Discussion :

[Darkcristal]

Bonjour,

je reprend la suite de mon post précédent : http://www.developpez.net/forums/sho...d.php?t=374304

dans l'exemple que j'avais mis le watershed suffisait amplement mais sur les autres images, j'ai beaucoup trop de segmentations (il me coupe des cellules en 2 3 4 meme plus)

Il me faut trouver des conditions pour la partie "merge" de mon algorithme (split and merge). Pour le moment je regarde juste l'intensité moyenne (entre 2 regions) :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

if((shape.getIntensity() >= (aShape.getIntensity()-threshold)) && (shape.getIntensity() <= (aShape.getIntensity()+threshold))) return true;

Il me faudrait trouver des criteres de merge plus précis, mon tuteur m'a donné quelques pistes : la taille moyenne d'une cellule, utiliser le gradient la ou les cellules se touchent ...

Est ce que vous connaissez d'autres criteres que je pourrai utiliser pour fusionner 2 régions tout en arrivant a séparer des cellules qui se touchent sur mon image !

Quelques exemples d'images :





Merci

[souviron34]

oui..

j'ai fait quelque chose de similaire pour la détection de cellules orageuses à partir de l'observation d'éclairs..

Il y a un paramètre à connaître (ou à déterminer) : la limite de séparation entre 2 points pour qu'ils n'appartiennent pas à la même cellule.

Et ensuite c'est un bête .. regroupement.. (je ne me souviens plus du nom exact du principe de l'algo).

Mais en gros cela revient à calculer les distances entre tous les points, et grouper comme "une cellule" tous les points dont la distance est inférieure à la limite...

J'ai l'algo quelque part en C, mais avec le principe tu devrais pouvoir t'en sortir facilement..

NOTE : il y a même une manière d'optimiser qui fait que de O(N^2) on passe à O(5*N)...

[Darkcristal]

J'ai pas trop compris le principe... tu pourrais m'expliquer un peu plus en détails

[pseudocode]

Une autre methode simple et pas chere:

Tracer une droite qui relient 2 regions voisines et construire la courbe des valeurs rencontrées le long de cette droite.

- Si les 2 regions appartiennent a 2 cellules differentes, il va y avoir une discontinuité de la courbe a la frontiere.

- Si les 2 regions appartiennent a la meme cellule, la courbe devrait etre uniforme a la frontiere.


NB1: La "forme" que prend la discontinuité depend des valeurs choisies (intensité, gradient, entropie, ...).

NB2: C'est mieux de tracer plusieurs droites.

[souviron34]

Bon je te donne le principe :

(je me rappelle le nom de l'algo : clusterisation)

Agglomérer (avec un indicateur) tous les points séparés par moins que la distance minimum.


Exemple avec des points isolés :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

1
2
3
4
5
6
7
8
Calculer les distances des points 2 à 2. 
Prendre le premier le plus à gauche. Lui affecter numéro cellule 1
trouver le point le plus proche
si d > dmin
   ce point appartient à une nouvelle cellule
sinon
   ce point appartient à la même cellule
itérer

Et il y a bien sûr des moyens d'accélérer...

[Darkcristal]

"Tracer une droite qui relient 2 regions voisines et construire la courbe des valeurs rencontrées le long de cette droite."

le probleme c'est que a l'intersection de 2 cellules et sur le contour des cellules, le split va jusqu'au pixel donc forcement il va y avoir une différence d'intensité entre les 2 pixels !

[souviron34]

je peux fournir l'algo (en C).

Mais il faudrait sans doute le re-travailler un peu (sans doute très peu) pour mes images, car là c'était pour des points isolés avec coordonnées réelles..

[Darkcristal]

Merci pour vos réponses, je vais continuer à chercher !

souviron34 ton algo m'interesse mais honnetement j'ai pas pigé le principe

[souviron34]

je pourrais t'envoyer la doc si tu me donnes email par MP (j'ai pas assez de place pour télécharger ici).

En gros, c'est :

Problématique :

• des points irrégulièrement répartis dans l'espace
  
• Comment les regrouper pour former des "clusters" de points (tes cellules)

Solution :

• Définir une distance limite de séparation entre 2 cellules
  
• Regrouper les points dont la distance à un autre est inférieure à cette limite comme appartenant à une même cellule.