Discussion :

[aznaph]

Bonjour à vous.

Je suis venu sur ce forum pour vous soumettre un problème que je ne peux solutionner au vu de mon niveau en langage R (très très faible ).
Je possède plusieurs jeux de données du type suivant (en pièce jointe). la colonne "sp" correspond aux indicatifs des espèces, "annee" correspond à la première, deuxième puis troisième année, "site" correspond à mes sites d'étude, "pre" correspond au fait que l'espèce est effectivement présente.
Mes questions sont les suivantes :

• Comment faire pour obtenir le nombre moyen d'espèces capturées sur un site sur une, deux puis trois années ?
• Comment faire pour obtenir le nombre moyen d'espèces capturées sur deux sites sur une, deux puis trois années ?
• Comment faire pour obtenir le nombre moyen d'espèces capturées sur trois sites sur une, deux puis trois années ?

J'espère avoir été clair dans mes questions et ne pas aller à l'encontre des règles de ce forum que j'ai pourtant lues.
Merci pour vos indications et vos éventuelles solutions.

[manoir]

Bonjour,

Que veux tu dire par nombre moyen d'éspèces capturée, est ce que tu fais référence à la colonne "Pre", c'est à dire elle designe bien le fait que l'éspèce est bien capturée ou pas ?

Bien à toi
Manoir

[aznaph]

En effet, je veux parler de la colonne "pre".

[jabbounet]

et passant par une bête feuille de calcul dans un tableau excel ?

[aznaph]

En fait, pour connaitre le nombre moyen d'espèces capturés sur un site en une année, c'est faisable et très simple (moyenne du total de chaque site).
Mais pour deux années, il faut alors réaliser des combinaisons de sites et années (site1 an1; site1 an2 puis site1 an1; site1 an3 et ainsi de suite pour chaque site) pour pouvoir effectuer un moyenne.
Le problème se complexifie en passant à un système de deux sites. Il faut alors tenir compte des espèces en commun de ces deux sites.
Les combinaisons sont alors trop nombreuses (à mon goût) pour tout faire à la main.
C'est pour cela que je voudrais automatiser la manipulation avec R, d'autant plus que j'ai d'autres jeux de données à traiter de la sorte.

Edit: Le but n'est pas de savoir combien d'espèces sont capturées par site mais combien un site (n'importe le quel) capture d'espèces sur une, deux puis trois années. Puis pareil pour deux sites (n'importe les quels) et enfin trois sites.

[habasque]

salut,

alors je peux proposer le code suivant :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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espe=read.table("R-1.txt", sep="\t", dec=".",header=T, colClasses = "character")
names(espe) = c("sp","site","annee","pre")
test = with(espe,table(site,annee, exclude = NA))

en résultat, tu as le nombre d'espèces par site et année :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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    annee
site  1  2  3
   1 11 14 13
   2  5 11 11
   3  9 18 11

si tu veux les résultats sur 2,3 années, tu n'as plus qu'à faire des additions !
a moins que ca ne soit pas le résultat escompté !?

a+

[aznaph]

Bonjour.
Merci pour vos réponses et suggestions.
Cependant, la question n'est pas de savoir combien d'espèces sont capturées pour chaque site, mais bien de savoir combien d'espèces sont capturées en moyenne par site (n'importe lequel) pour une année (n'importe la quelle) deux puis trois années, puis pour deux sites (n'importe les quels) pour une deux et trois années et enfin pour trois sites sur une, deux et trois années.
Le problème requiert donc de faire intervenir toutes les combinaisons de sites et années possibles pour pouvoir connaitre les résultats. C'est pour cela que je voulais automatiser la manipulation.
J'espère que je suis suffisament clair. Merci de me dire si je ne le suis pas assez.

[pitipoisson]

Bonjour,

Si j'ai bien compris ce que tu cherches à faire, j'ai peut-être une piste un peu barbare (beaucoup de boucles imbriquées) mais qui devrait marcher :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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require(utils)

years <- 1:3                            # Ou unique(data$annee)
sites <- letters[1:3]                   # Ou unique(data$site)
## j'ai mis des lettre aux sites pour que ce soit plus lisible !

for (ny in 1:length(years))
{
    ## Combinaisons d'années:
    yrs.comb <- combn(years, ny)

    for(ns in 1:length(sites))
    {
        ## Combinaisons de sites:
        site.comb <- combn(sites, ns)

        ## Utilisation des combinaisons:
        for (i in 1:ncol(yrs.comb))
        {
            for (j in 1:ncol(site.comb))
            {
                ## Pour l'exemple:
                message(paste("Années: ",
                              paste(yrs.comb[ ,i], collapse= ", "),
                              "; Sites:",
                              paste(site.comb[ ,j], collapse=", ")))

                ## En fait, tu sélectionnes tes lignes avec:
                # data[is.element(data$annee, yrs.comb[ , i]) &
                #      is.element(data$site, site.comb[ , j]), ]
            }
        }
    }
}

Ça te renvoie quelque chose du style

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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Années:  1 ; Sites: a
Années:  1 ; Sites: b
Années:  1 ; Sites: c
Années:  2 ; Sites: a
Années:  2 ; Sites: b
...
Années:  2 ; Sites: a, b
Années:  2 ; Sites: a, c
Années:  2 ; Sites: b, c
Années:  3 ; Sites: a, b
Années:  3 ; Sites: a, c
Années:  3 ; Sites: b, c
Années:  1 ; Sites: a, b, c
...
Années:  1, 2, 3 ; Sites: a
Années:  1, 2, 3 ; Sites: b
Années:  1, 2, 3 ; Sites: c
Années:  1, 2, 3 ; Sites: a, b
Années:  1, 2, 3 ; Sites: a, c
Années:  1, 2, 3 ; Sites: b, c
Années:  1, 2, 3 ; Sites: a, b, c

Reste plus qu'à utiliser la data.frame réduite que tu obtiens pour calculer et stocker le nombre d'espèces.
Une piste :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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2
length(unique(data[is.element(data$annee, yrs.comb[ , i]) &
                   is.element(data$site, site.comb[ , j]), "sp"]))

Bon, y'a sûrement moyen de faire plus propre et rapide avec des <qqch>apply (surtout sur les deux dernières boucles) , mais à cet heure de la journée, le code commence à se brouiller devant mes yeux