Discussion :

[Jasmine80]

Bonjour,

J'ai un problème afin d'installer le module ABI. J'ai été dans l'interface Tk, je l'ai installé et il tout semblait bien se passer.
Ce module est maintenant marqué comme 'installé' sur l'interface. Par contre quand je lance mon script, j'ai l'erreur

Can't locate ABI.pm in @INC (@INC contains: P:\Perl\scripts2\ABI\ C:/Perl/site/lib C:/Perl/lib .)

C'est le premier module que j'essaie d'installer depuis que j'ai mis à jour ma version perl. Quand j'avais mon ancienne version, ce module fonctionnait sans problème.

Donc, je me suis dite qu'il y avait eu un problème lors de l'installation et j'ai désinstallé le module pour recommencer une installation.
Status

Synchronizing Database ...
Downloading trouchelle packlist ... not modified
Synchronizing Database done
ABI marked for remove
Removing ABI from site area ... done
ABI marked for install
Installing package ...
Downloading ABI-1 ... done
Unpacking ABI-1 ... done
Updating files in site area ... done
Installing package done

Details

ABI
Perl module to parse chromatogram files generated by
Applied Biosystems (ABI) automated DNA sequencing machine.
by Malay K Basu (malay@bioinformatics.org); source code available at:
http://search.cpan.org/~malay
Version: 1
Author: Malay <malay@bioinformatics.org>
CPAN: http://search.cpan.org/dist/ABI-1/

Installed files:

... et plus rien après 'Installed files', le néant


J'ai également trouvé le fichier C:\Perl\site\etc\ppm-site-area

<malay@bioinformatics.org>Perl module to parse chromatogram files generated by
Applied Biosystems (ABI) automated DNA sequencing machine.
by Malay K Basu (malay@bioinformatics.org); source code available at:
http://search.cpan.org/~malayhttp://trouchelle.com/ppm/package.xml"e964b-f2b33-4847c6be"Thu, 05 Jun 2008 10:58:06 GMTMSWin32-x86-multi-thread-5.8/ABI-1.0.zip

et ensuite une énorme liste de fichiers genre : prefix:lib/Bio/DB/Biblio/soap.pm

Avez-vous une idée de ce qui pourrait posé ce problème? Où connaissez-vous une façon d'obtenir des informations sur celui-ci?

Est-ce possible qu'en changeant de version perl et en installant un nouveau module bioperl, ABI.ppm soit compris dedans? Ce qui expliquerait qu'aucun nouveaux fichiers ne soit installé vu qu'ils seraient déjà tous présents.


Merci beaucoup,

[djibril]

bah j'ai installé le module sans souci (celui du repository activestate)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl -e "use ABI"

=> pas de souci

[Jasmine80]

Est-il fonctionnel chez toi? Comment est-ce possible que l'interface Tk me l'indique comme étant installé alors que mon script ne le trouve pas? Il n'est ni dans C:\Perl\lib ni dans C:\Perl\lib ni dans C:\Perl\site\lib
Que puis-je faire comme test afin d'avoir d'autres informations?

J'avais pourtant bien suivi tes indications afin de désinstaller mon ancienne de perl version avant d'installer la nouvelle.

[djibril]

Bah là je sais pas. Désinstalle le module. Une fois désinstallé, installe de novo ABI via l'interface TK et tu fais en console

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

perl -e "use ABI;"

normalement tu as deux choix, moi j'ai pris ABI d'activestate

[Jasmine80]

Je n'ai plus ActiveState dans mes repositories.Quelle est son adresse s'il te plait? Je vais essayer d'installer l'autre module ABI.

[djibril]

Comment ça t'as pas activestate
Par défaut tu en as toujours un qui vient avec ton perl.
http://ppm4.activestate.com/MSWin32-...22/package.xml

[Jasmine80]

J'ai ActivePerl 5.8.8.822 Windows (x86)
Je suis tombée sur ce post là :
http://www.developpez.net/forums/sho...d.php?t=524781
et j'ai essayé d'installer
http://ppm4.activestate/MSWin32-x86/5.8/820/package.xml
.. et j'ai exactement la même erreur que lui et la solution parait très compliquée. Ca serait peut-être plus simple que je désinstalle et réinstalle perl, non?

[Jasmine80]

A merci, ton adresse fonctionne mais elle semble inutile car il est indiqué 0 dans la colonne "pkgs" de l'interface

[djibril]

normal, tu utilisais le repository de perl 820 au lieu de 822!!

[Jasmine80]

je parle de celle-ci qui ne fonctionne pas
http://ppm4.activestate.com/MSWin32-...22/package.xml




Je vais essayer
http://ppm4.activestate/MSWin32-x86/5.8/822/package.xml

bien vu, merci

[Jasmine80]

Avec 822, toujours le même message d'erreur qu'avec 820

Synchronizing Database ...
Downloading trouchelle packlist ... not modified
Synchronizing Database done
Downloading ActiveState packlist ... not found
Synchronizing Database ... done
Synchronizing Database ... done
Downloading ActiveState packlist ... failed 500 Can't connect to ppm4.activestate:80 (Bad hostname 'ppm4.activestate')
Downloading ActiveState packlist ... failed 500 Can't connect to ppm4.activestate:80 (Bad hostname 'ppm4.activestate')
Downloading ActiveState packlist ... failed 500 Can't connect to ppm4.activestate:80 (Bad hostname 'ppm4.activestate')
Synchronizing Database ... done

Cela ne doit pas être la bonne adresse, d'ailleurs explorer ne trouve rien
http://ppm4.activestate/MSWin32-x86/5.8/822/package.xml

Où est mon erreur?

[djibril]

pardon, c'est cette address http://ppm4.activestate.com/MSWin32-...22/package.xml

[Jasmine80]

Cela me donne un message d'erreur différent

Synchronizing Database ... done
Downloading theoryx packlist ... not modified
Downloading ActiveState packlist ... not found
Synchronizing Database ... done

Merci de ta patience,

[djibril]

t'as bien mis cette adresse ?

[Jasmine80]

t'as bien mis cette adresse ?

J'ai fait un copier-coller de l'adresse que tu m'as donnée (http://ppm4.activestate.com/MSWin32-...22/package.xml), je réessaierai lundi matin au boulot cette adresse http://ppm4.activestate.com/MSWin32-x86/5.8/822/ car j'avais en fait utilisé http://ppm4.activestate/MSWin32-x86/5.8/822/package.xml qui a package.xml en plus. J'espère que cette fois cela ira.

Merci beaucoup,

[Jasmine80]

J'ai bien installé le repository d'ActiveState et son module ABI fonctionne sans problème. Merci beaucoup pour ton aide.