Boucle for()

**did10** · 13/08/2009, 09h50

Bonjour,

Je souhaite effectuer une opération pour tous les niveaux d'une de mes variables (PARAMETER) sauf un seul car il n'a aucune valeur, ie

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

for(i in 1:nlevels(PARAMETER)

mais je voudrais pas qu'il le fasse pour PARAMETER==Param_24 (exemple)

Comment puis je faire ?

Cdlt

**manoir** · 13/08/2009, 11h08

Bonjour,

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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j<-grep("Param_24",PARAMETER)
 
for(i in 1:nlevels(PARAMETER)[-j])

Manoir

**did10** · 13/08/2009, 11h41

En fait je vais rectifier un peu ma question:

j'ai une matrice de taille nxp, avec pour ligne un numero de lot, pour colonne un nom de paramètre et a l'interieur des valeurs.

Il se trouve que pour une colonne (pour un parametre quelconque) toutes les valeurs sont à NA.

Je souhaiterais donc d'une part supprimer la colonne en question et d'autre part pouvoir récuperer le nom de la colonne (nom du paramètre)

Voila c'est plus clair

Merci de votre aide

**manoir** · 13/08/2009, 12h16

Je te propose de faire tourner ça pour récupérer les noms de colonnes NA dans ta matrice.
sansNA<-na.omit(as.data.frame(t(MAT))) # Utiliser as.data.frame, si MAT est une matrice

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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MATFINAL<-t(sansNA) # matrice sans les colonnes NA
 
setdiff(colnames(as.data.frame(MAT)),rownames(sansNA)) # récupérer les noms de tes colonnes NA

J'espère que cela répond à ta question
Manoir

**did10** · 13/08/2009, 14h17

Manoir, 2 gros problèmes:

- ça me supprime même les colonnes qui n'ont qu'un seule NA, moi je voudrais que ça me supprime les colonnes qui n'ont que des NA sur toutes les lignes

- la matrice sansNa est la transposée de celle que j'avais (parametre en ligne et lot en colonne)

??

**manoir** · 13/08/2009, 15h16

Je suis d'accord avec le 1 problème, mais ce que t'intéresse est MATFINAL toi et pas sansNA.

j'ai fait un petit code plus simple je pense

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fun<-function(x){
 y<-(sum(is.na(x))==length(x))
}                           # fonction pour déterminer les colonnes manquantes
indicNA<-which(apply(Mat,2,fun)==TRUE) # récupérer les indices de colonnes manquantes
 
Matfinale<-Mat[,-indicNA]  # Matrice sans les colonnes manquantes

ça devrait aller mnt nn ?

Manoir

**did10** · 13/08/2009, 15h36

Manoir, c'est nickel pour Matfinale, j'ai bien une matrice sans la colonne des NA, par contre pour récuperer le nom de la colonne ça ne fonctionne pas

??

**did10** · 13/08/2009, 16h49

Ok c'est bon j'ai trouvé

**did10** · 14/08/2009, 14h36

Voici donc ma fonction:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fun=function(x){
k=(sum(is.na(x)==length(x))}
indicNA=which(apply(matrice2,2,fun)==TRUE)
MatriceFinale2=matrice2[,-indicNA]      ## Permet d'avoir une matrice sans colonne remplie de NA
 
sansNA=t(MatriceFinale2)
t=setdiff(colnames(as.data.frame(matrice2)),rownames(sansNA)) ## récupere le nom des colonnes sans celle que l'on a supprimé
 
q=grep(t,levels(Data_Base$PARAMETER))
for(i in 1:length(levels(Data_Base$PARAMETER)[-q]))] ## effectue une boucle sur tous les paramètres sauf celui ou la colonne a été supprimé

Il s'avère que ce code fonctionne correctement lorsqu'il existe une telle matrice ayant au moins une colonne remplie de NA, mais lorsque ma matrice n'en possède pas ça ne marche plus ...

Comment puis-je rendre ce code généralisable ?

Merci

**did10** · 14/08/2009, 15h21

En fait, le problème vient de indicNA qui renvoie named integer(0) lorsqu'il n'y a aucune colonne possédant que des NA.

Du coup le code:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

MatriceFinale2=matrice2[,-indicNA]

ne marche pas ...

**manoir** · 15/08/2009, 01h35

Re,

Une parenthèse est mal placée dans ta fonction fun, et plus précisément dans

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

 k=(sum(is.na(x)==length(x))

Pour généraliser le code je te suggère de faire tourner ce script, qui enlève les colonnes manquantes entière si il en trouve, sinon il garde la matrice initiale!

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fun<-function(Matrice){
x<-which(apply(Matrice,2,function(x){k<-sum(is.na(x))==length(x)})==TRUE)
if(length(x)!=0)
{
MatriceFinale2<-Matrice[,-x]
}
else 
{
MatriceFinale2<-Matrice
}
MatriceFinale2
}
 
 
fun(Matrice)

Bien à toi
Manoir

**did10** · 17/08/2009, 11h50

Manoir, ça ne fonctionne pas, ça me renvoie:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

Erreur: objet 'MatriceFinale2' introuvable

??

**manoir** · 17/08/2009, 12h34

bonjour,

ça fonctionne très bien avec l'exemple que j'ai pris, t'as bien mis dans la fonction fun ta matrice d'entrée? MatriceFinale2<-Matrice
on affecte la matrice Matrice à MatriceFinal2, donc le problème et dans Matrice, faut essayer de compiler le script ligne par ligne pour voir ?

Bien à toi

**did10** · 17/08/2009, 14h08

Ma matrice s'appelle matrice2, j'ai donc tapé la fonction:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fun=function(matrice2){
w=which(apply(matrice2,2,function(w){k=sum(is.na(w))==length(w)})==TRUE)
    if(length(w) !=0){
    MatriceFinale2=matrice2[,-w]
    }
    else{
    MatriceFinale2=matrice2
    }
MatriceFinale2
}

Mais MatriceFinale2 et w sont introuvables ...

**manoir** · 17/08/2009, 14h37

Re,

Je crois savoir la réponse, en fait dans la fonction fun(paramètre par défaut)

quand tu fais appel à ta fonction, là tu mets ta matrice :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

fun (Matrice2)

, mais pas ds la définition de ta fonction!

copie-coller ce code sans rien changer et dis moi si ça marche ou pas?

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fun=function(Toto){
w=which(apply(Toto,2,function(w){k=sum(is.na(w))==length(w)})==TRUE)
    if(length(w) !=0){
    MatriceFinale2=Toto[,-w]
    }
    else{
    MatriceFinale2=Toto
    }
MatriceFinale2
}
 
fun(matrice2)

**did10** · 17/08/2009, 15h12

Oui c'est bon ça fonctionne, merci

Maintenant le dernier problème est pour cette fonction:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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sansNA=t(MatriceFinale2)
t=setdiff(colnames(as.data.frame(matrice2)),rownames(sansNA))
q=grep(t,levels(Data_Base$PARAMETER))
 
for(i in 1:nlevels(Data_Base$PARAMETER)[-q]){
.........
}

Lorsqu'il y a des colonnes supprimées ça fonctionne mais quand il n'y en a pas ça ne marche plus; t renvoie character(0) et q ne marche pas

??

Merci

**manoir** · 17/08/2009, 17h06

Re,

d'après tes commentaires dans la dernière ligne du code, tu fais une boucle for sur les colonnes enlevées ! [-q]: t'enlèves les colonnes qui ne sont pas manquantes

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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t=setdiff(colnames(as.data.frame(matrice2)),rownames(sansNA)) ## récupere le nom des colonnes sans celle que l'on a supprimé

q=grep(t,levels(Data_Base$PARAMETER))
for(i in 1:length(levels(Data_Base$PARAMETER)[-q]))] ## effectue une boucle sur tous les paramètres sauf celui ou la colonne a été supprimé

La sortie de ce code ci dessous te permet de récupérer les noms de colonnes, si elles sont manquantes et la matrice sous forme d'une liste.

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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fun=function(Toto){
w=which(apply(Toto,2,function(w){k=sum(is.na(w))==length(w)})==TRUE)
    if(length(w) !=0){
    MatriceFinale2=Toto[,-w]
    Nom<-colnames(MatriceFinale2)
    }
    else{
    MatriceFinale2=Toto
  Nom<-colnames(MatriceFinale2)
    }
list(MatriceFinale2,Nom)
}
 
Résultat<-fun(matrice2)