Bonjour à tous,
Je commence en bioperl et je voudrais récupère les numéros accessions de certaines bactéries de la base de données du ncbi avec bioperl. Comment faire? Merci de votre aide.
Bonjour à tous,
Je commence en bioperl et je voudrais récupère les numéros accessions de certaines bactéries de la base de données du ncbi avec bioperl. Comment faire? Merci de votre aide.
Bonjour Cloti,
J'ai écrit un petit programme faisant ce que tu demandes.
Tu dois utiliser Bio:B::GenBank de bioperl.
http://search.cpan.org/~birney/biope.../DB/GenBank.pm
N'hésite pas à me poser des questions.
Code : Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part
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53 #!/usr/local/bin/perl use Bio::DB::GenBank; use strict; use warnings; # Args : -db database ('protein' or 'nucleotide') # -query query string # -mindate minimum date to retrieve from # -maxdate maximum date to retrieve from # -reldate relative date to retrieve from (days) # -datetype date field to use ('edat' or 'mdat') # -ids array ref of gids (overrides query) # -maxids the maximum number of IDs you wish to collect (defaults to 100) my $db ="nucleotide"; my $mindate =""; my $maxdate =""; my $reldate =""; my $datetype =""; my $ids =""; my $maxids =""; my $query_string = 'requete GenBank à effectuer'; # idem que ce que tu mettrais dans l'interface GenBank my $query = Bio::DB::Query::GenBank->new(-db=>$db, -query=>$query_string, -mindate => $mindate, -maxdate => $maxdate, -reldate => $reldate, -datetype => $datetype, -ids => $ids, -maxids => $maxids ); my $count = $query->count; print "Compte du nombre d'entrees = $count\n"; # get a genbank database handle my $gb = new Bio::DB::GenBank; my $stream = $gb->get_Stream_by_query($query); while (my $seq = $stream->next_seq) { my $Acc = $seq->display_id(); print $Acc."\n"; }
Bon travail,
Jasmine,
-- Jasmine --
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