Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

cpan shell -- CPAN exploration and modules installations (v1.9205)
ReadLine support enable

cpan[1]>

J'ai effectué des recherches sur google mais je ne trouve pas la solution.
Pourtant, le CPAN était configuré et fonctionnait lors de ma dernière utilisation.

Je suis tombée sur CPAN::Config, ce module pourrait-il m'aider?

auto_commit

Normally CPAN.pm keeps config variables in memory and changes need to be saved in a separate 'o conf commit' command to make them permanent between sessions. If you set the 'auto_commit' option to true, changes to a config variable are always automatically committed to disk.

Par défaut il est mis à 'no' est-il préférable de le mettre à 'yes'?


Merci,

[Jedai]

Tu ne dis pas quel est le problème ? N'oublie pas qu'il faut lancer le cpan avec sudo si tu veux installer des modules (ou alors il faut changer pas mal la configuration).

--
Jedaï

[Jasmine80]

Tu ne dis pas quel est le problème ? N'oublie pas qu'il faut lancer le cpan avec sudo si tu veux installer des modules (ou alors il faut changer pas mal la configuration).

Oui, je me connecte avec su -

Quand j'ai voulu démarrer le cpan, j'ai dû reconfigurer certains paramètres, tel que auto_commit, avant d'obtenir cpan[1]. Est-ce normal?

Il n'y a pas vraiment de problème, je pensais que cpan[1] attendait une configuration supplémentaire mais j'ai compris que non, que je suis bien dans le cpan.

[Jasmine80]

J'ai essayé d'installer Bio::Grep mais j'ai ce message

make test had returned bad status, won't install without force
failed during this command

CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz : writemakefile NO '/usr/bin/perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site' returned status 512
LIMAONE/Bio-Grep-0.10.5.tar.gz : make_test NO one dependency not OK (Bio::Factory::EMBOSS)

Manque t'il un fichier à BioPerl?
Que faire pour la dépendance manquante?
Que signifie CJFIELDS et LIMAONE?

Existe-il un tutoriel expliquant les erreurs possibles lors de l'installation de modules et la façon de les résoudre?


Merci,

[Jedai]

BioPerl ne s'est pas installé, c'est pourquoi il te manque une dépendance pour BioGrep.
Pour savoir pourquoi BioPerl ne veut pas s'installer, il va me falloir plus d'information : normalement tu dois avoir un message d'erreur (en plus de ce résumé que cpan affiche à la fin d'une tentative d'installation).

CJFIELDS et LIMAONE sont juste les répertoires correspondant à deux auteurs sur le CPAN (le site).

--
Jedaï

[Jasmine80]

Merci pour ton aide

La partie qui me semble importante :

Checksum for /root/y/sources/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz ok
BioPerl-run-1.6.0/

...

BioPerl-run-1.6.0/Bio/Tools/Run/Vista.pm
BioPerl-run-1.6.0/Build.PL
BioPerl-run-1.6.0/Changes
BioPerl-run-1.6.0/DEPENDENCIES
BioPerl-run-1.6.0/INSTALL
BioPerl-run-1.6.0/INSTALL.PROGRAMS
BioPerl-run-1.6.0/INSTALL.SKIP
BioPerl-run-1.6.0/LICENSE
BioPerl-run-1.6.0/Makefile.PL
BioPerl-run-1.6.0/MANIFEST
BioPerl-run-1.6.0/META.yml
BioPerl-run-1.6.0/README
BioPerl-run-1.6.0/scripts/
BioPerl-run-1.6.0/scripts/bioperl_application_installer.PLS
BioPerl-run-1.6.0/scripts/multi_hmmsearch.PLS
BioPerl-run-1.6.0/scripts/panalysis.PLS
BioPerl-run-1.6.0/scripts/papplmaker.PLS
BioPerl-run-1.6.0/scripts/run_neighbor.PLS
BioPerl-run-1.6.0/scripts/run_protdist.PLS

...

BioPerl-run-1.6.0/t/SLR.t
BioPerl-run-1.6.0/t/StandAloneFasta.t
BioPerl-run-1.6.0/t/TCoffee.t
BioPerl-run-1.6.0/t/TigrAssembler.t
BioPerl-run-1.6.0/t/Tmhmm.t
BioPerl-run-1.6.0/t/TribeMCL.t
BioPerl-run-1.6.0/t/tRNAscanSE.t
BioPerl-run-1.6.0/t/Vista.t

CPAN.pm: Going to build C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz

# running Build.PL installdirs=site
/usr/bin/perl Build.PL installdirs=site
BioPerl minimal core version 1.006000 is required for BioPerl-run
Couldn't run Build.PL: at /usr/local/share/perl/5.8.8/Module/Build/Compat.pm line 200.
Warning: No success on command[/usr/bin/perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site]
CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
/usr/bin/perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site -- NOT OK
Running make test
Make had some problems, won't test
Running make install
Make had some problems, won't install
Running install for module 'ToolSet'
Running make for D/DA/DAGOLDEN/ToolSet-0.99.tar.gz
Fetching with LWP:
ftp://cpan.mirrors.skynet.be/pub/CPA...et-0.99.tar.gz
Fetching with LWP:
ftp://cpan.mirrors.skynet.be/pub/CPA...LDEN/CHECKSUMS
Checksum for /root/y/sources/authors/id/D/DA/DAGOLDEN/ToolSet-0.99.tar.gz ok

...



# * Bioperl : FOUND *
# * Bioperl-run: NOT FOUND *
# * Backend : No backend found in path. You should install the back-ends *
# * before running these tests. This way you make sure that the *
# * parsers work with your installed version of the back-end. *
# * EMBOSS : NOT FOUND

[Jedai]

Quel est ta version de BioPerl ? Essaie de la mettre à jour.

--
Jedaï

[Jasmine80]

J'ai trouvé un manuel contenant quelques commandes en relation avec les modules sur perldoc

Comment savoir si l'on possède la dernière version et comment la mettre à jour? Existe-t-il un autre tutoriel?


merci beaucoup,

[Jasmine80]

upgrade bioperl
CPAN: Storable loaded ok (v2.15)
Going to read /home/user/.cpan/Metadata
Database was generated on Mon, 25 Aug 2008 03:02:53 GMT
CPAN: LWP::UserAgent loaded ok (v2.036)
CPAN: Time::HiRes loaded ok (v1.86)
Fetching with LWP:
ftp://cpan.mirrors.skynet.be/pub/CPA...1mailrc.txt.gz
CPAN: YAML loaded ok (v0.66)
Going to read /home/user/.cpan/sources/authors/01mailrc.txt.gz
CPAN: Compress::Zlib loaded ok (v2.012)
............................................................................DONE
Fetching with LWP:
ftp://cpan.mirrors.skynet.be/pub/CPA...details.txt.gz
Going to read /home/user/.cpan/sources/modules/02packages.details.txt.gz
Database was generated on Mon, 30 Mar 2009 02:27:41 GMT
...............
New CPAN.pm version (v1.9304) available.
[Currently running version is v1.9205]
You might want to try
install CPAN
reload cpan
to both upgrade CPAN.pm and run the new version without leaving
the current session.


.............................................................DONE
Fetching with LWP:
ftp://cpan.mirrors.skynet.be/pub/CPA...odlist.data.gz
Going to read /home/user/.cpan/sources/modules/03modlist.data.gz
............................................................................DONE
Going to write /home/user/.cpan/Metadata
All modules are up to date for bioperl

cpan[4]> install CPAN
install CPAN
Running install for module 'CPAN'
Running make for A/AN/ANDK/CPAN-1.9304.tar.gz
Giving up on '/home/user/.cpan/sources/authors/id/A/AN/ANDK/CPAN-1.9304.tar.gz'
Note: Current database in memory was generated on Mon, 30 Mar 2009 02:27:41 GMT

cpan[5]> reload CPAN
(CPAN__unchanged__v1.9205)(CPAN:ebug__unchanged__v5.402212)(CPAN::FirstTime__unchanged__v5.402229)(CPAN::HandleConfig__unchanged__v5.402212)(CPAN::Queue__unchanged__v5.402212)(CPAN::Tarzip__unchanged__v5.402213)(CPAN::Version__unchanged__v5.5)
0 subroutines redefined

Puis j'ai essayé de réinstaller Bio::Grep mais

BioPerl minimal core version 1.006000 is required for BioPerl-run
Couldn't run Build.PL: at /usr/local/share/perl/5.8.8/Module/Build/Compat.pm line 200.
Warning: No success on command[/usr/bin/perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site]
CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz
/usr/bin/perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site -- NOT OK

...

Warning: Prerequisite 'Bio::Factory::EMBOSS => 0' for 'L/LI/LIMAONE/Bio-Grep-0.10.5.tar.gz' failed when processing 'C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz' with 'writemakefile => NO '/usr/bin/perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site' returned status 512'. Continuing, but chances to succeed are limited.

...

# *****************************************************************************
# * Bioperl : FOUND *
# * Bioperl-run: NOT FOUND *
# * Backend : No backend found in path. You should install the back-ends *
# * before running these tests. This way you make sure that the *
# * parsers work with your installed version of the back-end. *
# * EMBOSS : NOT FOUND *
# *****************************************************************************

...

Running make install
make test had returned bad status, won't install without force
Failed during this command:
CJFIELDS/BioPerl-run-1.6.1.tar.gz : writemakefile NO '/usr/bin/perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site' returned status 512
LIMAONE/Bio-Grep-0.10.5.tar.gz : make_test NO one dependency not OK (Bio::Factory::EMBOSS)

[Jasmine80]

J'ai trouvé le problème

cpan[14]> r /BioPerl/
Package namespace installed latest in CPAN file
Bio::LiveSeq::IO::BioPerl undef 1.006000 CJFIELDS/BioPerl-1.6.0.tar.gz
1 installed module has no parseable version number
(use 'o conf show_unparsable_versions 1' to show them)