Discussion :

[minouchatas]

Bonjour à tous,

Je voudrais calculer la fonction ELF de la molécule d'eau (par exemple). Pour cela j'ai téléchargé le programme TopMod (http://www.lct.jussieu.fr/suite64.html).

Les sources de TopMod étant en Fortran 90, j'ai du installer un compilateur. Il s'agit de g95-MinGW.exe (www.g95.org).

Je vous serais très reconnaissante si vous pouviez m'indiquer les étapes à suivre pour compiler et exécuter les fichiers sources de TopMod (sachant que je suis sous Windows Vista).

Merci d'avance.

[kango]

bonjour,

après un coup d'oeil au lien que tu as donné, il est indiqué qu'un makefile est donné.

un makefile est un script qui va automatiquement compiler la librairie. ça c'est plutôt une bonne nouvelle. La mauvaise, c'est qu'il te faut installer make, c'est à dire le programme qui va interpréter le script.

à ma connaissance, il n'existe pas de version windows pour make, mais make est disponible sous windows en utilisant cygwin.

comme tu dis que tu as téléchargé un compilateur pour cette librairie, j'imagine que tu n'as pas encore un "environnement fortran" sur ton pc.

si tu veux rester sur des solutions gratuites, je te conseille de jeter un oeil à cygwin:

http://www.cygwin.com/

si tu connais le monde Unix/Linux tu ne devrais pas trop être perdu avec cygwin.

après peut être que les outils "Visual ..." de Microsoft intègrent des choses pour faire cette compilation, mais je ne les connais pas du tout.

[Ladgalen]

Connaissant un peu ELF et la chimie quantique, sauf s'ils le disent sur leur site, pour utiliser ELF et topmod je te conseille vivement d'avoir un système linux.

Dans ce milieu là la majorité des gens travaille sous linux ou mac qui a un noyau linux ...

Cygwin est bien mais tu éprouvera vite ses limites. Si ton PC est suffisament puissant tu peux virtualiser linux (regarde du coté de virtual box) mais la meilleure solution est encore le double boot.

[kango]

je suis d'accord avec Ladgalen, notamment parce que j'ai un temps utilisé cygwin avant de basculer sur un dual boot Windows/Linux (que du bonheur )

c'est sûr que cygwin est limité mais je trouve qu'il dépanne pas mal et ça me semble approprié si le besoin est ponctuel ou si minouchatas ne souhaite pas passer du temps à installer un dual boot qui sans être véritablement compliqué, nécessite qu'on passe un peu de temps dessus.

sinon, je peux proposer une autre solution: Wubi. Une sorte d'intermédiaire entre cygwin et un dual boot avec Linux.

http://fr.wikipedia.org/wiki/Wubi_(Ubuntu)

désolé minouchatas si tu as l'impression que l'on est hors-sujet par rapport à ta question, mais je me suis retrouvé dans une situtation comme la tienne (c'est à dire faire du fortran sur windows avec des librairies venant du "monde libre") et j'ai été très vite bloqué avant d'envisager ces solutions.

[minouchatas]

Bonsoir à tous,

J'ai suivi votre conseil et j'ai installé Linux. Pour compiler les fichiers source de topmod, j'ai essayé de suivre les étapes indiquées sur le site http://www.lct.jussieu.fr/pagesperso/silvi/topmod.html, mais ça ne marche pas .

Je vous prie de m'indiquer ce que je dois écrire exactement dans le terminal.

Merci d'avance.

[kango]

bonjour et bienvenue dans le monde de Linux

alors j'ai téléchargé TopMod chez moi et j'ai réussi à le compiler.

Voici la procédure que j'ai suivie:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
tar -zxf topmod09.tar.gz
cd ALL
make

l'étape suivante serait de faire:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

make install

avant de faire ceci, il faut éditer le Makefile, en particulier la ligne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

DEST         = /usr/local/bin

c'est en effet à cet endroit que le programme sera installé.

Comme tu n'as pas réussi à le compiler, peut être qu'il te manque gfortran sur ta machine ? Quel résultat te donne la ligne:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

gfortran --version

si tu as un résultat du type:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

bash: gfortran : commande introuvable

c'est que tu n'as pas installé gfortran sur ta machine.

D'autre part, il me semble que make, tar et ar sont installés par défaut sur toutes les distributions mais au cas où peux tu essayer ceci:

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
tar --version
make --version
ar --version

Quelle distribution as tu installé ? Comme ça s'il te manque gfortran/tar/ar/make on pourra t'indiquer comment les installer sur ta machine

[minouchatas]

Merci beacoup Kango. J'ai pu enfin compiler et installer Topmod sur mon PC.

J'ai installé gfortran grâce au gestionnaire de paquets Synaptic. Et j'ai suivi la procédure que tu m'as indiquée. Et CA MARCHE .

Maintenant, je peux passer à l'exécution du programme.