Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'aimerais mettre à jour bioperl mais j'obtiens des messages d'erreur :

bioperl marked for install

WARNING: Installing AcePerl-1.92 to get Ace:: for Bundle-BioPerl-Core would downgrade Ace::Object from version 1.66 to 1.66

bioperl depends on Bundle-BioPerl-Core
bioperl depends on AcePerl
bioperl depends on XML-SAX-ExpatXS
bioperl depends on SVG-Graph
bioperl depends on GD
bioperl depends on Bio-ASN1-EntrezGene
bioperl depends on XML-XPath
bioperl depends on Convert-Binary-C
bioperl depends on XML-Twig
bioperl depends on Set-Scalar
bioperl depends on Text-Shellwords
bioperl depends on Data-Stag
bioperl depends on XML-Writer
bioperl depends on Graph
bioperl depends on Class-AutoClass
bioperl depends on XML-DOM-XPath
bioperl depends on DB_File
bioperl depends on Cache-Cache
bioperl depends on XML-SAX
bioperl depends on Tree-DAG_Node
bioperl depends on Math-Derivative
bioperl depends on Statistics-Descriptive
bioperl depends on SVG
bioperl depends on Math-Spline
bioperl depends on IO-stringy
bioperl depends on Test-Deep
bioperl depends on XML-DOM
bioperl depends on XML-XPathEngine
bioperl depends on Error
bioperl depends on XML-NamespaceSupport
bioperl depends on Test-Tester
bioperl depends on Test-NoWarnings
bioperl depends on XML-RegExp
bioperl-run marked for install
Installing 33 packages ...
Downloading bioperl-run-1.5.2_100 ... done
Downloading bioperl-1.5.2_100 ... done
Downloading Bundle-BioPerl-Core-1.5.2_100 ... done
Downloading AcePerl-1.92 ... done
Downloading SVG-Graph-0.02 ... done
Downloading GD-2.43 ... done
Downloading Bio-ASN1-EntrezGene-1.09 ... done
Downloading XML-XPath-1.13 ... done
Downloading Convert-Binary-C-0.74 ... done
Downloading XML-Twig-3.32 ... done
Downloading Set-Scalar-1.24 ... done
Downloading Text-Shellwords-1.08 ... done
Downloading Data-Stag-0.11 ... done
Downloading XML-Writer-0.606 ... done
Downloading Graph-0.91 ... done
Downloading Class-AutoClass-1.01 ... done
Downloading XML-DOM-XPath-0.14 ... done
Downloading Cache-Cache-1.06 ... done
Downloading XML-SAX-0.96 ... done
Downloading Tree-DAG_Node-1.06 ... done
Downloading Math-Derivative-0.01 ... done
Downloading Statistics-Descriptive-3.0100 ... done
Downloading SVG-2.49 ... done
Downloading Math-Spline-0.01 ... done
Downloading IO-stringy-2.110 ... done
Downloading Test-Deep-0.106 ... done
Downloading XML-DOM-1.44 ... done
Downloading XML-XPathEngine-0.12 ... done
Downloading Error-0.17015 ... done
Downloading XML-NamespaceSupport-1.10 ... done
Downloading Test-Tester-0.107 ... done
Downloading Test-NoWarnings-0.084 ... done
Downloading XML-RegExp-0.03 ... done
Unpacking bioperl-run-1.5.2_100 ... done
Unpacking bioperl-1.5.2_100 ... done
Unpacking Bundle-BioPerl-Core-1.5.2_100 ... done
Unpacking AcePerl-1.92 ... done
Unpacking SVG-Graph-0.02 ... done
Unpacking GD-2.43 ... done
Unpacking Bio-ASN1-EntrezGene-1.09 ... done
Unpacking XML-XPath-1.13 ... done
Unpacking Convert-Binary-C-0.74 ... done
Unpacking XML-Twig-3.32 ... done
Unpacking Set-Scalar-1.24 ... done
Unpacking Text-Shellwords-1.08 ... done
Unpacking Data-Stag-0.11 ... done
Unpacking XML-Writer-0.606 ... done
Unpacking Graph-0.91 ... done
Unpacking Class-AutoClass-1.01 ... done
Unpacking XML-DOM-XPath-0.14 ... done
Unpacking Cache-Cache-1.06 ... done
Unpacking XML-SAX-0.96 ... done
Unpacking Tree-DAG_Node-1.06 ... done
Unpacking Math-Derivative-0.01 ... done
Unpacking Statistics-Descriptive-3.0100 ... done
Unpacking SVG-2.49 ... done
Unpacking Math-Spline-0.01 ... done
Unpacking IO-stringy-2.110 ... done
Unpacking Test-Deep-0.106 ... done
Unpacking XML-DOM-1.44 ... done
Unpacking XML-XPathEngine-0.12 ... done
Unpacking Error-0.17015 ... done
Unpacking XML-NamespaceSupport-1.10 ... done
Unpacking Test-Tester-0.107 ... done
Unpacking Test-NoWarnings-0.084 ... done
Unpacking XML-RegExp-0.03 ... done
Generating HTML for bioperl-run-1.5.2_100 ... done
Generating HTML for bioperl-1.5.2_100 ... done
Generating HTML for AcePerl-1.92 ... done
Generating HTML for SVG-Graph-0.02 ... done
Generating HTML for GD-2.43 ... done
Generating HTML for Bio-ASN1-EntrezGene-1.09 ... done
Generating HTML for XML-XPath-1.13 ... done
Generating HTML for Convert-Binary-C-0.74 ... done
Generating HTML for XML-Twig-3.32 ... done
Generating HTML for Set-Scalar-1.24 ... done
Generating HTML for Text-Shellwords-1.08 ... done
Generating HTML for Data-Stag-0.11 ... done
Generating HTML for XML-Writer-0.606 ... done
Generating HTML for Graph-0.91 ... done
Generating HTML for Class-AutoClass-1.01 ... done
Generating HTML for XML-DOM-XPath-0.14 ... done
Generating HTML for Cache-Cache-1.06 ... done
Generating HTML for XML-SAX-0.96 ... done
Generating HTML for Tree-DAG_Node-1.06 ... done
Generating HTML for Math-Derivative-0.01 ... done
Generating HTML for Statistics-Descriptive-3.0100 ... done
Generating HTML for SVG-2.49 ... done
Generating HTML for Math-Spline-0.01 ... done
Generating HTML for IO-stringy-2.110 ... done
Generating HTML for Test-Deep-0.106 ... done
Generating HTML for XML-DOM-1.44 ... done
Generating HTML for XML-XPathEngine-0.12 ... done
Generating HTML for Error-0.17015 ... done
Generating HTML for XML-NamespaceSupport-1.10 ... done
Generating HTML for Test-Tester-0.107 ... done
Generating HTML for Test-NoWarnings-0.084 ... done
Generating HTML for XML-RegExp-0.03 ... done
Updating files in site area ... failed
Installing 33 packages failed

ERROR: Can't save to C:/Perl/html/site/lib/Bio/Align/AlignI.html.ppmbak since it exists

Peut-on forcer le remplacement d'un fichier?



Merci,

[nibroc]

Bonjour,

J'aimerais mettre à jour bioperl mais j'obtiens des messages d'erreur :


Peut-on forcer le remplacement d'un fichier?



Merci,

Bonjour,
Au lieu d'utiliser la commande "install", essayez en ligne de commande :
ppm upgrade bioperl
Sinon, avec la commande install, il existe une option --force
mais à ma connaissance, elle n'existe qu'en ligne de commande :
ppm install bioperl --force
Personnellement, si le module est déjà installé, j'utiliserais "upgrade"
Nibroc

[djibril]

Bon, je me suis penché un peu sur le sujet. Alors, il doit y avoir un petit souci dans le repository bioperl.
Sur le CPAN, bioperl est à la version BioPerl-1.6.0 depuis 25 Jan 2009. Il existe aussi la version bioperl-1.5.2_102 qui date de 14 Feb 2007, la version bioperl-1.5.2_100 06-Dec-2006 13:30.

Lorsqu'on regarde le repository bioperl, nous n'avons que la version bioperl-1.5.2_100 a notre disposition, donc il est impossible de la mettre à jour avec la version 1.6, voir même 1.5.2_102 .

De plus, en regardant dans le repository (le fichier package.xml) à ce lien
http://bioperl.org/DIST/, on a le fichier package.xml. C'est lui qui permet à ppm de lister les distribution à installer. Il date du 21-Jan-2009 23:52.
Voici son contenu réduit

Code xml :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<REPOSITORY>
<SOFTPKG NAME="GD-SVG" VERSION="0.25">
<SOFTPKG NAME="SVG-Graph" VERSION="0.01">
<SOFTPKG NAME="Bio-ASN1-EntrezGene" VERSION="1.09">
<SOFTPKG NAME="Class-AutoClass" VERSION="1.01">
<SOFTPKG NAME="Graph" VERSION="0.80">
<SOFTPKG NAME="GraphViz" VERSION="2.04">
<SOFTPKG NAME="bioperl-db" VERSION="1.5.2_100" DATE="2006-12-6">
<SOFTPKG NAME="Bundle-BioPerl-Db" VERSION="1.5.2_100" DATE="2006-12-6">
<SOFTPKG NAME="bioperl-network" VERSION="1.5.2_100" DATE="2006-12-6">
<SOFTPKG NAME="Bundle-BioPerl-Network" VERSION="1.5.2_100" DATE="2006-12-6">
<SOFTPKG NAME="bioperl-run" VERSION="1.5.2_100" DATE="2006-12-6">
<SOFTPKG NAME="Bundle-BioPerl-Run" VERSION="1.5.2_100" DATE="2006-12-6">
<SOFTPKG NAME="bioperl" VERSION="1.5.2_100" DATE="2006-12-6">
<SOFTPKG NAME="Bundle-BioPerl-Core" VERSION="1.5.2_100" DATE="2006-12-6">
</REPOSITORY>

On peut constater qu'elle ne permet que l'installation de la version 1.5.2_100 (le package bioperl-1.5.2_100-ppm.tar.gz datant du 06-Dec-2006 13:30).

Pourtant, il existe une archive BioPerl-db-1.6.0-ppm.tar.gz plus récente et datant du 23-Feb-2009 21:58.

Donc je présume ceci. Via ppm, à ce jour il est impossible de mettre à jour bioperl pour peut être les raisons suivantes :
- C'est peut être une erreur des mainteneurs qui ont oublié de mettre à jour le repository ? Ca m'étonnerais, car depuis 2006 et avec la tonnes de programmeurs, ils s'en auraient rendu compte.
- Ont ils jugé qu'il y a des problèmes de gestion de dépendances, des incompatibilités ou bugs à résoudre et préférèrent laisser bioperl à cette version? C'est possible. Mais je trouve cela bizarre. Car il est tout de même possible de la télécharger sur le CPAN.
- En lisant la doc d'installation sous Windows, seule la version 1.5.2 est mentionnée, donc cette peut être la version la plus à jour pour Windows. Mais bon, la page a été modifiée le 24 December 2008, at 20:46, donc je doute .
- En lisant la page d'installation sous unix, la version 1.6 est bien mentionnée.

Donc une bonne idée serait de les contacter.

[Jasmine80]

Merci pour vos réponses à tous les deux.
C'est ennuyant de ne pas pouvoir mettre BioPerl à jour. Qui doit-on contacter?

[djibril]

Il faut peut être contacter un mail de leur mailing list ou le contact cpan (cjfields@bioperl.org).