Discussion :

[circe]

Bonjour!

J'aimerais créer un sous-tableau à partir d'un grand tableau d'environ 26000 lignes fois 400 colonnes en sélectionnant un certain nombre de lignes dont j'ai les noms des en-têtes. Les lignes du grand tableau ont aussi des noms.

Y a-t-il un moyen assez rapide (le tableau est grand) de sélectionner ces lignes en utilisant leurs noms pour créer un nouveau tableau?

Merci d'avance!

[pitipoisson]

Oui, c'est tout simplement

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grandtableau[<vecteur nom des lignes>, ]

[manoir]

Bonjour,

1) Titi<-Toto[rownames(Toto)==c(les indices des lignes à extraire),]
# dim(Toto)= 26000 400

2) tu peux utiliser la fonction grep aussi je pense


Bien à toi
Manoir

[circe]

Merci pour vos réponses. Le problème est que mes noms de lignes ne sont pas dans un vecteur, mais dans un facteur... et la solution

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grand_tableau[noms_lignes,]

ne donne pas les bonne lignes... Sauriez-vous pourquoi?

Merci encore.

[pitipoisson]

...ne donne pas les bonne lignes... Sauriez-vous pourquoi?

Oui, les niveaux d'un facteurs ont en même temps une valeur numérique, correspondant à leur position dans le vecteur renvoyé par

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

levels(<facteur>)

et un label (ce qui s'affiche).
Si tu utilise ton facteur pour indicer les lignes, R va utiliser la valeur numérique (numéro de ligne, et là ça ne doit pas être les bonnes). Pour qu'il indice sur les noms de lignes, fais simplement :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

grand_tableau[as.character(noms_lignes),]

Edit: ce comportement des factors est franchement dangereux... j'ai déjà perdu des journées entières de boulot à trouver pourquoi des résultats n'étaient pas cohérents. On devrait à mon avis toujours les transformer en un autre type avant de les utiliser pour indicer quelque chose, même si c'est la valeur numérique qui est souhaitée : ça rendrait le comportement de R intuitivement plus prévisible.

[circe]

Merci, la solution avec

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

as.character

fonctionne, mais en l'essayant sur un petit tableau 10 x 3, choisissant de sélectionner 3 lignes, elle prend un temps énorme...

[pitipoisson]

...fonctionne, mais en l'essayant sur un petit tableau 10 x 3, choisissant de sélectionner 3 lignes, elle prend un temps énorme...

Ça c'est pas normal du tout !
Je vois quelques causes possibles (mais la liste n'est sûrement pas exhaustive) :

1. y'a un prog externe qui te fais ramer ta bécanne (antivirus,...)
2. tu utilises beaucoup (trop?) de mémoire et ça swape à mort (ça m'arrive parfois quand je bosse sur des très gros jeux de données)
3. ...