
L'inconvénient de l'algo ci dessus est qu'il ne prend pas en compte la différence de sensibilité de l'oeil selon l'intensité des couleurs.
[quote]

de ce que j'ai compris, etant donné qu'il y aurait peu de variation de bleu (15) moyennemnt de rouge (31), et bcp de vert (63)

je pense que cette difference est bien prise en compte, non?

Distribution de couleurs

Algorithmes et structures de données

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