Discussion :

[maryach]

bonjour,
je veux scinder des triplets :
ATG
TTA
ATC
en une seule chaine : ATGTTAATC
voilà mon code :

Code :

Sélectionner tout - Visualiser dans une fenêtre à part

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<?PHP
for($i=0;$i<strlen($sequence);$i=$i+3)// on parcourt la sequence nucleoitidique au format FASTA.
	{
		$codon=substr($sequence,$i,3);// on soustrait de la sequence les codons un par un.
		if($codon=='ATG' and strlen($codon)==3)//on verifie si le codon est un start(ATG)
		{
			$is_ORF=TRUE;
			echo '<font color=red>';
		}
		if($codon=='TAG' or $codon=='TGA' or $codon=='TAA')//on verifie si le codon est un stop.
		{
			if($is_ORF==TRUE)
			{
				echo '</font>';
				$is_ORF=FALSE;
			}
 
		}
	echo $codon;
?>

$codon présente chaque triplet!!

[sohnic]

Bonjour Maryach,
Decidemment, tu n'es pas copain (copine ?) avec le PHP...
En plus tu as un petit problème pour t'expliquer. Etant dans la partie je peux essayer de te répondre, encore faut-il qu'il y ait une question !
Je te le répète tu n'es pas sur un forum de bioinfo. En plus la problématique du sujet est fausse !
Tu ne veux pas scinder des triplets mais scinder une séquence en triplets et je suppose ressortir la séquence resultante entre deux triplets particuliers. Maintenant tout le monde ne sait ce qu'est une séquence, ni un triplet. Parle plutot de chaines de caractères à decouper tous les 3 caractères, certains de ces triplets (la on comprendra) ayant une signifiaction particulière.

Quelques remarques sur ton code :
- $sequence n'est pas initialisée et ta boucle for n'est pas fermée.
- Avant le for il vaut mieux faire $longueur_seq=strlen($sequence);
puis :
for($i=0;$i<$longueur_seq;$i=$i+3)

plutot que de faire le calcul de la taille de la sequence à chaque tour de boucle

- Je ne vois pas l'interet de faire :
if($codon=='ATG' and strlen($codon)==3)
car si la première condition est vraie, la seconde l'est necessairement !

Sinon, pour ressortir la sequence qui t'interesse, crée un $seq2 vide avant ton for, et tant que les codons sont valables, tu les concatènes à ce $seq2.
Après le for, tu affiches $seq2 qui doit contenir le résultat qui t'interesse.

Je te laisse te débrouiller et montre nous ton code ensuite si tu as encore des problèmes.
Et si je n'ai pas répondu à la bonne question, pose la clairement !

Sohnic