Discussion :

[Ickou]

je cherche la syntaxe pour comparer les enregsitrement de 2 attributs saut que les enregistrements de accession_number.accession_number ont en plus à la fin ".1" ou ".2" ou ".3" ....

ça doit ressembler à cela :
WHERE accession_number.accession_number LIKE affy_temp.accession_number ...
affy_temp.accession_number --> attribut accession number de la table affy_temp

comment dire que les enregistrements d'un attribut doivent être comparé en ajoutant "point + un chiffre" à l'enregistrement ??

je remercie les personnes pouvant m'aider

[qi130]

Peut-être avec la fonction CONCAT....

C'est là http://dev.mysql.com/doc/mysql/fr/string-functions.html

[Ickou]

est ce que la syntaxe est bonne :

WHERE accession_number.accession_number LIKE CONCAT (affy_temp.accession_number, '.%')

merci

[mathieu]

tu pourrais nous donner 2-3 exemples d'enregistrements que tu veux sélectionner ?

[Ickou]

accession_number.accession_number (6 millions d'enregistrement):
AA865511.1
AA864272.1
AA962396.1

affy_temp.accession_number :
AB032974
AB032974

au départ j'ai essayé ça :
REPLACE INTO affymetrix (affy, gene_id)
SELECT affy_temp.affy , accession_number.gene_id
FROM affy_temp, accession_number
WHERE affy_temp.accession_number = accession_number.accession_number

en fait, dans une table les accession_number finissent par "point+ un chiffre" mais il ne faut pas en tenir compte.
deplus il ne faut pas que lorqu'on recherche AB12345 il sorte AB123456.1 mais seulement AB12345.1.

j'espère que j'ai été clair sinon n'hésite pas à me poser des questions.

merci

[mathieu]

est ce que le "accession_number" à toujours 8 caractères ?
on va dire que oui pour le test suivant

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT *
FROM affy_temp AS At
INNER JOIN accession_number AS An 
ON SUBSTRING(An.accession_number, 1, 8) = At.accession_number
AND SUBSTRING(An.accession_number, 9, 1) =  '.'
AND SUBSTRING(An.accession_number, 10, 1) BETWEEN '0' AND '9'
AND LENGTH(An.accession_number) = 10

histoire de simplifier la requête est ce que la table "accession_number" peut contenir des chaines de plus de 10 caractères ? (si non tu peux ôter la dernière ligne)
des chaine qui se termine par autre qu'un chiffre après le point ? (si non tu peux ôter l'avant-dernière ligne)

[Ickou]

merci beaucoup ! ta requête est pas mal !!

j'ai aussi des accessions à 6 caractères, j'utilise 2 requêtes dont la suivante en plus ou je peux faire une seule requête :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT *
FROM affy_temp AS At
INNER JOIN accession_number AS An ON SUBSTRING( An.accession_number, 1, 6 ) = At.accession_number
AND SUBSTRING( An.accession_number, 7, 1 ) = '.'
AND SUBSTRING( An.accession_number, 8, 1 )
BETWEEN '0'
AND '9'

merci encore

[mathieu]

déjà j'ai rajouté des balises "code" dans ton message pour qu'il soit plus lisible

pour ta question étant donné que ta table "accession_number" est assez grande il vaut mieux utiliser 2 requêtes pour soulager le serveur
mais si tu tiens à utiliser une seule requête tu peux essayer ça (pas testé)

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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SELECT *
FROM affy_temp AS At
INNER JOIN accession_number AS An
ON SUBSTRING(An.accession_number, 1, LENGTH(At.accession_number)) = At.accession_number
AND SUBSTRING(An.accession_number, LENGTH(At.accession_number) + 1, 1) =  '.'
AND SUBSTRING(An.accession_number, LENGTH(At.accession_number) + 2, 1) BETWEEN '0' AND '9'
AND LENGTH(An.accession_number) = LENGTH(At.accession_number) + 2

à vue d'oeil je pense que cette requête peut consommer jusqu'à 10 fois plus de ressources que les autres requêtes (et donc elle va mettre plus de temps à s'exécuter)

[Ickou]

merci t'es un boss